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- PDB-6tim: THE ADAPTABILITY OF THE ACTIVE SITE OF TRYPANOSOMAL TRIOSEPHOSPHA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tim
タイトルTHE ADAPTABILITY OF THE ACTIVE SITE OF TRYPANOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE AS OBSERVED IN THE CRYSTAL STRUCTURES OF THREE DIFFERENT COMPLEXES
要素TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
キーワードISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / glycolytic process / gluconeogenesis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / Triosephosphate isomerase, glycosomal
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Noble, M.E.M. / Wierenga, R.K. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1991
タイトル: The adaptability of the active site of trypanosomal triosephosphate isomerase as observed in the crystal structures of three different complexes.
著者: Noble, M.E. / Wierenga, R.K. / Lambeir, A.M. / Opperdoes, F.R. / Thunnissen, A.M. / Kalk, K.H. / Groendijk, H. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined 1.83 Angstroms Structure of Trypanosomal Triosephosphate Isomerase Crystallized in the Presence of 2.4 M-Ammonium Sulphate. A Comparison with the Structure of the Trypanosomal ...タイトル: Refined 1.83 Angstroms Structure of Trypanosomal Triosephosphate Isomerase Crystallized in the Presence of 2.4 M-Ammonium Sulphate. A Comparison with the Structure of the Trypanosomal Triosephosphate Isomerase-Glycerol-3-Phosphate Complex
著者: Wierenga, R.K. / Noble, M.E.M. / Vriend, G. / Nauche, S. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1991
タイトル: The Crystal Structure of the "Open" and the "Closed" Conformation of the Flexible Loop of Trypanosomal Triosephosphate Isomerase
著者: Wierenga, R.K. / Noble, M.E.M. / Postma, J.P.M. / Groendijk, H. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J. / Opperdoes, F.R.
#3: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1991
タイトル: Crystallographic and Molecular Modeling Studies on Trypanosomal Triosephosphate Isomerase: A Critical Assessment of the Predicted and Observed Structures of the Complex with 2-Phosphoglycerate
著者: Noble, M.E.M. / Verlinde, C.L.M.J. / Groendijk, H. / Kalk, K.H. / Wierenga, R.K. / Hol, W.G.J.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structure Determination of the Glycosomal Triosephosphate Isomerase from Trypanosoma Brucei Brucei at 2.4 Angstroms Resolution
著者: Wierenga, R.K. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of Triosephosphate Isomerase from the Blood Parasite Trypanosoma Brucei Brucei
著者: Wierenga, R.K. / Hol, W.G.J. / Misset, O. / Opperdoes, F.R.
履歴
登録1991年4月23日処理サイト: BNL
改定 1.01992年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *A* AND *B* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT-STRANDED BETA- ...SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *A* AND *B* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT-STRANDED BETA-BARRELS. THESE ARE REPRESENTED BY NINE-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
B: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9043
ポリマ－53,7322
非ポリマー1721
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.360, 97.590, 46.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONSISTS OF A DIMER. THE TWO MOLECULES HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *A* AND *B*. SUBUNITS *A* AND *B* DO NOT HAVE IDENTICAL CONFORMATIONS. THE FLEXIBLE LOOP OF SUBUNIT *A* IS OPEN AND THE FLEXIBLE LOOP OF SUBUNIT *B* IS CLOSED. GLYCEROL-3-PHOSPHATE IS BOUND IN THE ACTIVE SITE OF SUBUNIT *B*.

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要素

#1: タンパク質 TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量: 26865.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
生物種: Trypanosoma brucei / 株: brucei / 参照: UniProt: P04789, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS WERE MADE BY USE OF PROGRAM *DSSP* OF W. KABSCH AND C. SANDER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 %
結晶化詳細: THIS STRUCTURE IS OBTAINED FROM CRYSTALS GROWN IN 2.4M AMMONIUM SULPHATE AND TRANSFERRED INTO SULPHATE FREE MOTHER LIQUOR CONTAINING 6MM DL-GLYCEROL-3-PHOSPHATE.
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
14.5 mg/mltriosephosphate isomerase1drop0.9 M ammonium sulphate
260 %ammonium sulfate1drop
31 mMEDTA1drop
40.2 M3-(N-morpholino)-propane-sulphonic acid1drop
51 mMdithiothreitol1drop
61 mMsodium azide1drop
760 %ammonium sulphate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 18064 / Rmerge(I) obs: 0.043

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→50 Å /
Rfactor反射数
obs0.37 16881
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3766 0 10 91 3867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.023
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 16881 / Rfactor obs: 0.137
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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