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- PDB-6r0m: Histone fold domain of AtNF-YB2/NF-YC3 in P212121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r0m
タイトルHistone fold domain of AtNF-YB2/NF-YC3 in P212121
要素
  • NF-YB2
  • NF-YC3
キーワードTRANSCRIPTION / NF-Y / Transcription factor / arabidopsis
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of photomorphogenesis / long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / transcription coregulator activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...positive regulation of photomorphogenesis / long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / transcription coregulator activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
(thale cress) hypothetical protein / (thale cress) hypothetical protein / Nuclear transcription factor Y subunit B-2 / Nuclear transcription factor Y subunit C-3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chaves-Sanjuan, A. / Gnesutta, N. / Chiara, M. / Bernardini, A. / Fornara, F. / Horner, D. / Nardini, M. / Mantovani, R.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2021
タイトル: Structural determinants for NF-Y subunit organization and NF-Y/DNA association in plants.
著者: Chaves-Sanjuan, A. / Gnesutta, N. / Gobbini, A. / Martignago, D. / Bernardini, A. / Fornara, F. / Mantovani, R. / Nardini, M.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NF-YB2
B: NF-YC3
C: NF-YB2
D: NF-YC3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5754
ポリマ－44,5754
非ポリマー00
水2,126118
1
A: NF-YB2
B: NF-YC3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2882
ポリマ－22,2882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area9620 Å2
手法PISA
2
C: NF-YB2
D: NF-YC3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2882
ポリマ－22,2882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area9780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.023, 74.980, 86.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NF-YB2


分子量: 11160.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AXX17_At5g46140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178UPH7, UniProt: Q9FGJ3*PLUS
#2: タンパク質 NF-YC3


分子量: 11126.929 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AXX17_At1g49320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178WGU5, UniProt: Q9ZVL3*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 3350, 0.1 M MES pH 6.5 and 0.3 M lithium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.010876 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.010876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.07 Å / Num. obs: 20843 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 13.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 2054 / CC1/2: 0.575 / Rpim(I) all: 0.215 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G49

5g49


解像度: 2.3→44.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.276 / SU Rfree Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.209
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 967 4.64 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 20849 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8816 Å20 Å20 Å2
2---1.4079 Å20 Å2
3---4.2895 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→44.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2848 0 0 118 2966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0132906HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.963910HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1084SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes81HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes410HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2906HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion390SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3529SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 170 5.63 %
Rwork0.257 2848 -
all0.258 3018 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.69750.35960.85672.30880.46641.8987-0.26810.03870.21350.00730.1090.1145-0.2562-0.350.1592-0.00090.0316-0.0746-0.0481-0.0283-0.106514.630315.80079.7448
24.88750.75870.3322.23820.21683.6397-0.1066-0.11660.0360.0189-0.08970.2324-0.1817-0.54390.1963-0.00660.0807-0.0151-0.0151-0.0535-0.15567.842813.091811.4314
32.7692-0.98660.0772.8665-0.42673.47740.15620.09320.0563-0.0022-0.2861-0.2719-0.23290.12410.12990.0111-0.0204-0.0252-0.07790.0679-0.110133.39743.556232.0188
42.6713-0.6232-0.32874.0135-1.11653.15950.0258-0.10970.23730.1339-0.1065-0.0862-0.54420.04310.08070.0305-0.0273-0.0443-0.067-0.0158-0.140130.34489.908433.5496
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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