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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yaw | ||||||
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Title | HG INHIBITED SULFUR OXYGENASE REDUCTASE | ||||||
![]() | SULFUR OXYGENASE/REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / MONONUCLEAR NON-HEME IRON / BIOGEOCHEMICAL SULFUR CYCLE / THERMOPHILIC / CYSTEINE PERSULPHIDE / ICOSATETRAMER | ||||||
Function / homology | ![]() sulfur oxygenase/reductase / sulfur oxygenase/reductase activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Veith, A. / Urich, T. / Seyfarth, K. / Protze, J. / Frazao, C. / Kletzin, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Substrate Pathways and Mechanisms of Inhibition in the Sulfur Oxygenase Reductase of Acidianus Ambivalens. Authors: Veith, A. / Urich, T. / Seyfarth, K. / Protze, J. / Frazao, C. / Kletzin, A. #1: ![]() Title: X-Ray Structure of a Self-Compartmentalizing Sulfur Cycle Metalloenzyme. Authors: Urich, T. / Gomes, C.M. / Kletzin, A. / Frazao, C. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2yavC ![]() 2yaxC ![]() 2cb2S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 36413.004 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: RESIDUES 1-308 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | ChemComp-HG / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.2 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO LITER OF 13 MG/ML SOR IN 50 MM TRIS/HCL MIXED WITH 1 MICRO LITER OF WELL SOLUTION 0.1 M SODIUM ACETATE WITH 8% MPD AND 50 MM SODIUM CHLORIDE, ...Details: VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO LITER OF 13 MG/ML SOR IN 50 MM TRIS/HCL MIXED WITH 1 MICRO LITER OF WELL SOLUTION 0.1 M SODIUM ACETATE WITH 8% MPD AND 50 MM SODIUM CHLORIDE, AGAINST 500 ML OF WELL SOLUTION., pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4r / Detector: CCD / Details: E.G. MIRRORS |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→49.04 Å / Num. obs: 68600 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 15 % / Biso Wilson estimate: 29.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 33.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 98.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2CB2 Resolution: 2.499→49.04 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / Phase error: 15.63 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.503 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.499→49.04 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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