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- PDB-6r0l: Histone fold domain of OsGhd8/NF-YC7 in I2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r0l
タイトルHistone fold domain of OsGhd8/NF-YC7 in I2
要素
  • OsGhd8
  • OsNF-YC7
キーワードTRANSCRIPTION / NF-Y / Transcription factor / rice
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of unidimensional cell growth / negative regulation of long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / flower development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding ...positive regulation of unidimensional cell growth / negative regulation of long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / flower development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Os09g0480700 protein / Nuclear transcription factor Y subunit B-11 / Nuclear transcription factor Y subunit C-6
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chaves-Sanjuan, A. / Gobbini, A. / Nardini, M.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2021
タイトル: Structural determinants for NF-Y subunit organization and NF-Y/DNA association in plants.
著者: Chaves-Sanjuan, A. / Gnesutta, N. / Gobbini, A. / Martignago, D. / Bernardini, A. / Fornara, F. / Mantovani, R. / Nardini, M.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OsGhd8
B: OsNF-YC7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0834
ポリマ－18,8992
非ポリマー1842
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area8900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.836, 34.102, 67.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 OsGhd8 / OsNF-YB11 / Protein DAYS TO HEADING 8 / Protein HEADING DATE 5 / Transcriptional activator HAP3H / ...OsNF-YB11 / Protein DAYS TO HEADING 8 / Protein HEADING DATE 5 / Transcriptional activator HAP3H / OsHAP3H / OsGhd8


分子量: 10092.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OsGhd8 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ)
遺伝子: HD5, DTH8, GHD8, HAP3H, NFYB11, Os08g0174500, LOC_Os08g07740
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0J7P4
#2: タンパク質 OsNF-YC7 / OsNF-YC7


分子量: 8806.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OsNF-YC7 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: Os09g0480700, OSNPB_090480700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0J0W2, UniProt: Q9XE33*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 0.2 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.21 Å / Num. obs: 38743 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 13.03 Å2 / CC1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3887 / CC1/2: 0.596 / Rpim(I) all: 0.356 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G49

5g49


解像度: 2.7→44.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.838 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU B: 18.561 / SU ML: 0.383 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.451 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27638 224 5.4 %RANDOM
Rwork0.2575 ---
obs0.25851 3947 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.906 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.14 Å20 Å2-1.74 Å2
2---3.15 Å20 Å2
3---5.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1322 0 12 41 1375
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0131353
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1411.6511814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4081.5853065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5155163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.63420.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.23815256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9271515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02301
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2421.885658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2391.88657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1742.812819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1742.818820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0222.072694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0222.075695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4293.049995
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.82132.7635169
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.82132.7685170
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 22 -
Rwork0.309 286 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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