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- PDB-6r6p: Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex (rotated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r6p
タイトルStructure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex (rotated state)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 8
  • (60S ribosomal protein ...) x 7
  • (Ribosomal protein ...) x 21
  • 18S rRNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • A/P-tRNA
  • P/E-tRNA
  • S29
  • X-box-binding protein 1
  • eL18
  • eL19
  • eL20
  • eL21
  • eL28
  • eL30
  • eL31
  • eL32
  • eL33
  • eL34
  • eL38
  • eL40
  • eL42
  • eL8
  • eS10
  • eS17
  • eS19
  • eS21
  • eS24
  • eS26
  • eS31
  • mRNA
  • uL13
  • uL14
  • uL15
  • uL2
  • uL22
  • uL23
  • uL29
  • uL3
  • uL30
  • uL4
  • uL5
  • uL6
  • uS10
  • uS11
  • uS13
  • uS14
  • uS2
  • uS5
キーワードRIBOSOME / translational pausing / XBP1 / UPR
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell maturation involved in salivary gland development / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of protein acetylation / ATF6-mediated unfolded protein response / glandular epithelial cell maturation / sterol homeostasis / IRE1alpha activates chaperones / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / positive regulation of plasma cell differentiation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process ...epithelial cell maturation involved in salivary gland development / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of protein acetylation / ATF6-mediated unfolded protein response / glandular epithelial cell maturation / sterol homeostasis / IRE1alpha activates chaperones / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / positive regulation of plasma cell differentiation / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / negative regulation of myotube differentiation / positive regulation of ERAD pathway / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to fructose stimulus / positive regulation of lactation / cellular response to laminar fluid shear stress / XBP1(S) activates chaperone genes / cellular response to nutrient / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / cellular response to fluid shear stress / exocrine pancreas development / endothelial cell proliferation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / cellular response to peptide hormone stimulus / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / muscle organ development / positive regulation of immunoglobulin production / IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of SMAD protein signal transduction / ubiquitin-like protein ligase binding / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / fatty acid homeostasis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / adipose tissue development / positive regulation of TOR signaling / response to insulin-like growth factor stimulus / ubiquitin ligase inhibitor activity / 90S preribosome / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / neuron development / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to glucose starvation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / phagocytic cup / endoplasmic reticulum unfolded protein response / translation regulator activity / ERAD pathway / rough endoplasmic reticulum / ribosomal small subunit export from nucleus / gastrulation / cellular response to interleukin-4 / MDM2/MDM4 family protein binding / positive regulation of autophagy / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / response to endoplasmic reticulum stress / cytosolic ribosome / cholesterol homeostasis / nuclear estrogen receptor binding / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cellular response to leukemia inhibitory factor / ribosomal large subunit biogenesis / regulation of autophagy / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to amino acid stimulus / liver development / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / regulation of protein stability / cellular response to glucose stimulus / regulation of cell growth / small-subunit processome / chromatin DNA binding / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of interleukin-6 production / protein destabilization / RNA polymerase II transcription regulator complex / autophagy / spindle / histone deacetylase binding / fatty acid biosynthetic process / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / rRNA processing / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway
類似検索 - 分子機能
: / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain ...: / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / : / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L2, archaeal-type / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e, conserved site / : / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L36e signature. / : / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S25 / : / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L44 / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 60S ribosomal protein L6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / 60S acidic ribosomal protein P0 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL34 / X-box-binding protein 1 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Shanmuganathan, V. / Cheng, J. / Berninghausen, O. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structural and mutational analysis of the ribosome-arresting human XBP1u.
著者: Vivekanandan Shanmuganathan / Nina Schiller / Anastasia Magoulopoulou / Jingdong Cheng / Katharina Braunger / Florian Cymer / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Kenji Kohno / Gunnar von ...著者: Vivekanandan Shanmuganathan / Nina Schiller / Anastasia Magoulopoulou / Jingdong Cheng / Katharina Braunger / Florian Cymer / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Kenji Kohno / Gunnar von Heijne / Roland Beckmann /
要旨: XBP1u, a central component of the unfolded protein response (UPR), is a mammalian protein containing a functionally critical translational arrest peptide (AP). Here, we present a 3 Å cryo-EM ...XBP1u, a central component of the unfolded protein response (UPR), is a mammalian protein containing a functionally critical translational arrest peptide (AP). Here, we present a 3 Å cryo-EM structure of the stalled human XBP1u AP. It forms a unique turn in the ribosomal exit tunnel proximal to the peptidyl transferase center where it causes a subtle distortion, thereby explaining the temporary translational arrest induced by XBP1u. During ribosomal pausing the hydrophobic region 2 (HR2) of XBP1u is recognized by SRP, but fails to efficiently gate the Sec61 translocon. An exhaustive mutagenesis scan of the XBP1u AP revealed that only 8 out of 20 mutagenized positions are optimal; in the remaining 12 positions, we identify 55 different mutations increase the level of translational arrest. Thus, the wildtype XBP1u AP induces only an intermediate level of translational arrest, allowing efficient targeting by SRP without activating the Sec61 channel.
履歴
登録2019年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4737
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
5: 28S ribosomal RNA
7: 5S ribosomal RNA
8: 5.8S ribosomal RNA
A: uL2
B: uL3
C: uL4
D: 60S ribosomal protein L5
E: 60S ribosomal protein L6
F: uL30
G: eL8
H: uL6
I: Ribosomal protein L10 (Predicted)
J: uL5
L: 60S ribosomal protein L13
M: Ribosomal protein L14
N: Ribosomal protein L15
O: uL13
P: uL22
Q: eL18
R: eL19
S: eL20
T: eL21
U: Ribosomal protein L22
V: uL14
W: Ribosomal protein L24
X: uL23
Y: Ribosomal protein L26
Z: 60S ribosomal protein L27
a: uL15
b: 60S ribosomal protein L29
c: eL30
d: eL31
e: eL32
f: eL33
g: eL34
h: uL29
i: 60S ribosomal protein L36
j: Ribosomal protein L37
k: eL38
l: ribosomal protein eL39
m: eL40
n: 60s ribosomal protein l41
o: eL42
p: ribosomal protein eL43
r: eL28
s: 60S acidic ribosomal protein P0
t: Ribosomal protein L12
1: X-box-binding protein 1
2: A/P-tRNA
3: P/E-tRNA
K: 18S rRNA
q: uS2
u: 40S ribosomal protein S3a
v: uS5
x: 40S ribosomal protein S4
z: 40S ribosomal protein S6
y: 40S ribosomal protein S7
CC: 40S ribosomal protein S8
XX: Ribosomal protein S9 (Predicted)
EE: Ribosomal protein S11
QQ: ribosomal protein uS15
MM: uS11
UU: Ribosomal protein S16
YY: eS17
HH: eS21
TT: Ribosomal protein S15a
VV: Ribosomal protein S23
NN: eS24
ZZ: eS26
JJ: 40S ribosomal protein S27
AA: 40S ribosomal protein S30
DD: Ribosomal protein S3
BB: Ribosomal protein S5
SS: eS10
RR: 40S ribosomal protein S12
9: uS14
II: uS13
PP: eS19
GG: uS10
OO: ribosomal protein eS25
FF: Ribosomal protein S28
w: S29
0: eS31
6: ribosomal protein RACK1
4: mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,222,207249
ポリマ－3,218,01585
非ポリマー4,192164
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 57823K4

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1186579.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#49: RNA鎖 A/P-tRNA


分子量: 24414.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#50: RNA鎖 P/E-tRNA


分子量: 24148.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#51: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 548024.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#85: RNA鎖 mRNA


分子量: 3145.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

+
タンパク質 , 41種, 41分子 ABCFGHJOPQRSTVXacdefghkmorsqvMM...

#4: タンパク質 uL2


分子量: 26570.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#5: タンパク質 uL3


分子量: 45119.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#6: タンパク質 uL4


分子量: 41101.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#9: タンパク質 uL30


分子量: 26662.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SV32
#10: タンパク質 eL8


分子量: 27480.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1STW0
#11: タンパク質 uL6


分子量: 21627.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TX33, UniProt: G1SWI6*PLUS
#13: タンパク質 uL5


分子量: 19270.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#17: タンパク質 uL13


分子量: 23248.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#18: タンパク質 uL22


分子量: 17758.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVT6, UniProt: G1SCJ6*PLUS
#19: タンパク質 eL18


分子量: 21457.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TX70
#20: タンパク質 eL19


分子量: 21613.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#21: タンパク質 eL20


分子量: 20696.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#22: タンパク質 eL21


分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#24: タンパク質 uL14


分子量: 13972.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#26: タンパク質 uL23


分子量: 13856.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#29: タンパク質 uL15


分子量: 16489.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#31: タンパク質 eL30


分子量: 10496.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#32: タンパク質 eL31


分子量: 12635.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#33: タンパク質 eL32


分子量: 15022.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUN8
#34: タンパク質 eL33


分子量: 12449.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#35: タンパク質 eL34


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U945
#36: タンパク質 uL29


分子量: 14435.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#39: タンパク質 eL38


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#41: タンパク質 eL40


分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#43: タンパク質 eL42


分子量: 12198.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T040
#45: タンパク質 eL28


分子量: 14319.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#46: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 21747.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U6N2
#52: タンパク質 uS2


分子量: 24361.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#54: タンパク質 uS5


分子量: 24441.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#62: タンパク質 uS11


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#64: タンパク質 eS17


分子量: 15250.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#65: タンパク質 eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#68: タンパク質 eS24


分子量: 14432.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#69: タンパク質 eS26


分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#74: タンパク質 eS10


分子量: 11529.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#76: タンパク質 uS14


分子量: 14246.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#77: タンパク質 uS13


分子量: 16898.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZI5, UniProt: G1TPG3*PLUS
#78: タンパク質 eS19


分子量: 15611.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#79: タンパク質 uS10


分子量: 11395.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#82: タンパク質 S29


分子量: 6559.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#83: タンパク質 eS31


分子量: 7986.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22

-
60S ribosomal protein ... , 7種, 7分子 DELZbin

#7: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34006.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 28529.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG04
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24216.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV0
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 8706.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN82
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 11888.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#42: タンパク質・ペプチド 60s ribosomal protein l41


分子量: 3213.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

+
Ribosomal protein ... , 21種, 21分子 IMNUWYjlptXXEEQQUUTTVVDDBBOOFF6

#12: タンパク質 Ribosomal protein L10 (Predicted)


分子量: 24511.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#15: タンパク質 Ribosomal protein L14


分子量: 16217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KNW6
#16: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#23: タンパク質 Ribosomal protein L22


分子量: 11481.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TSG1
#25: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 7512.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#27: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#38: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#40: タンパク質・ペプチド ribosomal protein eL39


分子量: 6295.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYU7
#44: タンパク質 ribosomal protein eL43


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#47: タンパク質 Ribosomal protein L12


分子量: 17689.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7
#59: タンパク質 Ribosomal protein S9 (Predicted)


分子量: 21649.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#60: タンパク質 Ribosomal protein S11


分子量: 17586.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#61: タンパク質 ribosomal protein uS15


分子量: 17057.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#63: タンパク質 Ribosomal protein S16


分子量: 16032.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#66: タンパク質 Ribosomal protein S15a


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#67: タンパク質 Ribosomal protein S23


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#72: タンパク質 Ribosomal protein S3


分子量: 25215.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TNM3
#73: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#80: タンパク質 ribosomal protein eS25


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#81: タンパク質 Ribosomal protein S28


分子量: 7007.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#84: タンパク質 ribosomal protein RACK1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 1

#48: タンパク質・ペプチド X-box-binding protein 1 / XBP-1 / Tax-responsive element-binding protein 5 / TREB-5


分子量: 2895.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XBP1, TREB5, XBP2 / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P17861

-
40S ribosomal protein ... , 8種, 8分子 uxzyCCJJAARR

#53: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 24759.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29523.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21629.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9348.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6317.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 13048.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8

-
非ポリマー , 2種, 164分子

#86: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#87: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細 (eV)
1Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex (rotated state).RIBOSOME#1-#850MULTIPLE SOURCES
2Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex (rotated state).COMPLEX#1-#841NATURAL
3A/P- and P/E- site tRNAORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#49-#501NATURAL
4X-box-binding protein 1ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#481RECOMBINANTPausing sequence of XBP1u
5mRNAORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#851RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
34Homo sapiens (ヒト)9606
45Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
14Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
25synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94923 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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