PDB-4i8d: Crystal Structure of Beta-D-glucoside glucohydrolase from Trichod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i8d

タイトル

Crystal Structure of Beta-D-glucoside glucohydrolase from Trichoderma reesei

要素

Beta-D-glucoside glucohydrolase

キーワード

HYDROLASE / beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 3 / GH3 / cellobiose / glucose / n-glycosylation / Structural Genomics / PSI-Biology / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichoderma reesei (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Helmich, K.E. / Banerjee, G. / Bianchetti, C.M. / Gudmundsson, M. / Sandgren, M. / Walton, J.D. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Biochemical Characterization and Crystal Structures of a Fungal Family 3 beta-Glucosidase, Cel3A from Hypocrea jecorina.
著者: Karkehabadi, S. / Helmich, K.E. / Kaper, T. / Hansson, H. / Mikkelsen, N.E. / Gudmundsson, M. / Piens, K. / Fujdala, M. / Banerjee, G. / Scott-Craig, J.S. / Walton, J.D. / Phillips, G.N. / Sandgren, M.

履歴

登録	2012年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i8d.cif.gz	545.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i8d.ent.gz	454 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/4i8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/4i8d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zyzC 3zz1C 2x40S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m2i-1 3zyz-d 5aeg-1 5ir5-d 5aed-2 5wx6-1 4g32-d 5ypt-1 5w8q-d 5fw4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-D-glucoside glucohydrolase

B: Beta-D-glucoside glucohydrolase

ヘテロ分子

155 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-D-glucoside glucohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-D-glucoside glucohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.410, 107.860, 125.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.590, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

biological unit is a monomer.

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 448分子 AB

#1: タンパク質	Beta-D-glucoside glucohydrolase 分子量: 75471.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: expressed with native and P. pastoris alpha-factor signal peptides 由来: (組換発現) Trichoderma reesei (菌類) / 遺伝子: AAA18473, bgl1 / 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: Q12715, beta-glucosidase
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
糖 , 4種, 6分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: Protein solution (25mM sodium acetate, pH5.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (4% 2-propanol, 0.1M BTP pH9.0, 20% MEPEG 5K) Cryoprotected with 4%2-propanol, 25% MEPEG 5K, 0.1M BTP ...詳細: Protein solution (25mM sodium acetate, pH5.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (4% 2-propanol, 0.1M BTP pH9.0, 20% MEPEG 5K) Cryoprotected with 4%2-propanol, 25% MEPEG 5K, 0.1M BTP pH9.0, 10% ethylene glycol, Vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.49 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: Protein solution (25mM sodium acetate, pH5.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (4% 2-propanol, 0.1M BTP pH9.0, 20% MEPEG 5K) Cryoprotected with 4%2-propanol, 25% MEPEG 5K, 0.1M BTP ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.2 % / Av σ(I) over netI: 10.21 / 数: 229956 / R_merge(I) obs: 0.147 / Χ²: 1.22 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 54914 / % possible obs: 99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.78	50	99.5	1	0.045	0.949	4.1
5.38	6.78	99.6	1	0.072	0.958	4.2
4.7	5.38	99.4	1	0.088	1.151	4.2
4.27	4.7	98.8	1	0.093	1.061	4.1
3.97	4.27	99.4	1	0.102	1.161	4.1
3.73	3.97	99.7	1	0.116	1.151	4.2
3.55	3.73	99.8	1	0.133	1.251	4.2
3.39	3.55	99.9	1	0.157	1.243	4.2
3.26	3.39	100	1	0.184	1.218	4.3
3.15	3.26	99.9	1	0.22	1.291	4.2
3.05	3.15	100	1	0.248	1.361	4.2
2.96	3.05	100	1	0.288	1.35	4.2
2.89	2.96	99.9	1	0.357	1.314	4.2
2.82	2.89	99.9	1	0.393	1.314	4.2
2.75	2.82	100	1	0.466	1.273	4.2
2.69	2.75	100	1	0.483	1.241	4.2
2.64	2.69	100	1	0.57	1.33	4.2
2.59	2.64	100	1	0.69	1.222	4.2
2.54	2.59	100	1	0.737	1.226	4.2
2.5	2.54	99.9	1	0.849	1.246	4.2

反射

解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 54914 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.147 / Χ²: 1.216 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.48-2.54	4.2	0.849	2720	1.246	1	99.9
2.54-2.59	4.2	0.737	2765	1.226	1	100
2.59-2.64	4.2	0.69	2726	1.222	1	100
2.64-2.69	4.2	0.57	2718	1.33	1	100
2.69-2.75	4.2	0.483	2762	1.241	1	100
2.75-2.82	4.2	0.466	2727	1.273	1	100
2.82-2.89	4.2	0.393	2728	1.314	1	99.9
2.89-2.96	4.2	0.357	2743	1.314	1	99.9
2.96-3.05	4.2	0.288	2757	1.35	1	100
3.05-3.15	4.2	0.248	2753	1.361	1	100
3.15-3.26	4.2	0.22	2757	1.291	1	99.9
3.26-3.39	4.3	0.184	2736	1.218	1	100
3.39-3.55	4.2	0.157	2732	1.243	1	99.9
3.55-3.73	4.2	0.133	2749	1.251	1	99.8
3.73-3.97	4.2	0.116	2717	1.151	1	99.7
3.97-4.27	4.1	0.102	2759	1.161	1	99.4
4.27-4.7	4.1	0.093	2743	1.061	1	98.8
4.7-5.38	4.2	0.088	2727	1.151	1	99.4
5.38-6.78	4.2	0.072	2775	0.958	1	99.6
6.78-50	4.1	0.045	2820	0.949	1	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	44.89 Å
Translation	2.5 Å	44.89 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2X40

2x40

解像度: 2.48→44.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 20.831 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.914 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2702	1820	3.6 %	RANDOM
R_work	0.2014	-	-	-
obs	0.2038	51066	91.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.17 Å² / B_iso mean: 48.4193 Å² / B_iso min: 18.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0 Å²	1.07 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→44.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10621	0	276	446	11343

LS精密化シェル

解像度: 2.481→2.546 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.399	82	-
R_work	0.273	2667	-
all	-	2749	-
obs	-	-	67.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7781	0.3567	0.0759	0.1878	0.0875	0.3083	0.0381	0.1969	-0.1377	0.0191	0.0697	-0.0531	0.0053	-0.0206	-0.1078	0.1923	-0.0338	-0.1591	0.0775	-0.0136	0.2277	38.077	-0.177	17.423
2	0.388	0.1025	0.265	0.2028	-0.0126	0.2994	-0.0655	0.0942	-0.016	0.0194	0.0499	-0.0104	-0.0362	0.0505	0.0156	0.1946	-0.0325	-0.1732	0.0293	0.017	0.2088	71.399	23.472	39.057

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 3:713 OR RESID 801:810 ) )	A	3 - 713
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 3:713 OR RESID 801:810 ) )	A	801 - 810
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 0:713 OR RESID 801:813 ) )	B	0 - 713
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 0:713 OR RESID 801:813 ) )	B	801 - 813

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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