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Yorodumi- PDB-3p23: Crystal structure of the Human kinase and RNase domains in comple... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3p23 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Human kinase and RNase domains in complex with ADP | ||||||
Components | Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Transferase / Kinase domain / Kinase and RNase function / ATP binding ssRNA binding / dephosphorylated | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / peptidyl-serine autophosphorylation / IRE1-RACK1-PP2A complex / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters ...peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / peptidyl-serine autophosphorylation / IRE1-RACK1-PP2A complex / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / endothelial cell proliferation / nuclear inner membrane / IRE1-mediated unfolded protein response / mRNA catabolic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / regulation of macroautophagy / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cellular response to unfolded protein / positive regulation of JUN kinase activity / RNA endonuclease activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Hsp70 protein binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of RNA splicing / ADP binding / cellular response to glucose stimulus / Hsp90 protein binding / cellular response to hydrogen peroxide / unfolded protein binding / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Ali, M.M.U. / Pearl, L.H. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2011 Title: Structure of the Ire1 autophosphorylation complex and implications for the unfolded protein response. Authors: Ali, M.M. / Bagratuni, T. / Davenport, E.L. / Nowak, P.R. / Silva-Santisteban, M.C. / Hardcastle, A. / McAndrews, C. / Rowlands, M.G. / Morgan, G.J. / Aherne, W. / Collins, I. / Davies, F.E. / Pearl, L.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3p23.cif.gz | 638.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3p23.ent.gz | 528 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3p23.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/3p23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/3p23 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49448.484 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 547-977 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ERN1, IRE1 / Plasmid: modifie pfastbac / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / Strain (production host): sf9/21 References: UniProt: O75460, non-specific serine/threonine protein kinase, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-ADP / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | SER TO THR CONFLICT AT THIS POSITION IN UNP ENTRY O75460 | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 15% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulfate, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 85 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.92 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 1, 2009 |
Radiation | Monochromator: double crystals monochromator, Kirkpatrick Baez horizontal and vertical focusing mirrors Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→58.8 Å / Num. all: 56524 / Num. obs: 56524 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 3.2 / Observed criterion σ(I): 2.7 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 7.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.7→54.733 Å / SU ML: 1.55 / σ(F): 0.02 / Phase error: 35.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.776 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→54.733 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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