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- PDB-1xvv: Crystal Structure of CaiB mutant D169A in complex with carnitinyl-CoA -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1xvv | ||||||
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Title | Crystal Structure of CaiB mutant D169A in complex with carnitinyl-CoA | ||||||
![]() | Crotonobetainyl-CoA:carnitine CoA-transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CaiB / CoA-transferase / Carnityl-CoA / Asp mutant | ||||||
Function / homology | ![]() L-carnitine CoA-transferase / L-carnitine CoA-transferase activity / carnitine catabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rangarajan, E.S. / Li, Y. / Iannuzzi, P. / Cygler, M. / Matte, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Escherichia coli Crotonobetainyl-CoA: Carnitine CoA-Transferase (CaiB) and Its Complexes with CoA and Carnitinyl-CoA. Authors: Rangarajan, E.S. / Li, Y. / Iannuzzi, P. / Cygler, M. / Matte, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 93 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 69.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1xk6SC ![]() 1xk7C ![]() 1xvtC ![]() 1xvuC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 45408.828 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D169A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P31572, Transferases; Transferring sulfur-containing groups; CoA-transferases |
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#2: Chemical | ChemComp-CCQ / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.59 Å3/Da / Density % sol: 65.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 Details: 1.35M Sodium citrate, 0.1M Tris-Cl (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, temperature 21K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Aug 23, 2004 |
Radiation | Monochromator: Silicone / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.22→50 Å / Num. all: 31626 / Num. obs: 31586 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 9.4 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 19.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.22→2.3 Å / Redundancy: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.86 / Rsym value: 0.613 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1XK6 Resolution: 2.4→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 16.755 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.224 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.823 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→49.09 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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