+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yax | ||||||
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Title | IODOACETAMIDE INHIBITED SULFUR OXYGENASE REDUCTASE | ||||||
Components | (SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE) x 2 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / MONONUCLEAR NON-HEME IRON / BIOGEOCHEMICAL SULFUR CYCLE / THERMOPHILIC / CYSTEINE PERSULPHIDE / ICOSATETRAMER | ||||||
Function / homology | sulfur oxygenase/reductase / sulfur oxygenase/reductase activity / Sulphur oxygenase reductase / Sulphur oxygenase reductase / Dimeric alpha-beta barrel / metal ion binding / cytoplasm / : / Sulfur oxygenase/reductase Function and homology information | ||||||
Biological species | ACIDIANUS AMBIVALENS (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Veith, A. / Urich, T. / Seyfarth, K. / Protze, J. / Frazao, C. / Kletzin, A. | ||||||
Citation | Journal: Front.Microbiol. / Year: 2011 Title: Substrate Pathways and Mechanisms of Inhibition in the Sulfur Oxygenase Reductase of Acidianus Ambivalens. Authors: Veith, A. / Urich, T. / Seyfarth, K. / Protze, J. / Frazao, C. / Kletzin, A. #1: Journal: Science / Year: 2006 Title: X-Ray Structure of a Self-Compartmentalizing Sulfur Cycle Metalloenzyme. Authors: Urich, T. / Gomes, C.M. / Kletzin, A. / Frazao, C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2yax.cif.gz | 735.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2yax.ent.gz | 615 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2yax.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2yax_validation.pdf.gz | 485.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2yax_full_validation.pdf.gz | 510.8 KB | Display | |
Data in XML | 2yax_validation.xml.gz | 70.4 KB | Display | |
Data in CIF | 2yax_validation.cif.gz | 96.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/2yax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/2yax | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2yavC 2yawC 2cb2S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 36413.004 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: RESIDUES 1-308 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ACIDIANUS AMBIVALENS (archaea) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: P29082, sulfur oxygenase/reductase #2: Protein | Mass: 36470.055 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: RESIDUES 1-308 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ACIDIANUS AMBIVALENS (archaea) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: P29082, sulfur oxygenase/reductase #3: Chemical | ChemComp-FE / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.2 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: VAPOR DIFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO LITER OF 13 MG/ML SOR IN 50 MM TRIS/HCL MIXED WITH 1 MICRO LITER OF WELL SOLUTION 0.1 M SODIUM ACETATE WITH 8% MPD AND 50 MM SODIUM CHLORIDE, ...Details: VAPOR DIFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO LITER OF 13 MG/ML SOR IN 50 MM TRIS/HCL MIXED WITH 1 MICRO LITER OF WELL SOLUTION 0.1 M SODIUM ACETATE WITH 8% MPD AND 50 MM SODIUM CHLORIDE, AGAINST 500 MICRO-L OF WELL SOLUTION, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-3 / Wavelength: 0.934 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Details: MIRRORS |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→38.05 Å / Num. obs: 172862 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 30.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2CB2 Resolution: 1.8→38.053 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.39 / Phase error: 15.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→38.053 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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