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- PDB-6qne: Y102G mutated sulfur oxygenase reductase from Acidianus ambivalens -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qne | |||||||||
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Title | Y102G mutated sulfur oxygenase reductase from Acidianus ambivalens | |||||||||
![]() | Sulfur oxygenase/reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SULFUR OXYGENASE REDUCTASE / 2-HIS-1-CARBOXYLATE FACIAL TRIAD / CYSTEINE PERSULPHURATION / BIOGEOCHEMICAL SULFUR CYCLE | |||||||||
Function / homology | sulfur oxygenase/reductase / sulfur oxygenase/reductase activity / Sulphur oxygenase reductase / Sulphur oxygenase reductase / Dimeric alpha-beta barrel / metal ion binding / cytoplasm / : / Sulfur oxygenase/reductase![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Frazao, C. / Klezin, A. / Poell, U. | |||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Multiple sulfane modifications in active-site cysteine thiols of two sulfur oxygenase reductases and analysis of substrate/product channels Authors: Frazao, C. / Klezin, A. #1: ![]() Title: X-ray Structure of a self-compartmentalizing sulfur cycle metalloenzyme. Authors: Urich, T. / Gomes, C.M. / Kletzin, A. / Frazao, C. #2: ![]() Title: Substrate pathways and mechanisms of inhibition in the sulfur oxygenase reductase of acidianus ambivalens. Authors: Veith, A. / Urich, T. / Seyfarth, K. / Protze, J. / Frazao, C. / Kletzin, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 626.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 68.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 98.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6qjcC ![]() 6qkaC ![]() 6qkmC ![]() 6qmvSC ![]() 6qo0C ![]() 6qpaC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36274.816 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 / Details: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2 M sodium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 9, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97242 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→65.33 Å / Num. obs: 179725 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.87 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.008 / Rrim(I) all: 0.0246 / Rsym value: 0.0228 / Net I/σ(I): 11.58 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.89 Å / Redundancy: 3.97 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 29116 / CC1/2: 0.564 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.985 / Rsym value: 0.092 / % possible all: 99.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6QMV Resolution: 1.8→65.33 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / Phase error: 22.9
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→65.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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