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万見
- PDB-5g49: Crystal structure of the Arabodopsis thaliana histone-fold dimer ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g49
タイトルCrystal structure of the Arabodopsis thaliana histone-fold dimer L1L NF-YC3
要素
  • NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT B-6
  • NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT C-3
キーワードTRANSCRIPTION / HISTONE-FOLD DOMAIN / NF-Y / TRANSCRIPTION FACTOR / CCAAT BOX- BINDING TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of photomorphogenesis / long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway / transcription coregulator activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding ...positive regulation of photomorphogenesis / long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway / transcription coregulator activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 ...Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Nuclear transcription factor Y subunit B-6 / Nuclear transcription factor Y subunit C-3
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gnesutta, N. / Saad, D. / Chaves-Sanjuan, A. / Mantovani, R. / Nardini, M.
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Arabidopsis thaliana L1L/NF-YC3 Histone-fold Dimer Reveals Specificities of the LEC1 Family of NF-Y Subunits in Plants.
著者: Gnesutta, N. / Saad, D. / Chaves-Sanjuan, A. / Mantovani, R. / Nardini, M.
履歴
登録2016年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年4月12日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT B-6
B: NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT C-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8246
ポリマ－22,6072
非ポリマー2174
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-51.6 kcal/mol
Surface area10840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.344, 81.691, 95.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2023-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT B-6 / AT-L1L / ATNF-YB-6 / PROTEIN LEAFY COTYLEDON 1-LIKE


分子量: 11480.097 Da / 分子数: 1 / 断片: HISTONE-FOLD DOMAIN, RESIDUES 55-147 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84W66
#2: タンパク質 NUCLEAR TRANSCRIPTION FACTOR Y SUBUNIT C-3 / ATNF-YC-3 / AT-NF-YC3


分子量: 11126.929 Da / 分子数: 1 / 断片: HISTONE-FOLD DOMAIN, RESIDUES 55-148 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZVL3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 10% W/V PEG 8,000, 100 MM HEPES-NAOH PH 7.5, 200 MM CALCIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→52.42 Å / Num. obs: 12288 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 5.1 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 38.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CSR

4csr


解像度: 2.3→40.845 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.19 / 位相誤差: 24.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 1110 4.8 %
Rwork0.1617 --
obs0.1637 12245 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.845 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1573 0 13 109 1695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9392192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9071013
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005285
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.40470.27451320.21652707X-RAY DIFFRACTION98
2.4047-2.53140.23931460.20662735X-RAY DIFFRACTION99
2.5314-2.690.21731100.19222760X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.89770.22871280.18552730X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-3.18920.23251330.18462753X-RAY DIFFRACTION100
3.1892-3.65040.18621760.15412719X-RAY DIFFRACTION100
3.6504-4.59810.15831440.12872726X-RAY DIFFRACTION100
4.5981-40.85190.2031410.15292749X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1650.15050.35530.7317-0.35610.33660.47820.42290.2597-0.0593-0.3694-0.0057-0.3956-0.4460.00650.5166-0.13880.02810.49220.05650.4574-15.4499-20.7855-0.0118
21.37830.31210.91190.5115-0.1711.1581-00.2507-1.1375-0.1330.3237-0.21380.93450.36370.09330.56650.0184-0.07450.340.04510.52394.7997-28.50092.6701
32.12390.26121.04891.26971.27971.7991-0.1241-0.0999-0.10920.24810.16540.3449-0.2482-0.51890.00480.25220.01130.02190.37350.00670.3626-5.2806-11.7541-4.0053
40.897-0.14160.84523.65151.6312.71320.11340.20330.0498-0.2206-0.0391-0.1683-0.14930.32490.00110.2796-0.01020.00620.39670.05070.2724.6876-8.2569-14.762
51.0283-0.4196-0.41160.9061-0.59760.9565-0.00470.2688-0.7864-0.17090.2065-0.18561.0050.3907-0.00380.66910.0995-0.10990.6029-0.04730.638710.4051-24.5809-10.6269
60.76610.1486-0.19620.43180.0911.22420.19730.01560.345-0.185-0.10070.4712-0.0469-0.58170.00030.4053-0.0409-0.04480.4640.02650.4757-10.3763-13.5509-14.1187
71.3715-0.2409-0.30262.4196-0.75890.2880.0275-0.2386-0.24680.3646-0.0191-0.09040.0730.62430.00060.32660.004-0.02890.35650.05980.36675.6636-19.10413.051
80.0618-0.1194-0.02541.10070.65990.46310.5066-0.67850.16391.143-0.71630.5325-0.646-0.1067-0.01640.509-0.0471-0.0120.6420.07320.31871.5538-14.327311.9065
90.2168-0.11060.12480.52010.25680.3559-0.09-1.0035-0.08890.73960.1010.35350.1498-0.3113-0.00430.4144-0.03010.06360.42730.06810.4129-1.6007-8.95315.776
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 45 THROUGH 58 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 59 THROUGH 77 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 78 THROUGH 105 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 106 THROUGH 141 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 27 THROUGH 44 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 45 THROUGH 62 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 63 THROUGH 97 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 98 THROUGH 107 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 108 THROUGH 119 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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