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- PDB-6r2v: Arabidopsis NF-Y/CCAAT-box complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r2v
タイトルArabidopsis NF-Y/CCAAT-box complex
要素
  • (FT (-5kb) CCAAT-box ...) x 2
  • NF-YB2
  • NF-YC3
  • Nuclear transcription factor Y subunit A-6
キーワードTRANSCRIPTION / NF-Y / Transcription factor / arabidopsis / DNA-binding / Protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic embryogenesis / positive regulation of photomorphogenesis / long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / seed development / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / embryo development ending in seed dormancy / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway ...somatic embryogenesis / positive regulation of photomorphogenesis / long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / seed development / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / embryo development ending in seed dormancy / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / transcription coregulator activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
CCAAT-binding factor, conserved site / NF-YA/HAP2 subunit signature. / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : ...CCAAT-binding factor, conserved site / NF-YA/HAP2 subunit signature. / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / (thale cress) hypothetical protein / (thale cress) hypothetical protein / Nuclear transcription factor Y subunit B-2 / Nuclear transcription factor Y subunit A-6 / Nuclear transcription factor Y subunit C-3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Chaves-Sanjuan, A. / Gnesutta, N. / Chiara, M. / Bernardini, A. / Fornara, F. / Horner, D. / Nardini, M. / Mantovani, R.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2021
タイトル: Structural determinants for NF-Y subunit organization and NF-Y/DNA association in plants.
著者: Chaves-Sanjuan, A. / Gnesutta, N. / Gobbini, A. / Martignago, D. / Bernardini, A. / Fornara, F. / Mantovani, R. / Nardini, M.
履歴
登録2019年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear transcription factor Y subunit A-6
B: NF-YB2
C: NF-YC3
I: FT (-5kb) CCAAT-box 5'
J: FT (-5kb) CCAAT-box 3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5095
ポリマ－46,5095
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13790 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area20780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.446, 85.525, 130.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Nuclear transcription factor Y subunit A-6 / AtNF-YA-6


分子量: 8866.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NFYA6, At3g14020, MDC16.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LVJ7
#2: タンパク質 NF-YB2


分子量: 11160.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AXX17_At5g46140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178UPH7, UniProt: Q9FGJ3*PLUS
#3: タンパク質 NF-YC3


分子量: 11126.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AXX17_At1g49320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178WGU5, UniProt: Q9ZVL3*PLUS

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FT (-5kb) CCAAT-box ... , 2種, 2分子 IJ

#4: DNA鎖 FT (-5kb) CCAAT-box 5'


分子量: 7552.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#5: DNA鎖 FT (-5kb) CCAAT-box 3'


分子量: 7802.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
非ポリマー , 1種, 140分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 10% PEG 8000, 5% ethylene glycol, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.999998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.32 Å / Num. obs: 11940 / % possible obs: 56.1 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.9 Å / 冗長度: 8.2 % / Num. unique obs: 271 / CC1/2: 0.678 / Rpim(I) all: 0.484 / % possible all: 8.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3304: ???)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4awl

4awl


解像度: 2.503→41.322 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 624 5.23 %
Rwork0.1999 --
obs0.2024 11940 56.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.503→41.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2057 1019 0 140 3216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.894575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.4371326
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008412
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5025-2.75430.3271110.3534260X-RAY DIFFRACTION5
2.7543-3.15270.3108880.30671451X-RAY DIFFRACTION29
3.1527-3.97160.25532470.21794483X-RAY DIFFRACTION89
3.9716-41.32720.2332780.17515122X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5512-0.871-0.28724.52350.92330.20510.7645-1.03040.0660.7938-0.2993-0.84562.12310.0135-0.29131.49610.2761-0.24411.0044-0.29770.804921.5166-6.7863-5.3106
24.2603-0.48831.7773.78661.59661.30330.07440.0777-0.1888-0.0688-0.05190.3106-0.0605-0.48630.00560.315300.00520.29980.04120.310211.5767-17.7111-38.783
30.67560.430.82370.2520.51411.0045-0.18160.63560.0938-0.58210.0671-0.1942-0.40790.5110.0640.57010.06040.0690.66070.25111.238310.66220.0718-35.4913
40.42710.19980.25620.1060.10820.1816-0.3775-0.10241.1946-0.16550.09990.0804-0.257-0.194900.35490.0103-0.10380.2958-0.07210.512722.012115.0601-28.0006
50.38490.58320.57471.15440.81790.9906-0.620.2374-0.1857-0.56450.8187-0.8641-0.31110.64790.11790.4524-0.0603-0.01010.29090.04140.470626.7964-4.9247-31.8844
61.19120.94690.42221.4242-0.46442.8958-0.4599-0.6595-0.1639-1.0122-0.3063-0.53860.4585-0.729-0.43690.19490.0718-0.00970.0967-0.01190.41218.2249-25.9001-35.0374
70.03910.0007-0.0289-0.00070.00280.0078-0.0706-0.2905-0.4851-0.3371-0.13760.46991.3353-0.748300.8922-0.10830.11660.9381-0.00241.37937.3517-37.1049-31.7529
86.8358-4.1313-3.31839.7826-5.40249.1228-0.3023-0.69150.919-0.015-0.1731-2.4926-0.54171.5147-0.65860.48470.0411-0.09770.2665-0.12960.564422.2224-4.6725-26.5606
94.2145-1.218-0.68612.8768-1.9723.461-0.102-0.09920.19320.03890.0017-0.0941-0.30840.1139-0.01290.04420.05640.02870.22770.02180.286810.45731.1656-29.6227
105.48281.326-0.91241.3998-0.16520.4656-0.1462-1.94941.4140.8136-0.1458-0.13780.09810.66660.23810.470.3023-0.10250.3821-0.40330.53419.415612.9171-15.6192
110.13820.06060.49061.62090.99323.1095-1.0762-2.3141-0.41281.63020.24381.20090.6562-0.8673-0.39420.90230.14580.28021.26120.17940.962-0.89424.2503-15.3296
120.1028-0.0240.12340.0106-0.03190.1386-0.4047-1.9430.27010.47091.0244-0.2528-0.4899-1.84820.00760.8090.1280.10741.69770.32491.3417-19.6687-23.7807-26.2792
132.994-3.45175.10233.9952-5.88438.65050.45561.207-1.9699-0.55-0.27972.52550.6968-2.83540.44890.53780.29140.0121.517-0.58120.94452.4207-11.9526-23.2302
143.2434-0.9812-2.1483.76620.39752.44950.05-0.30780.72380.078-0.34930.05860.2684-0.1109-0.0370.29670.09620.04270.20680.01490.24579.82762.3565-25.2699
156.1152.51891.33576.42294.62413.70070.05730.64221.2906-1.4581-0.55980.4572-0.9745-0.5688-0.45780.4904-0.01760.02680.41310.11990.44918.42466.0309-41.4321
161.738-0.13661.42469.4691.93151.58860.61510.7519-0.2784-0.979-0.3694-0.9536-0.15770.5940.57410.33290.1421-0.02590.5530.10590.316512.1447-14.0348-48.8948
172.84830.7866-0.85162.23350.2182.62090.071-1.00150.06581.3919-0.24590.1534-0.0764-0.7110.01631.02180.0619-0.0250.36110.08130.276816.4046-16.4724-16.9402
181.2339-0.5513-0.34676.18360.62930.14330.5787-0.10050.16770.6827-0.3574-0.8962-0.32390.7796-0.08311.26580.18490.04430.9504-0.10230.550923.57747.96211.8399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'J' and (resid -25 through -16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'J' and (resid -15 through -1 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 172 through 179 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 180 through 195 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 196 through 208 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 209 through 226 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 227 through 233 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 24 through 33 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 34 through 81 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 82 through 100 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 101 through 116 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 54 through 63 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 64 through 72 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 73 through 118 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 119 through 148 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'I' and (resid 3 through 7 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'I' and (resid 8 through 22 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'I' and (resid 23 through 27 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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