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万見
- PDB-3bxv: Crystal structure studies on sulfur oxygenase reductase from Acid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bxv
タイトルCrystal structure studies on sulfur oxygenase reductase from Acidianus tengchongensis
要素Sulfur oxygenase/reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta barrel
機能・相同性Sulphur oxygenase reductase / Sulphur oxygenase reductase / Dimeric alpha-beta barrel / metal ion binding / : / Sulfur oxygenase/reductase
機能・相同性情報
生物種Acidianus tengchongenses (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chang, W.R. / Li, M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure studies on sulfur oxygenase reductase from Acidianus tengchongensis
著者: Li, M. / Chen, Z. / Zhang, P. / Pan, X. / Jiang, C. / An, X. / Liu, S. / Chang, W.
履歴
登録2008年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42025年4月30日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfur oxygenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2392
ポリマ－35,1831
非ポリマー561
水95553
1
A: Sulfur oxygenase/reductase
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)845,74348
ポリマ－844,40324
非ポリマー1,34024
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation17_556x,z,-y+11
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation19_666-x+1,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation20_565x,-z+1,y1
crystal symmetry operation21_556z,y,-x+11
crystal symmetry operation22_565z,-y+1,x1
crystal symmetry operation23_655-z+1,y,x1
crystal symmetry operation24_666-z+1,-y+1,-x+11
Buried area137710 Å2
ΔGint-1171 kcal/mol
Surface area213110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.130, 159.130, 159.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 Sulfur oxygenase/reductase


分子量: 35183.457 Da / 分子数: 1 / 変異: K174E, V238A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acidianus tengchongenses (古細菌) / プラスミド: pBV220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q977W3, sulfur oxygenase/reductase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN
非ポリマーの詳細WE ARE NOT SURE IF THIS ION IS FERRIC OR FERROUS, AND WE PUT IT AS FE(III) IN THIS ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.08M NaCitr3, 0.1M Na-Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月1日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 9761 / Num. obs: 9761 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 905 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2CB2

2cb2


解像度: 2.7→29.05 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 975 -random
Rwork0.192 ---
all0.194 9761 --
obs0.194 9417 96.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2475 0 1 53 2529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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