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万見
- PDB-4ojk: Structure of the cGMP Dependent Protein Kinase II and Rab11b Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ojk
タイトルStructure of the cGMP Dependent Protein Kinase II and Rab11b Complex
要素
  • Ras-related protein Rab-11B
  • cGMP-dependent protein kinase 2
キーワードHydrolase/Protein Binding / small gtpase / leucine zipper / trafficking / serine/threonine kinase / membrane associated / Hydrolase-Protein Binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


constitutive secretory pathway / negative regulation of chloride transport / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / cGMP effects / regulation of endocytic recycling / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / RAS processing / regulated exocytosis / positive regulation of chondrocyte differentiation ...constitutive secretory pathway / negative regulation of chloride transport / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / cGMP effects / regulation of endocytic recycling / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / RAS processing / regulated exocytosis / positive regulation of chondrocyte differentiation / amyloid-beta clearance by transcytosis / receptor recycling / transferrin transport / melanosome transport / regulation of protein localization to cell surface / negative regulation of cell volume / cellular hypotonic response / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / endocytic recycling / cellular response to acidic pH / establishment of protein localization to membrane / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / TBC/RABGAPs / mitogen-activated protein kinase binding / cGMP binding / phagocytic vesicle / positive regulation of protein localization / regulation of monoatomic anion transport / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / circadian regulation of gene expression / recycling endosome / synaptic vesicle membrane / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / circadian rhythm / GDP binding / synaptic vesicle / G protein activity / nuclear membrane / cadherin binding / apical plasma membrane / protein serine kinase activity / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / small GTPase Rab1 family profile. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / small GTPase Rab1 family profile. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / RmlC-like jelly roll fold / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-11B / cGMP-dependent protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.657 Å
データ登録者Reger, A.S. / Yang, M.P. / Guo, E. / Kim, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the cGMP-dependent Protein Kinase II Leucine Zipper and Rab11b Protein Complex Reveals Molecular Details of G-kinase-specific Interactions.
著者: Reger, A.S. / Yang, M.P. / Koide-Yoshida, S. / Guo, E. / Mehta, S. / Yuasa, K. / Liu, A. / Casteel, D.E. / Kim, C.
履歴
登録2014年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Derived calculations
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-11B
B: Ras-related protein Rab-11B
C: cGMP-dependent protein kinase 2
D: cGMP-dependent protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4116
ポリマ－55,5244
非ポリマー8862
水37821
1
A: Ras-related protein Rab-11B
C: cGMP-dependent protein kinase 2
ヘテロ分子

B: Ras-related protein Rab-11B
D: cGMP-dependent protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4116
ポリマ－55,5244
非ポリマー8862
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_444-x-1/2,y-1/2,-z-1/41
Buried area6730 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area18230 Å2
手法PISA
2
A: Ras-related protein Rab-11B
C: cGMP-dependent protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2053
ポリマ－27,7622
非ポリマー4431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
3
B: Ras-related protein Rab-11B
D: cGMP-dependent protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2053
ポリマ－27,7622
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.007, 136.007, 76.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-11B / GTP-binding protein YPT3


分子量: 22400.055 Da / 分子数: 2 / 変異: R184C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11B, YPT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15907, small monomeric GTPase
#2: タンパク質・ペプチド cGMP-dependent protein kinase 2 / cGK 2 / cGK2 / cGMP-dependent protein kinase II / cGKII


分子量: 5362.073 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 40-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkg2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64595
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.056M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M potassium phosphate dibasic, 10 mM ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dehydrate., pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月8日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal Diamond (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.657→19.949 Å / Num. all: 21309 / Num. obs: 21139 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.66→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Specデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2F9L

2f9l


解像度: 2.657→19.949 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1051 4.98 %Random
Rwork0.2013 ---
all0.2037 21309 --
obs0.2037 21125 99.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.657→19.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3077 0 56 21 3154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6944330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7951118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6565-2.77710.38691250.33912454X-RAY DIFFRACTION99
2.7771-2.92310.40821290.30662464X-RAY DIFFRACTION99
2.9231-3.10560.33691270.28522468X-RAY DIFFRACTION99
3.1056-3.34440.36291290.2672485X-RAY DIFFRACTION99
3.3444-3.6790.25611330.20962500X-RAY DIFFRACTION99
3.679-4.2070.22281320.17082512X-RAY DIFFRACTION100
4.207-5.28410.1951350.15042547X-RAY DIFFRACTION99
5.2841-19.94980.23761410.19822644X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7804-1.72392.87655.9893-1.68615.31090.10910.443-0.3741-0.2991-0.3157-0.07830.51990.24860.20620.4054-0.00440.05790.27380.03670.4036-45.33624.5853-18.351
21.75082.2839-1.4966.614-4.14177.7717-0.05310.0894-0.163-0.1073-0.1837-0.5924-0.27350.1256-0.00990.47130.0131-0.02350.22160.05720.6179-41.6396-0.3697-12.2643
35.2725-0.83640.86734.142-0.00553.74090.1562-0.50140.09980.9478-0.4916-0.4223-0.21910.12210.30980.6314-0.1521-0.08080.33670.09340.4503-45.292914.2557-7.8417
47.8936-0.18672.95739.50890.42525.247-0.00530.11930.40090.1239-0.2662-0.45260.01260.31820.2490.4966-0.1455-0.00020.4515-0.02060.4701-32.588640.8765-7.158
56.64611.0267-1.05981.8049-2.28513.77410.6947-1.134-0.01980.4681-0.3068-0.03010.13580.078-0.4110.9278-0.1232-0.17050.5125-0.09930.3918-31.335638.76064.5921
64.46760.47980.12480.8518-2.06254.17110.771-0.95660.10771.4055-0.7163-0.96730.42650.2913-0.21281.1957-0.4021-0.32570.65030.10710.5605-33.184330.79126.7573
74.65070.8671-0.17145.16420.67381.52690.1978-0.326-0.1951.2075-0.4861-0.01540.5603-0.08720.17120.7994-0.1898-0.0590.4638-0.04390.409-40.872931.8836-0.943
82.99254.26642.8696.40932.34127.4253-0.148-0.37810.27990.0395-0.4731-0.39980.46610.47920.43390.41990.08590.01650.41680.16260.4936-40.0768-10.6545-11.3843
99.0962-0.60294.39712.78660.04556.0625-0.2655-2.23370.48061.5224-0.25810.92970.9133-0.81380.07340.6598-0.10990.3330.3639-0.1650.7973-31.599456.2862-0.6158
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 83 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 179 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 7 through 66 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 67 through 95 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 96 through 135 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 136 through 178 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 47 through 83 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 49 through 81 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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