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- PDB-2z66: Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2z66
タイトルCrystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61
要素Variable lymphocyte receptor B, Toll-like receptor 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / TLR4 / toll-like receptor / MD-2 / LPS / Leucine-rich repeat / Glycoprotein / Immune response / Inflammatory response / Innate immunity / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of fungus / nitric oxide production involved in inflammatory response / MHC class II biosynthetic process / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / lipopolysaccharide immune receptor activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / lipopolysaccharide receptor complex / detection of lipopolysaccharide / regulation of dendritic cell cytokine production ...detection of fungus / nitric oxide production involved in inflammatory response / MHC class II biosynthetic process / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / lipopolysaccharide immune receptor activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / lipopolysaccharide receptor complex / detection of lipopolysaccharide / regulation of dendritic cell cytokine production / MyD88-independent TLR4 cascade / negative regulation of interleukin-23 production / TRIF-mediated programmed cell death / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / wound healing involved in inflammatory response / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / intestinal epithelial structure maintenance / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of interleukin-1 production / Regulation of TLR by endogenous ligand / macrophage activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / astrocyte development / microglia differentiation / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of platelet activation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of cold-induced thermogenesis / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of macrophage cytokine production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / T-helper 1 type immune response / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / RSV-host interactions / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of osteoclast differentiation / cellular response to lipoteichoic acid / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interferon-alpha production / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / phagocytosis / phagocytic cup / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / JNK cascade / ruffle / positive regulation of B cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of interleukin-12 production / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of JNK cascade / lipopolysaccharide binding / Heme signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / ER-Phagosome pathway / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / response to lipopolysaccharide / gene expression
類似検索 - 分子機能
Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat 4 / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain ...Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat 4 / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 4 / Variable lymphocyte receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lee, J.-O. / Kim, H.M. / Park, B.S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the TLR4-MD-2 Complex with Bound Endotoxin Antagonist Eritoran
著者: Kim, H.M. / Park, B.S. / Kim, J.-I. / Kim, S.E. / Lee, J. / Oh, S.C. / Enkhbayar, P. / Matsushima, N. / Lee, H. / Yoo, O.J. / Lee, J.-O.
履歴
登録2007年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variable lymphocyte receptor B, Toll-like receptor 4
B: Variable lymphocyte receptor B, Toll-like receptor 4
C: Variable lymphocyte receptor B, Toll-like receptor 4
D: Variable lymphocyte receptor B, Toll-like receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,51224
ポリマ－137,4564
非ポリマー9,05620
水8,503472
1
A: Variable lymphocyte receptor B, Toll-like receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6286
ポリマ－34,3641
非ポリマー2,2645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Variable lymphocyte receptor B, Toll-like receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6286
ポリマ－34,3641
非ポリマー2,2645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Variable lymphocyte receptor B, Toll-like receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6286
ポリマ－34,3641
非ポリマー2,2645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Variable lymphocyte receptor B, Toll-like receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6286
ポリマ－34,3641
非ポリマー2,2645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.787, 67.971, 122.779
Angle α, β, γ (deg.)89.86, 89.96, 90.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12M
22F
32I
42S

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSAA24 - 6271 - 306
21CYSCYSBB24 - 6271 - 306
31CYSCYSCC24 - 6271 - 306
41CYSCYSDD24 - 6271 - 306
12NAGBMAM - AG - E1401 - 14331 - 3
22NAGBMAF - BK - I1401 - 14331 - 3
32NAGBMAI - CO - M1401 - 14331 - 3
42NAGBMAS - DS - Q1401 - 14331 - 3

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Variable lymphocyte receptor B, Toll-like receptor 4 / hToll / CD284 antigen


分子量: 34364.004 Da / 分子数: 4
断片: VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: VLRB.61, TLR4 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: Q4G1L2, UniProt: O00206

-
糖 , 3種, 16分子

#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6) ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 476分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細POLYSACCHARIDES WERE ORIGINALLY ASSIGNED TO CHAINS N, O, P, AND Q RESPECTIVELY.
配列の詳細THIS COORDINATES IS USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. THIS CONSTRUCT INCLUDES A LINKER THAT ...THIS COORDINATES IS USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. THIS CONSTRUCT INCLUDES A LINKER THAT CONSIST OF 83TH AND 84TH SER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 112862 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.09

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z63

2z63


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.484 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: CYS390 AND CYS391 MAKES AN UNUSUAL DISULFIDE BRIDGE AND AN DISTORTED CIS PEPTIDE BOND.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21908 5929 5 %RANDOM
Rwork0.20917 ---
obs0.20966 112862 93.7 %-
all-120450 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-0.1 Å2-0.1 Å2
2--0.29 Å20.03 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9620 0 596 472 10688
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02110456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0982.03114208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.93251216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.91125.357448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.099151756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2111532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.23944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.27023
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2910.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4161.56334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87729876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.36734516
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7154.54332
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2405tight positional0.010.05
12B2405tight positional0.010.05
13C2405tight positional0.010.05
14D2405tight positional0.010.05
22A144tight positional0.010.05
22B144tight positional0.010.05
22C144tight positional0.010.05
22D144tight positional0.010.05
11A2405tight thermal0.190.5
12B2405tight thermal0.190.5
13C2405tight thermal0.180.5
14D2405tight thermal0.190.5
22A144tight thermal0.170.5
22B144tight thermal0.160.5
22C144tight thermal0.150.5
22D144tight thermal0.150.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 425 -
Rwork0.262 8027 -
obs--90.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83830.1004-0.21350.69450.06781.429-0.03440.0136-0.0342-0.04360.0451-0.07070.04870.1169-0.0107-0.1002-0.0241-0.0224-0.14330.0073-0.0872-20.1646-2.9059-11.636
20.82760.11970.15130.6784-0.02341.2515-0.03160.01340.0323-0.05110.04460.0678-0.0427-0.1259-0.013-0.0924-0.0220.0212-0.1393-0.0091-0.0867-29.4594-8.565449.7598
30.8427-0.1359-0.12260.6742-0.01991.2517-0.0329-0.005-0.03490.04580.04530.06940.055-0.1267-0.0124-0.10010.021-0.0202-0.1396-0.0083-0.0878-29.4811-36.835911.7003
40.836-0.09570.14070.69190.06691.3426-0.032-0.02220.02680.03830.0447-0.0725-0.05520.1121-0.0127-0.10230.0240.0224-0.13770.0065-0.0881-20.1104-42.495373.0979
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA24 - 6271 - 306
2X-RAY DIFFRACTION2BB24 - 6271 - 306
3X-RAY DIFFRACTION3CC24 - 6271 - 306
4X-RAY DIFFRACTION4DD24 - 6271 - 306

+
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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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