+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6r2v | ||||||
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Title | Arabidopsis NF-Y/CCAAT-box complex | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / NF-Y / Transcription factor / arabidopsis / DNA-binding / Protein-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information somatic embryogenesis / positive regulation of photomorphogenesis / long-day photoperiodism, flowering / seed development / CCAAT-binding factor complex / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / embryo development ending in seed dormancy / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway ...somatic embryogenesis / positive regulation of photomorphogenesis / long-day photoperiodism, flowering / seed development / CCAAT-binding factor complex / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / embryo development ending in seed dormancy / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / transcription coregulator activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.503 Å | ||||||
Authors | Chaves-Sanjuan, A. / Gnesutta, N. / Chiara, M. / Bernardini, A. / Fornara, F. / Horner, D. / Nardini, M. / Mantovani, R. | ||||||
Citation | Journal: Plant J. / Year: 2021 Title: Structural determinants for NF-Y subunit organization and NF-Y/DNA association in plants. Authors: Chaves-Sanjuan, A. / Gnesutta, N. / Gobbini, A. / Martignago, D. / Bernardini, A. / Fornara, F. / Mantovani, R. / Nardini, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6r2v.cif.gz | 181.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6r2v.ent.gz | 140.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6r2v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6r0lC 6r0mC 6r0nC 4awlS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 8866.352 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: NFYA6, At3g14020, MDC16.15 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9LVJ7 |
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#2: Protein | Mass: 11160.813 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: AXX17_At5g46140 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A178UPH7, UniProt: Q9FGJ3*PLUS |
#3: Protein | Mass: 11126.929 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: AXX17_At1g49320 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A178WGU5, UniProt: Q9ZVL3*PLUS |
-FT (-5kb) CCAAT-box ... , 2 types, 2 molecules IJ
#4: DNA chain | Mass: 7552.899 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Arabidopsis thaliana (thale cress) |
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#5: DNA chain | Mass: 7802.058 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Arabidopsis thaliana (thale cress) |
-Non-polymers , 1 types, 140 molecules
#6: Water | ChemComp-HOH / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 10% PEG 8000, 5% ethylene glycol, 0.1M MES pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.999998 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999998 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→41.32 Å / Num. obs: 11940 / % possible obs: 56.1 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / Redundancy: 7.7 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.9 Å / Redundancy: 8.2 % / Num. unique obs: 271 / CC1/2: 0.678 / Rpim(I) all: 0.484 / % possible all: 8.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4awl Resolution: 2.503→41.322 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.43 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.503→41.322 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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