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- PDB-6r7q: Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with Sec61. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r7q
タイトルStructure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with Sec61.
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 8
  • (60S ribosomal protein ...) x 6
  • (Protein transport protein Sec61 subunit ...) x 3
  • (Ribosomal protein ...) x 19
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • E-tRNA
  • P-tRNA
  • X-box-binding protein 1
  • eL14
  • eL18
  • eL19
  • eL20
  • eL21
  • eL22
  • eL28
  • eL29
  • eL30
  • eL31
  • eL32
  • eL33
  • eL34
  • eL38
  • eL39
  • eL40
  • eL42
  • eL8
  • eS10
  • eS17
  • eS19
  • eS21
  • eS24
  • eS26
  • eS31
  • messenger RNA
  • uL11
  • uL13
  • uL15
  • uL2
  • uL22
  • uL23
  • uL29
  • uL3
  • uL30
  • uL4
  • uL6
  • uS10
  • uS11
  • uS13
  • uS14
  • uS19
  • uS2
  • uS5
キーワードRIBOSOME / translational pausing / XBP1 / UPR
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell maturation involved in salivary gland development / positive regulation of vascular wound healing / ATF6-mediated unfolded protein response / positive regulation of protein acetylation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / response to insulin-like growth factor stimulus / glandular epithelial cell maturation / sterol homeostasis / positive regulation of lactation ...epithelial cell maturation involved in salivary gland development / positive regulation of vascular wound healing / ATF6-mediated unfolded protein response / positive regulation of protein acetylation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / response to insulin-like growth factor stimulus / glandular epithelial cell maturation / sterol homeostasis / positive regulation of lactation / IRE1alpha activates chaperones / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / positive regulation of plasma cell differentiation / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / positive regulation of ERAD pathway / negative regulation of myotube differentiation / intracellular triglyceride homeostasis / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / protein-transporting ATPase activity / cellular response to fructose stimulus / cellular response to laminar fluid shear stress / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / XBP1(S) activates chaperone genes / cellular response to nutrient / positive regulation of hepatocyte proliferation / signal sequence binding / cellular response to fluid shear stress / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / post-translational protein targeting to membrane, translocation / exocrine pancreas development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / endothelial cell proliferation / ribosomal subunit / positive regulation of T cell differentiation / cellular response to peptide hormone stimulus / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / muscle organ development / IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of SMAD protein signal transduction / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein transmembrane transporter activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of fat cell differentiation / 90S preribosome / adipose tissue development / fatty acid homeostasis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / neuron development / phagocytic cup / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cellular response to glucose starvation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / rough endoplasmic reticulum / translation regulator activity / ERAD pathway / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / positive regulation of autophagy / cytosolic ribosome / cellular response to interleukin-4 / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / response to endoplasmic reticulum stress / cholesterol homeostasis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to leukemia inhibitory factor / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear estrogen receptor binding / maturation of SSU-rRNA / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to amino acid stimulus / small-subunit processome / regulation of cell growth / cellular response to glucose stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / chromatin DNA binding / liver development / protein destabilization / phospholipid binding / regulation of protein stability / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
: / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. ...: / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L30e signature 1. / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30/YlxQ / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / : / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / 60S acidic ribosomal protein P0 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL34 / X-box-binding protein 1 / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Protein transport protein Sec61 subunit beta / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Canis lupus familiaris (イヌ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Shanmuganathan, V. / Cheng, J. / Braunger, K. / Berninghausen, O. / Beatrix, B. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structural and mutational analysis of the ribosome-arresting human XBP1u.
著者: Vivekanandan Shanmuganathan / Nina Schiller / Anastasia Magoulopoulou / Jingdong Cheng / Katharina Braunger / Florian Cymer / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Kenji Kohno / Gunnar von ...著者: Vivekanandan Shanmuganathan / Nina Schiller / Anastasia Magoulopoulou / Jingdong Cheng / Katharina Braunger / Florian Cymer / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Kenji Kohno / Gunnar von Heijne / Roland Beckmann /
要旨: XBP1u, a central component of the unfolded protein response (UPR), is a mammalian protein containing a functionally critical translational arrest peptide (AP). Here, we present a 3 Å cryo-EM ...XBP1u, a central component of the unfolded protein response (UPR), is a mammalian protein containing a functionally critical translational arrest peptide (AP). Here, we present a 3 Å cryo-EM structure of the stalled human XBP1u AP. It forms a unique turn in the ribosomal exit tunnel proximal to the peptidyl transferase center where it causes a subtle distortion, thereby explaining the temporary translational arrest induced by XBP1u. During ribosomal pausing the hydrophobic region 2 (HR2) of XBP1u is recognized by SRP, but fails to efficiently gate the Sec61 translocon. An exhaustive mutagenesis scan of the XBP1u AP revealed that only 8 out of 20 mutagenized positions are optimal; in the remaining 12 positions, we identify 55 different mutations increase the level of translational arrest. Thus, the wildtype XBP1u AP induces only an intermediate level of translational arrest, allowing efficient targeting by SRP without activating the Sec61 channel.
履歴
登録2019年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4745
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 40S ribosomal protein S30
BB: 40S ribosomal protein S7
CC: 40S ribosomal protein S8
DD: Ribosomal protein S9 (Predicted)
EE: Ribosomal protein S11
FF: Ribosomal protein S28
GG: uS10
HH: eS21
II: uS13
JJ: 40S ribosomal protein S27
KK: eS17
LL: eS26
MM: uS11
0: eS31
1: X-box-binding protein 1
2: P-tRNA
3: E-tRNA
4: messenger RNA
5: 28S ribosomal RNA
6: ribosomal protein RACK1
7: 5S ribosomal RNA
8: 5.8S ribosomal RNA
9: uS14
NN: eS24
OO: ribosomal protein eS25
PP: eS19
QQ: ribosomal protein uS15
RR: 40S ribosomal protein S12
A: uL2
B: uL3
C: uL4
D: 60S ribosomal protein L5
E: 60S ribosomal protein L6
F: uL30
G: eL8
H: uL6
I: Ribosomal protein L10 (Predicted)
J: Ribosomal protein L11
K: 18S ribosomal RNA
L: 60S ribosomal protein L13
M: Ribosomal protein L14
N: Ribosomal protein L15
O: uL13
P: uL22
Q: eL18
R: eL19
S: eL20
T: eL21
U: eL22
V: eL14
W: Ribosomal protein L24
X: uL23
Y: Ribosomal protein L26
Z: 60S ribosomal protein L27
SS: eS10
a: uL15
b: eL29
c: eL30
d: eL31
e: eL32
f: eL33
g: eL34
h: uL29
i: 60S ribosomal protein L36
j: Ribosomal protein L37
k: eL38
l: eL39
m: eL40
n: 60s ribosomal protein l41
o: eL42
p: ribosomal protein eL43
q: uS2
r: eL28
s: 60S acidic ribosomal protein P0
t: uL11
u: 40S ribosomal protein S3a
v: uS5
w: Ribosomal protein S3
x: 40S ribosomal protein S4
y: Ribosomal protein S5
z: 40S ribosomal protein S6
TT: Ribosomal protein S15a
UU: Ribosomal protein S16
VV: Ribosomal protein S23
WW: uS19
XX: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
YY: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
ZZ: Protein transport protein Sec61 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,256,771393
ポリマ－3,249,11188
非ポリマー7,660305
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
40S ribosomal protein ... , 8種, 8分子 AABBCCJJRRuxz

#1: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6317.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#2: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21629.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9348.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 13048.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 24759.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29523.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55

-
Ribosomal protein ... , 19種, 19分子 DDEEFF6OOQQIJMNWYjpwyTTUUVV

#4: タンパク質 Ribosomal protein S9 (Predicted)


分子量: 21649.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#5: タンパク質 Ribosomal protein S11


分子量: 17586.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#6: タンパク質 Ribosomal protein S28


分子量: 7007.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#20: タンパク質 ribosomal protein RACK1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#25: タンパク質 ribosomal protein eS25


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#27: タンパク質 ribosomal protein uS15


分子量: 17057.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#37: タンパク質 Ribosomal protein L10 (Predicted)


分子量: 24511.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#38: タンパク質 Ribosomal protein L11


分子量: 19399.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#41: タンパク質 Ribosomal protein L14


分子量: 16217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KNW6
#42: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#51: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 14131.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#53: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#65: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#71: タンパク質 ribosomal protein eL43


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#78: タンパク質 Ribosomal protein S3


分子量: 25215.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TNM3
#80: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#82: タンパク質 Ribosomal protein S15a


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#83: タンパク質 Ribosomal protein S16


分子量: 16032.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#84: タンパク質 Ribosomal protein S23


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47

+
タンパク質 , 43種, 43分子 GGHHIIKKLLMM09NNPPABCFGHOPQRSTUVXSSabcd...

#7: タンパク質 uS10


分子量: 11395.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#8: タンパク質 eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#9: タンパク質 uS13


分子量: 16898.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZI5, UniProt: G1TPG3*PLUS
#11: タンパク質 eS17


分子量: 15250.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#12: タンパク質 eS26


分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#13: タンパク質 uS11


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#14: タンパク質 eS31


分子量: 7986.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#23: タンパク質 uS14


分子量: 6559.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#24: タンパク質 eS24


分子量: 14432.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#26: タンパク質 eS19


分子量: 15611.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#29: タンパク質 uL2


分子量: 26998.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#30: タンパク質 uL3


分子量: 45119.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#31: タンパク質 uL4


分子量: 41101.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#34: タンパク質 uL30


分子量: 26658.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SV32
#35: タンパク質 eL8


分子量: 27351.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1STW0
#36: タンパク質 uL6


分子量: 21627.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TX33, UniProt: G1SWI6*PLUS
#43: タンパク質 uL13


分子量: 23144.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#44: タンパク質 uL22


分子量: 17758.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVT6, UniProt: G1SCJ6*PLUS
#45: タンパク質 eL18


分子量: 21568.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TX70
#46: タンパク質 eL19


分子量: 21613.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#47: タンパク質 eL20


分子量: 20827.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#48: タンパク質 eL21


分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#49: タンパク質 eL22


分子量: 11495.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#50: タンパク質 eL14


分子量: 13972.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#52: タンパク質 uL23


分子量: 13727.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#55: タンパク質 eS10


分子量: 11529.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#56: タンパク質 uL15


分子量: 16489.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#57: タンパク質 eL29


分子量: 13401.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#58: タンパク質 eL30


分子量: 10914.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#59: タンパク質 eL31


分子量: 12635.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#60: タンパク質 eL32


分子量: 15022.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUN8
#61: タンパク質 eL33


分子量: 12449.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#62: タンパク質 eL34


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U945
#63: タンパク質 uL29


分子量: 14435.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#66: タンパク質 eL38


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#68: タンパク質 eL40


分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#70: タンパク質 eL42


分子量: 12198.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T040
#72: タンパク質 uS2


分子量: 24361.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#73: タンパク質 eL28


分子量: 14220.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#74: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 21521.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U6N2
#75: タンパク質 uL11


分子量: 16561.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7
#77: タンパク質 uS5


分子量: 24441.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#85: タンパク質 uS19


分子量: 14246.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 1l

#15: タンパク質・ペプチド X-box-binding protein 1 / XBP-1 / Tax-responsive element-binding protein 5 / TREB-5


分子量: 2895.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XBP1, TREB5, XBP2 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P17861
#67: タンパク質・ペプチド eL39


分子量: 6324.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 234578K

#16: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 24108.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#17: RNA鎖 E-tRNA


分子量: 24148.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#18: RNA鎖 messenger RNA


分子量: 1877.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#19: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1148460.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#21: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#22: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 48545.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#39: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 548040.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
60S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 DELZin

#32: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34077.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 28818.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24200.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV0
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 11888.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#69: タンパク質・ペプチド 60s ribosomal protein l41 / eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

-
Protein transport protein Sec61 subunit ... , 3種, 3分子 XXYYZZ

#86: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Sec61 alpha-1


分子量: 50728.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P38377
#87: タンパク質 Protein transport protein Sec61 subunit gamma


分子量: 7019.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P60058
#88: タンパク質・ペプチド Protein transport protein Sec61 subunit beta


分子量: 3265.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P60467

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非ポリマー , 2種, 305分子

#89: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#90: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with Sec61.COMPLEX#1-#880MULTIPLE SOURCES
2RibosomeCOMPLEX#1-#14, #19-#851NATURAL
3X-box-binding protein 1ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#151RECOMBINANT
4tRNAORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#16-#171NATURAL
5Sec61ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#86-#881NATURAL
6mRNAORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#181RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
45Canis lupus familiaris (イヌ)9615
56Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
26synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12749 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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