PDB-2yav: ZN INHIBITED SULFUR OXYGENASE REDUCTASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yav

タイトル

ZN INHIBITED SULFUR OXYGENASE REDUCTASE

要素

SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MONONUCLEAR NON- HEME IRON / BIOGEOCHEMICAL SULFUR CYCLE / THERMOPHILIC / CYSTEINE PERSULPHIDE / ICOSATETRAMER

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfur oxygenase/reductase / sulfur oxygenase/reductase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ACIDIANUS AMBIVALENS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.701 Å

データ登録者

Veith, A. / Urich, T. / Seyfarth, K. / Protze, J. / Frazao, C. / Kletzin, A.

引用

ジャーナル: Front.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: Substrate Pathways and Mechanisms of Inhibition in the Sulfur Oxygenase Reductase of Acidianus Ambivalens.
著者: Veith, A. / Urich, T. / Seyfarth, K. / Protze, J. / Frazao, C. / Kletzin, A.

履歴

登録	2011年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yav.cif.gz	749.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yav.ent.gz	626.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/2yav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/2yav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yawC 2yaxC 2cb2S 2y9w 2y9x S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yaw-1 6qne-1 6qmv-1 6qjc-1 6qkm-1 2yax-1 6m35-1 3bxv-1 6m3x-d 6qka-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE

B: SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE

C: SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE

D: SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE

E: SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE

F: SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE

ヘテロ分子

220 kDa, 6 ポリマー
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1

A: SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE

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ヘテロ分子

A: SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE

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ヘテロ分子

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D: SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE

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F: SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
879 kDa, 24 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	162.074, 162.074, 154.237
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:29 OR RESSEQ 31:307 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:29 OR RESSEQ 31:307 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:29 OR RESSEQ 31:307 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 1:29 OR RESSEQ 31:307 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 1:29 OR RESSEQ 31:307 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 1:29 OR RESSEQ 31:307 )

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.04024, -0.18335, 0.98222), (-0.18589, -0.96448, -0.18766), (0.98175, -0.19014, 0.00472)	23.09034, 188.58577, 12.87873
2	given	(0.96561, -0.1804, 0.18725), (-0.18432, 0.03301, 0.98231), (-0.18339, -0.98304, -0.00138)	2.70775, 17.51423, 172.02267
3	given	(0.0318, 0.18307, -0.98259), (0.1883, 0.96438, 0.18577), (0.9816, -0.19093, -0.0038)	139.34917, -26.57843, 13.54691
4	given	(-0.18917, -0.96331, -0.19037), (0.03486, 0.18716, -0.98171), (0.98133, -0.19234, -0.00182)	188.87772, 138.65227, 13.51067
5	given	(0.9285, -0.3713, 0.00445), (-0.37131, -0.92851, 0.00176), (0.00348, -0.00328, -0.99999)	35.30276, 186.05386, 154.57269

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE / SULFUR OXYGENASE REDUCTASE / SOR 分子量: 36413.004 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 1-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ACIDIANUS AMBIVALENS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P29082, sulfur oxygenase/reductase

-
非ポリマー , 5種, 1382分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO LITER OF 13 MG/ML SOR IN 50 MM TRIS/HCL MIXED WITH 1 MICRO LITER OF WELL SOLUTION 0.1 M SODIUM ACETATE WITH 8% MPD AND 50 MM SODIUM CHLORIDE, ...詳細: VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO LITER OF 13 MG/ML SOR IN 50 MM TRIS/HCL MIXED WITH 1 MICRO LITER OF WELL SOLUTION 0.1 M SODIUM ACETATE WITH 8% MPD AND 50 MM SODIUM CHLORIDE, AGAINST 500 ML OF WELL SOLUTION, pH 7.5

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 % / 解説: NONE

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO LITER OF 13 MG/ML SOR IN 50 MM TRIS/HCL MIXED WITH 1 MICRO LITER OF WELL SOLUTION 0.1 M SODIUM ACETATE WITH 8% MPD AND 50 MM SODIUM CHLORIDE, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→38.2 Å / Num. obs: 213677 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 19 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CB2

2cb2

解像度: 1.701→38.201 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1927	1149	0.6 %
R_work	0.1638	-	-
obs	0.1623	191825	88.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.467 Å² / k_sol: 0.376 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2695 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.2695 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.539 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.701→38.201 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14802	0	42	1358	16202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	15539
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.22	20985
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.583	5803
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	2219
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2689

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2482	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2482	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.074
1	3	C	2472	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.097
1	4	D	2462	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.093
1	5	E	2468	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
1	6	F	2472	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.069

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7012-1.7786	0.3232	144	0.3009	20756	X-RAY DIFFRACTION	77
1.7786-1.8724	0.266	126	0.2311	21730	X-RAY DIFFRACTION	81
1.8724-1.9897	0.2581	112	0.1868	23003	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9897-2.1433	0.2039	149	0.1622	24288	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1433-2.3589	0.1988	143	0.1592	24780	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3589-2.7002	0.1811	186	0.1548	25116	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7002-3.4016	0.1897	153	0.152	25420	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4016-38.2108	0.1561	136	0.1469	25582	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0913	0.0139	-0.1629	0.1372	0.0107	0.2446	-0.0011	0.0464	-0.0009	-0.0116	0.0746	-0.1186	0.0159	0.0361	0.0003	0.1031	0.0204	-0.0297	0.1014	-0.0029	0.1102	55.127	78.123	36.782
2	0.0196	-0.0156	0.0293	0.0142	-0.0213	0.0175	0.0598	-0.0843	0.0299	0.0277	-0.0942	0.2006	0.0374	-0.0807	-0	0.1358	-0.018	0.0135	0.1605	-0.009	0.15	45.1397	68.7085	31.0777
3	0.2111	-0.017	-0.1601	0.0161	0.0639	0.2112	-0.0216	0.0227	-0.0206	-0.0269	0.0165	0.0055	0.0065	-0.0038	-0	0.0894	0.007	-0.0119	0.0904	0.0092	0.0826	52.323	82.6838	26.2925
4	0.1181	0.0611	0.0528	0.0727	-0.0054	0.0536	-0.0216	0.0247	0.014	-0.0956	0.0503	-0.0554	-0.0028	-0.0079	-0	0.1222	0.0127	-0.005	0.1165	0.0135	0.1156	55.8248	89.1363	24.8322
5	0.203	-0.1025	-0.1603	0.2293	0.0658	0.1182	-0.0668	-0.0248	0.0035	0.1903	0.0758	0.0354	-0.0041	-0.0165	-0.0023	0.121	0.0168	-0.034	0.1025	0.0041	0.0818	42.7121	96.128	52.3088
6	0.0271	0.0263	0.0265	0.0252	-0.0059	0.0567	0.0613	0.0033	0.0007	-0.2256	-0.0285	0.0334	-0.0287	-0.0019	0.0003	0.1675	0.0257	0.0273	0.1322	0.0184	0.1288	39.307	108.1887	44.2337
7	0.1267	-0.0652	-0.1629	0.0093	0.0145	0.3133	0.0184	0.011	0.0157	0.0313	0.0022	0.0169	-0.0302	-0.0298	0	0.0503	0.0083	-0.0164	0.058	0.014	0.0581	31.638	94.2204	48.6493
8	0.0005	0.009	0.0084	0.0585	0.0059	0.0659	-0.0348	0.0158	0.0144	0.0428	0.034	0.0692	0.0039	-0.0047	0	0.1305	0.005	-0.0087	0.1252	0.0093	0.1276	28.7126	87.4863	50.6941
9	0.143	0.1479	0.0287	0.1671	0.0423	0.0994	-0.0156	-0.0072	-0.006	-0.0335	-0.0472	-0.0368	0.0437	0.1674	-0	0.132	0.0408	0.0206	0.1326	0.0164	0.1169	64.2462	125.6308	69.6995
10	0.0165	-0.019	-0.0086	0.0278	0.0567	0.0838	-0.0178	0.0892	0.0507	-0.0714	0.0726	0.0351	-0.0981	-0.1759	0.0009	0.098	-0.019	-0.0037	0.1347	0.0289	0.1237	57.3869	132.5806	58.4313
11	0.2781	0.1118	0.0159	0.134	-0.0437	0.0038	-0.0235	0.0176	0.0391	-0.0306	0.0176	0.003	-0.0292	0.0138	-0	0.1015	0.0141	0.0054	0.087	0.0099	0.0992	62.6617	136.5019	73.5557
12	0.123	-0.0152	0.0572	0.0864	-0.07	0.0663	-0.0084	-0.0184	-0.0034	0.0035	-0.0193	-0.0049	-0.1068	0.0547	-0	0.1197	0.0061	0.0154	0.1158	0.005	0.122	64.9381	137.6663	80.6912
13	0.2015	-0.0399	0.1737	0.1019	-0.0041	0.1355	-0.0891	0.0672	0.0236	-0.1381	0.114	0.0521	0.0247	0.0043	0.0001	0.1274	-0.0177	0.0107	0.1094	-0.0074	0.1073	39.8482	81.1163	102.124
14	0.0053	-0.006	-0.0217	0.1015	0.0321	0.0227	0.0709	-0.0407	-0.0048	0.1944	-0.0599	0.0625	0.0183	0.0108	-0.0004	0.1361	-0.0251	-0.0221	0.1282	0.0329	0.1305	32.0853	71.2781	110.1782
15	0.2127	-0.0356	0.1738	0.001	-0.0654	0.3764	0.003	-0.0109	-0.017	-0.0026	0.0402	0.0442	0.0045	-0.0557	0.011	0.0557	-0.0026	0.0083	0.0499	0.0097	0.0691	30.3932	86.8638	105.7186
16	0.0291	0.0372	-0.0215	0.0466	0.0035	0.1295	-0.0611	0.0001	-0.0056	-0.0297	0.0765	0.1131	-0.0327	-0.0046	0	0.1068	-0.0022	-0.005	0.1082	0.0134	0.1306	30.0925	94.3609	103.6993
17	0.1762	0.1222	-0.0001	0.1043	0.0401	0.097	-0.0497	0.012	-0.0424	0.0044	-0.0059	0.0118	0.1726	-0.0375	-0.0004	0.1516	0.0319	0.0123	0.1045	0.0208	0.104	46.0235	113.0642	84.8494
18	0.0071	-0.006	0.0152	0.0172	0.0105	0.0249	0.0715	-0.016	0.0561	0.0249	0.0096	0.0065	-0.1688	0.0278	-0	0.1291	-0.0168	0.0148	0.1209	-0.0071	0.126	42.03	121.9851	96.0733
19	0.1914	0.1734	-0.0522	0.1473	0.0947	-0.0065	0.0118	-0.0112	0.0206	-0.0149	-0.0199	0.0338	0.0238	-0.0395	-0	0.1104	0.0186	-0.0093	0.0965	0.0186	0.1158	36.4648	118.5665	81.0103
20	0.0518	0.0201	-0.0125	0.1122	0.1088	0.1105	-0.0278	0.0253	-0.0034	-0.0247	-0.0022	0.0052	0.0135	-0.0883	-0	0.1176	0.0107	-0.0103	0.1093	0.0243	0.113	34.4338	116.9264	73.7316
21	0.0809	0.0531	0.1299	0.1353	0.0164	0.1884	-0.0013	0.005	-0.0386	0.0471	0.0949	-0.1446	0.0142	0.0596	0.0003	0.1069	-0.0128	0.0217	0.1142	-0.022	0.1169	58.0155	93.0833	117.8315
22	0.0457	0.0914	-0.0479	0.2001	-0.0742	0.0209	0.0631	0.0382	0.0995	0.0154	-0.0533	0.2042	0.0122	0.0152	0.0024	0.1254	0.0203	-0.0166	0.1345	-0.0076	0.1366	52.2829	105.7876	123.3009
23	0.2493	-0.0573	0.1641	0.0541	-0.0707	0.2795	-0.0375	-0.0133	0.0153	0.0474	0.0281	-0.0014	-0.042	0.0064	-0	0.0524	-0.0003	0.0096	0.0345	-0.003	0.0453	53.7606	90.0558	128.1696
24	0.049	-0.0463	0.0075	0.058	0.0252	0.0614	0.0034	-0.0065	-0.0207	0.0707	0.024	-0.015	-0.0022	0.0028	-0	0.1132	0.0012	0.001	0.1061	0.0042	0.1042	54.3764	82.6405	129.8175

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:71)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 72:104)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 105:268)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 269:307)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 1:71)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 72:104)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 105:268)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 269:307)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 1:71)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 72:104)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 105:268)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 269:307)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN D AND RESID 1:71)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID 72:104)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN D AND RESID 105:268)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 269:307)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN E AND RESID 1:71)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN E AND RESID 72:104)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN E AND RESID 105:268)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN E AND RESID 269:307)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN F AND RESID 1:71)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN F AND RESID 72:104)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN F AND RESID 105:268)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN F AND RESID 269:307)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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