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- PDB-2z63: Crystal structure of the TV8 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z63
タイトルCrystal structure of the TV8 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61
要素Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
キーワードIMMUNE SYSTEM / TLR4 / toll-like receptor / MD-2 / LPS
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of fungus / nitric oxide production involved in inflammatory response / MHC class II biosynthetic process / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / lipopolysaccharide immune receptor activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / detection of lipopolysaccharide / regulation of dendritic cell cytokine production / lipopolysaccharide receptor complex ...detection of fungus / nitric oxide production involved in inflammatory response / MHC class II biosynthetic process / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / lipopolysaccharide immune receptor activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / detection of lipopolysaccharide / regulation of dendritic cell cytokine production / lipopolysaccharide receptor complex / MyD88-independent TLR4 cascade / negative regulation of interleukin-23 production / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / TRIF-mediated programmed cell death / wound healing involved in inflammatory response / B cell proliferation involved in immune response / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / intestinal epithelial structure maintenance / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of interleukin-1 production / macrophage activation / Regulation of TLR by endogenous ligand / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / astrocyte development / microglia differentiation / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of platelet activation / negative regulation of interleukin-17 production / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of smooth muscle cell migration / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / T-helper 1 type immune response / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / RSV-host interactions / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to lipoteichoic acid / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of interleukin-6 production / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / phagocytosis / phagocytic cup / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ruffle / positive regulation of B cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of interleukin-12 production / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / lipopolysaccharide binding / Heme signaling / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / cellular response to lipopolysaccharide / ER-Phagosome pathway / response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / gene expression
類似検索 - 分子機能
Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain ...Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 4 / Variable lymphocyte receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, H.M. / Park, B.S. / Lee, J.-O.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the TLR4-MD-2 Complex with Bound Endotoxin Antagonist Eritoran
著者: Kim, H.M. / Park, B.S. / Kim, J.-I. / Kim, S.E. / Lee, J. / Oh, S.C. / Enkhbayar, P. / Matsushima, N. / Lee, H. / Yoo, O.J. / Lee, J.-O.
履歴
登録2007年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4903
ポリマ－64,4951
非ポリマー9952
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.136, 88.136, 92.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B / hToll / CD284 antigen / TV8


分子量: 64495.438 Da / 分子数: 1
断片: TLR4, UNP residues 27-527(human), VLRB.61, UNP residues 133-199(Inshore hagfish)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: TLR4, VLRB.61 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: O00206, UniProt: Q4G1L2
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細POLYSACCHARIDES WERE ORIGINALLY ASSIGNED TO CHAINS M(1411-1412) AND N(1401-1403), RESPECTIVELY.
配列の詳細THIS CONSTRUCT INCLUDES A LINKER THAT CONSIST OF 528TH ALA AND 529TH SER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Sodium Citrate, 0.1M Bis-Tris Propane, 27% PEG 1000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月10日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 48960 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z62

2z62


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 11.892 / SU ML: 0.172 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29809 2622 5.1 %RANDOM
Rwork0.24961 ---
obs0.251 48960 95.8 %-
all-50474 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.303 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0.24 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4536 0 66 292 4894
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224707
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.9876384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9945569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.34125.046216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.45815822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7511518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.22049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.23082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5351.52940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.16124600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.81831978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3444.51784
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 136 -
Rwork0.287 2528 -
obs--67.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12060.52560.51871.99920.37761.16970.00020.00130.10230.0802-0.0138-0.1733-0.10810.17370.0136-0.06240.03380.0127-0.03330.0268-0.107436.6788-23.73994.2832
21.3441-0.5943-0.47421.9743-0.22981.3236-0.01240.0811-0.2778-0.058-0.0280.20660.2333-0.0790.0404-0.0505-0.01380.0292-0.1041-0.0384-0.06295.9241-36.63460.3541
30.8080.41850.0832.19410.36550.73910.0003-0.070.08130.0807-0.09670.2155-0.0109-0.09390.0964-0.12510.00720.0132-0.1204-0.0024-0.1624-4.7521-2.088919.4915
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA27 - 1981 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2AA199 - 348173 - 322
3X-RAY DIFFRACTION3AA349 - 596323 - 570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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