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- PDB-6ruv: Structure of the SCIN stabilized C3bBb convertase bound to Proper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ruv
タイトルStructure of the SCIN stabilized C3bBb convertase bound to Properdin and a the non-inhibitory nanobody hFPNb1
要素
  • (Complement C3) x 2
  • (Properdin) x 2
  • Complement factor B
  • Inhibitor
  • Nanobody hFPNb1
キーワードIMMUNE SYSTEM / innate immunity / complement / proteolytic enzyme / regulator / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic side of Golgi membrane / alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / complement binding ...cytoplasmic side of Golgi membrane / alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / fatty acid metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of immune response / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / specific granule lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / positive regulation of protein phosphorylation / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / defense response to bacterium / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal complement inhibitor SCIN / Staphylococcal complement inhibitor SCIN / : / : / Thrombospondin type 1 repeat / CFP-like, C-terminal thrombospondin type 1 domain / : / Complement factor B / Complement B/C2 / Complement C3-like, NTR domain ...Staphylococcal complement inhibitor SCIN / Staphylococcal complement inhibitor SCIN / : / : / Thrombospondin type 1 repeat / CFP-like, C-terminal thrombospondin type 1 domain / : / Complement factor B / Complement B/C2 / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Sushi repeat (SCR repeat) / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / von Willebrand factor type A domain / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Staphylococcal complement inhibitor / Complement factor B / Complement C3 / Properdin / Staphylococcal complement inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.15 Å
データ登録者Pedersen, D.V. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
引用
ジャーナル: Front Immunol / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Properdin Oligomerization and Convertase Stimulation in the Human Complement System.
著者: Pedersen, D.V. / Gadeberg, T.A.F. / Thomas, C. / Wang, Y. / Joram, N. / Jensen, R.K. / Mazarakis, S.M.M. / Revel, M. / El Sissy, C. / Petersen, S.V. / Lindorff-Larsen, K. / Thiel, S. / ...著者: Pedersen, D.V. / Gadeberg, T.A.F. / Thomas, C. / Wang, Y. / Joram, N. / Jensen, R.K. / Mazarakis, S.M.M. / Revel, M. / El Sissy, C. / Petersen, S.V. / Lindorff-Larsen, K. / Thiel, S. / Laursen, N.S. / Fremeaux-Bacchi, V. / Andersen, G.R.
#1: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of peptide-bound neprilysin reveals key binding interactions.
著者: Moss, S. / Subramanian, V. / Acharya, K.R.
履歴
登録2019年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author / Item: _chem_comp.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Nanobody hFPNb1
S: Nanobody hFPNb1
U: Properdin
V: Properdin
X: Properdin
Y: Properdin
A: Complement C3
B: Complement C3
G: Complement C3
H: Complement C3
J: Complement factor B
L: Complement factor B
N: Inhibitor
Q: Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)610,52652
ポリマ－600,52614
非ポリマー10,00038
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area58820 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area249760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.990, 354.030, 367.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 6種, 12分子 UXVYAGBHJLNQ

#2: タンパク質 Properdin / Complement factor P


分子量: 18636.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TSR2 is not modelled and therefore missing residues / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFP, PFC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): HEK293F / 参照: UniProt: P27918
#3: タンパク質 Properdin / Complement factor P


分子量: 24724.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Properdin TSR4-TSR5-TSR6 and a few additional residues from vector
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFP, PFC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27918
#4: タンパク質 Complement C3 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 1


分子量: 71393.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: beta-chain / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#5: タンパク質 Complement C3 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 1


分子量: 104073.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: alpha-prime chain / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#6: タンパク質 Complement factor B / C3/C5 convertase / Glycine-rich beta glycoprotein / GBG / PBF2 / Properdin factor B


分子量: 57042.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Bb fragment / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFB, BF, BFD / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): HEK293F
参照: UniProt: P00751, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase
#7: タンパク質 Inhibitor / Involved in expression of fibrinogen binding protein / phage associated / Staphylococcal complement inhibitor


分子量: 9876.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: scn_3, scn, scn_2, scn_4, BN1321_320035, CV021_13080, D1G05_09530, D1G09_13565, D1G21_11725, EP54_10460, EQ90_13920, ERS072840_02186, NCTC10654_02112, NCTC10702_03129, NCTC13196_02025, ...遺伝子: scn_3, scn, scn_2, scn_4, BN1321_320035, CV021_13080, D1G05_09530, D1G09_13565, D1G21_11725, EP54_10460, EQ90_13920, ERS072840_02186, NCTC10654_02112, NCTC10702_03129, NCTC13196_02025, NCTC13196_03045, NCTC6133_02657, NCTC7878_02651
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2DUF0, UniProt: Q931M7*PLUS

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抗体 / 非ポリマー , 2種, 4分子 RS

#12: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#1: 抗体 Nanobody hFPNb1


分子量: 14517.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 4種, 36分子

#8: 多糖
beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3LFucpa1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1221m-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-L-Fucp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖...
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 100 mM NaCl, 5 % (w/v) PEG4000, 10 mM MgCl2, 100 mM Sodium Cacodylate trihydrate pH 5.8.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.15→50 Å / Num. obs: 38393 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13 % / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 6.15→6.31 Å / Num. unique obs: 2738

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WIN

2win


解像度: 6.15→49.819 Å / SU ML: 1.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 1990 5.19 %
Rwork0.2422 --
obs0.2437 38338 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.15→49.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41278 0 638 0 41916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00542911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95158292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.54826312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0576549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.1501-6.30360.46371480.43722485X-RAY DIFFRACTION98
6.3036-6.47370.42281330.41092581X-RAY DIFFRACTION100
6.4737-6.66380.40381410.39172551X-RAY DIFFRACTION100
6.6638-6.87840.39591490.3682561X-RAY DIFFRACTION100
6.8784-7.12350.3411300.34252553X-RAY DIFFRACTION100
7.1235-7.40790.34081430.31892595X-RAY DIFFRACTION100
7.4079-7.74380.3431420.30062598X-RAY DIFFRACTION100
7.7438-8.15040.29091400.27662571X-RAY DIFFRACTION100
8.1504-8.65860.30911400.24662587X-RAY DIFFRACTION100
8.6586-9.32310.22571450.22762603X-RAY DIFFRACTION100
9.3231-10.2540.22831430.20042628X-RAY DIFFRACTION100
10.254-11.72080.22581390.19082623X-RAY DIFFRACTION99
11.7208-14.70380.23191450.20342648X-RAY DIFFRACTION99
14.7038-49.82030.26961520.23252764X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17671.16560.12983.43390.65350.673-0.2402-0.14780.17930.37080.3754-0.2265-0.37230.3528-0.08164.4023-0.0071-0.08934.3225-0.00384.2883-4.2255-49.69489.947
24.151-2.44090.60623.066-0.27610.885-0.04960.0076-0.1259-0.91690.3136-0.0243-0.1801-0.1289-0.18484.4482-0.29860.01244.3328-0.03943.9286-14.7996-53.0208-34.8429
36.6091.02360.96629.5688-2.52316.3367-1.087-2.18520.07333.36330.7585-0.9123-4.77561.44250.31684.63370.0554-0.49414.1732-0.17393.1272-9.0606-47.531148.9092
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63.7356-5.2342-4.82350.03650.23215.7570.55610.38330.569-1.78880.33160.0621-0.42671.1232-0.65195.5344-0.19830.58233.8992-0.17984.393314.5242-91.6122-78.5732
74.42642.40852.23185.44232.90223.2532-0.3488-0.62460.79030.27350.0950.7127-0.524-0.62820.35323.76330.67110.46224.4260.23794.2098-55.4654-26.237216.9681
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111.78180.2768-0.09491.4786-0.29451.1133-2.0234-0.9518-5.61861.49331.7469-1.67321.24761.82010.68857.96240.88570.73227.9576-1.90589.7127-47.995450.371562.7407
121.0197-0.2059-0.83850.4193-0.46991.2237-2.83352.4173-0.4527-0.94262.10983.23295.2114-4.99190.175911.68520.0478-4.23468.1976-2.0315.4115-70.033844.764453.6126
130.79180.1654-0.5597-0.1970.36610.40390.89840.58190.73390.39180.87142.40531.6315-1.0255-0.89027.89321.3479-0.58488.3206-4.654312.058-33.035652.76181.265
145.7062-1.3391-2.70783.18551.36475.6284-3.41232.31731.08450.82154.03922.4469-2.58031.9026-1.66015.1691-0.22060.06795.06730.08826.3907-54.758520.356539.1745
151.11211.55530.95361.4257-0.37421.2256-0.4754-0.26440.4858-1.6217-1.63583.37550.1299-1.05891.84726.23040.71580.17057.5584-1.21068.4644-76.666229.568140.1967
161.53160.7977-2.29990.4238-1.20373.4522-0.5775-1.348-0.4149-0.0797-0.31620.06360.8174-1.18060.73478.7019-2.5149-4.02897.1276-0.256511.8243-67.27912.511652.7457
171.1985-1.0321-0.8333.34020.6482.23150.4269-0.44341.526-5.00391.1541-2.1137-0.6249-3.058-0.53397.9199-0.12741.05625.992.00995.8652-60.868448.7983-81.4962
181.7645-1.0541.32614.20980.24271.23033.9069-2.95380.43821.165-4.14250.53760.84211.22581.19076.9827-1.42420.69746.52850.79754.4406-42.718261.8554-71.1013
196.2968-0.31380.25550.6453-0.51071.5573-1.69821.94011.01181.0248-2.1659-3.2952-4.84960.42162.2696.89670.15181.02824.79950.86595.895-23.3673105.933-92.1196
206.40294.6509-0.10189.94891.3122.47680.7744-0.5417-1.26450.0662-0.8361-1.132-4.08441.45650.84587.2690.09770.76364.40810.43025.749-73.221142.0993-99.539
216.0094-0.63253.95774.6455-0.63181.68552.7711-3.58081.930.3143-1.7330.00711.9798-2.5145-1.87354.2221-1.06620.10694.9450.21233.8094-33.389532.997-59.264
221.08421.567-1.46893.6127-1.70225.2552-1.02440.60321.1384-0.58421.40420.2704-3.26321.132-0.74126.9081-0.31270.51334.88180.17495.1315-26.892155.8095-57.9164
234.63636.3281.35168.60181.81746.2358-0.16161.14160.3683-0.4776-0.3240.3262-0.12850.91450.13374.9419-3.6003-0.89085.38-3.541710.3265-19.819839.4931-71.0767
245.620.5924-0.03633.70451.92560.5055-1.038-3.1017-0.37361.7030.4181.5491-2.7559-2.35120.05348.37990.80390.62698.42170.09156.8748-54.913932.675-107.6228
253.0399-0.45690.21020.6903-0.79070.2534-3.0039-1.99860.3386-3.06771.6047-0.2403-0.77620.51680.381610.80392.2605-2.268613.5674-6.846811.3842-37.109331.837887.7084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1((chain A) or (chain B and resseq 729:910) or (chain B and resseq 1335:1479))
2X-RAY DIFFRACTION2((chain G) or (chain H and resseq 729:910) or (chain H and resseq 1335:1479))
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resseq 911:966) or (chain B and resseq 1268:1334 ) or (chain B and resseq 2001:2003))
4X-RAY DIFFRACTION4(chain H and resseq 911:966) or (chain H and resseq 1268:1334 ) or (chain H and resseq 2001:2003))
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resseq 967:1267)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain H and resseq 967:1267)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resseq 1480:1641 ) or (chain L) )
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resseq 1480:1641 ) or (chain J) )
9X-RAY DIFFRACTION9chain Q
10X-RAY DIFFRACTION10chain N
11X-RAY DIFFRACTION11chain U and resid 28:75
12X-RAY DIFFRACTION12chain U and ((resid 76:133) or (resid 1025) or (resid 1026) or (resid 1027:1028))
13X-RAY DIFFRACTION13chain V and ((resid 255:312) or (resid 1097) or (resid 1096) or (resid 1036:1037))
14X-RAY DIFFRACTION14chain V and ((resid 313:378) or (resid 1038) or (resid 1039) )
15X-RAY DIFFRACTION15chain V and ((resid 379:480) or (resid 1040) or (resid 1046) or (resid 1048))
16X-RAY DIFFRACTION16chain V and resid 1042:1044
17X-RAY DIFFRACTION17chain X and resid 28:75
18X-RAY DIFFRACTION18chain X and ((resid 76:133) or (resid 1025) or (resid 1026) or (resid 1027:1028))
19X-RAY DIFFRACTION19chain X and ((resid 134:191) or (resid 1029) or (resid 1030) or (resid 1031) or (resid 1023:1024))
20X-RAY DIFFRACTION20chain Y and ((resid 255:312) or (resid 1097) or (resid 1096) or (resid 1036:1037))
21X-RAY DIFFRACTION21chain Y and ((resid 313:378) or (resid 1038) or (resid 1039) )
22X-RAY DIFFRACTION22chain Y and ((resid 379:480) or (resid 1040) or (resid 1046) or (resid 1048))
23X-RAY DIFFRACTION23chain Y and resid 1042:1044
24X-RAY DIFFRACTION24chain R
25X-RAY DIFFRACTION25chain S

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る