PDB-6qne: Y102G mutated sulfur oxygenase reductase from Acidianus ambivalens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qne

タイトル

Y102G mutated sulfur oxygenase reductase from Acidianus ambivalens

要素

Sulfur oxygenase/reductase

硫黄オキシゲナーゼ/レダクターゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SULFUR OXYGENASE REDUCTASE / 2-HIS-1-CARBOXYLATE FACIAL TRIAD / CYSTEINE PERSULPHURATION / BIOGEOCHEMICAL SULFUR CYCLE

機能・相同性

硫黄オキシゲナーゼ/レダクターゼ /

sulfur oxygenase/reductase activity / Sulphur oxygenase reductase / Sulphur oxygenase reductase / Dimeric alpha-beta barrel /

metal ion binding /

細胞質 /

: /

硫黄オキシゲナーゼ/レダクターゼ

機能・相同性情報

生物種

Acidianus ambivalens (アキディアヌス属)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Frazao, C. / Klezin, A. / Poell, U.

資金援助

ポルトガル,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Multiple sulfane modifications in active-site cysteine thiols of two sulfur oxygenase reductases and analysis of substrate/product channels
著者: Frazao, C. / Klezin, A.

履歴

登録	2019年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qne.cif.gz	750.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qne.ent.gz	626.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qne.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/6qne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/6qne	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qjcC 6qkaC 6qkmC 6qmvSC 6qo0C 6qpaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yaw-1 2yav-1 6qjc-1 6m35-1 6qmv-1 6qkm-1 2yax-1 3bxv-1 6m3x-d 2cb2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sulfur oxygenase/reductase

B: Sulfur oxygenase/reductase

C: Sulfur oxygenase/reductase

D: Sulfur oxygenase/reductase

E: Sulfur oxygenase/reductase

F: Sulfur oxygenase/reductase

ヘテロ分子

218 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Sulfur oxygenase/reductase

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: microscopy
872 kDa, 24 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_755	-x+2,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_645	-y+1,x-1,z	1
crystal symmetry operation	4_665	y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	5_545	x+1/2,y-1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	6_655	-x+3/2,-y+1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	7_645	-y+3/2,x-1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	8_555	y+1/2,-x+1/2,z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.321, 161.321, 154.004
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Sulfur oxygenase/reductase / 硫黄オキシゲナーゼ/レダクターゼ / Sulfur oxygenase reductase / SOR 分子量: 36274.816 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidianus ambivalens (アキディアヌス属) 遺伝子: sor / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P29082, 硫黄オキシゲナーゼ/レダクターゼ
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→65.33 Å / Num. obs: 179725 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.87 % / B_iso Wilson estimate: 32 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.008 / R_rim(I) all: 0.0246 / R_sym value: 0.0228 / Net I/σ(I): 11.58
反射シェル	解像度: 1.8→1.89 Å / 冗長度: 3.97 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 29116 / CC_1/2: 0.564 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.985 / R_sym value: 0.092 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QMV

6qmv

解像度: 1.8→65.33 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 22.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	5877	1.7 %
R_work	0.1656	-	-
obs	0.1663	179725	95.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→65.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14748	0	6	733	15487

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	15576
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.046	21025
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.855	5911
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2172
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2718

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7986-1.819	0.3654	205	0.3548	11088	X-RAY DIFFRACTION	94
1.819-1.8404	0.3413	176	0.3225	11614	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8404-1.8628	0.3	167	0.3053	11362	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8628-1.8864	0.3287	184	0.2912	11350	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8864-1.9113	0.3091	196	0.3052	11386	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9113-1.9374	0.3857	208	0.3202	11156	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9374-1.9651	0.3033	199	0.2677	11391	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9651-1.9945	0.311	177	0.2493	11343	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9945-2.0256	0.2764	235	0.2425	11290	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0256-2.0588	0.3053	168	0.2319	11181	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0588-2.0943	0.2516	216	0.2155	11335	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0943-2.1324	0.2491	189	0.2026	11544	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1324-2.1734	0.2151	172	0.1894	11495	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1734-2.2178	0.2136	216	0.185	11535	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2178-2.266	0.2488	192	0.2017	11137	X-RAY DIFFRACTION	95
2.266-2.3187	0.2546	169	0.1713	11483	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3187-2.3767	0.2106	217	0.1644	11468	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3767-2.441	0.2061	201	0.1663	11276	X-RAY DIFFRACTION	96
2.441-2.5128	0.1953	224	0.1645	11190	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5128-2.5939	0.2203	210	0.1618	11550	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5939-2.6867	0.2181	214	0.1672	11425	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6867-2.7942	0.2202	175	0.1628	11354	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7942-2.9214	0.1942	223	0.1505	11364	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9214-3.0754	0.1973	235	0.1542	11302	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0754-3.2681	0.1983	185	0.1513	10979	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2681-3.5204	0.1717	181	0.1384	11312	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5204-3.8746	0.1792	189	0.1335	11154	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8746-4.4352	0.1466	187	0.1197	10768	X-RAY DIFFRACTION	91
4.4352-5.5874	0.1447	193	0.1198	10966	X-RAY DIFFRACTION	93
5.5874-65.3746	0.199	174	0.1493	11151	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7349	0.258	0.4412	0.2822	0.1388	0.2092	0.2299	-0.0607	-0.1282	-0.0232	0.1635	0.1157	-0.0326	-0.4481	0.0008	0.2498	-0.0174	-0.0021	0.2521	0.0666	0.2653	156.4683	28.3906	39.0582
2	0.4172	0.2219	0.1232	0.1146	0.0049	0.0361	0.0613	-0.0217	0.1454	-0.0681	0.0071	0.0812	-0.0514	-0.1803	0	0.2326	0.0047	-0.0172	0.2547	-0.0027	0.2221	149.1853	26.9178	33.9997
3	0.0713	-0.0204	-0.1421	0.3082	0.1013	0.3567	-0.0203	-0.1484	-0.1121	0.0755	0.098	-0.1545	0.2538	0.1187	0.0001	0.2999	-0.0081	-0.004	0.2786	0.021	0.2974	171.8166	22.3282	44.2062
4	0.1271	0.2282	0.0151	0.3329	-0.0004	-0.0306	-0.0327	0.1141	0.1516	-0.0146	-0.0264	0.0882	-0.1067	0.0963	-0	0.3037	-0.0019	-0.0062	0.2659	0.0341	0.2565	152.8741	34.7136	26.8068
5	-0.017	-0.004	0.0056	0.1153	-0.1316	0.068	0.0551	-0.0167	0.3074	-0.0198	-0.2358	-0.5725	0.0649	-0.0273	-0.0004	0.4867	-0.0091	-0.0007	0.4006	-0.0144	0.4189	143.4487	37.6542	36.6861
6	0.1789	-0.0938	0.2703	0.3291	0.3316	0.3682	-0.0593	-0.0674	-0.0593	-0.0198	-0.1277	0.062	-0.1084	-0.1525	-0	0.2407	-0.0194	0.0003	0.2787	0.0166	0.2455	159.5794	33.603	34.3415
7	0.3198	0.0472	0.1853	0.3456	0.1481	0.1187	0.0032	0.1067	0.0638	-0.131	-0.0944	0.1833	-0.0336	-0.0646	-0	0.2536	0.0205	-0.0002	0.2616	0.0099	0.2019	157.3591	9.4569	15.4598
8	0.2373	0.3917	0.0856	0.0319	-0.2747	0.6052	-0.0004	0.0801	-0.0189	-0.0578	-0.0269	0.0323	-0.084	0.0887	0.0001	0.2147	-0.0168	0.0274	0.2252	0.0185	0.1888	170.3852	26.199	24.0511
9	0.3182	0.0986	0.089	0.197	0.2271	0.147	-0.0706	0.107	-0.0607	0.0749	-0.1105	0.171	-0.0112	-0.2297	-0.0003	0.3289	0.0103	0.0244	0.3071	0.0179	0.2959	149.574	46.3343	39.8895
10	0.5045	0.1452	0.2117	0.7395	-0.11	0.4446	0.0258	0.1091	-0.031	-0.0209	-0.0139	-0.1084	-0.0503	0.1339	-0	0.2583	-0.0212	0.0232	0.2571	0.0084	0.222	176.1281	26.9374	27.4231
11	0.31	-0.0965	0.1429	0.3517	0.1986	0.2029	0.0316	0.0432	0.0063	0.0156	-0.0463	0.0982	-0.1246	-0.0722	0	0.2118	-0.0179	0.0003	0.2381	-0.0054	0.2013	159.0232	22.8161	27.9849
12	0.3707	0.3685	-0.2228	0.292	0.0142	0.7546	-0.1767	0.1807	0.4251	-0.1738	0.1643	-0.0418	-0.0065	-0.0332	0	0.2532	-0.0474	-0.0286	0.2658	0.0421	0.254	121.3212	83.6173	28.7649
13	0.0082	-0.0928	0.0407	0.4471	-0.2704	0.0566	-0.0558	-0.1645	0.0536	0.0131	0.0335	-0.0702	-0.0746	0.0391	0	0.2452	-0.0307	0.0034	0.2586	-0.0409	0.2594	128.837	88.626	26.2561
14	0.2182	0.0696	0.0962	0.0664	0.1572	0.3313	0.0233	0.1869	-0.0964	-0.3522	-0.0047	-0.1042	0.219	-0.0613	-0.0001	0.3013	0.0071	0.0199	0.305	-0.0066	0.2932	114.2636	68.9861	26.118
15	0.2068	0.095	-0.175	0.1117	-0.1845	0.1518	0.1313	0.0035	0.1369	0.0133	-0.0942	-0.0294	-0.2853	0.0104	0	0.2934	-0.0386	0.002	0.2976	-0.0478	0.3066	133.2611	90.5604	35.8896
16	0.065	0.0368	-0.0061	0.0201	-0.0053	0.023	-0.1909	-0.0992	0.0097	0.5251	-0.1986	0.5046	0.1921	-0.1677	0.0019	0.3589	-0.0366	0.0841	0.4554	-0.0263	0.3993	119.6778	95.7776	32.467
17	0.3847	0.1692	-0.3893	0.0458	0.0124	0.3502	0.1049	-0.1031	0.0187	-0.0713	0.0581	-0.0171	0.0131	-0.0154	0.0001	0.2111	-0.0091	-0.0011	0.2488	-0.0077	0.2611	128.7678	78.7497	31.5326
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60	0.1078	0.0439	0.0707	0.0198	0.0091	0.0461	-0.0206	-0.19	0.0547	-0.2842	0.4941	-0.1798	0.1205	0.1966	0.0001	0.4996	-0.0202	0.1066	0.5109	-0.0813	0.4506	106.5332	54.4456	35.9106
61	0.5313	-0.4722	-0.5737	-0.2612	0.0725	0.1146	-0.1374	0.0757	-0.11	0.0297	0.0166	0.0418	0.0899	-0.0064	-0	0.2726	-0.0084	0.0069	0.2472	0.0011	0.2518	101.6185	70.0021	53.3791
62	0.1136	-0.0147	0.0144	0.014	-0.0326	0.1144	-0.0723	-0.3221	-0.0761	0.2979	-0.0015	-0.2119	-0.0008	0.3437	-0.0002	0.318	0.0224	-0.0052	0.3443	0.0182	0.2318	88.7605	74.8125	70.1523
63	0.203	0.3132	0.0711	0.1883	-0.1282	0.3158	-0.1038	0.1082	-0.0259	0.0908	0.0935	0.0036	-0.0187	0.0991	0	0.2026	0.0032	-0.0199	0.2027	-0.0144	0.1956	108.2225	80.5291	56.9819
64	0.6245	-0.1974	-0.2624	0.1937	0.4466	0.2693	-0.0974	0.0014	-0.2002	0.0181	0.0815	0.006	0.0832	-0.0146	0.0001	0.2726	0.0079	-0.0013	0.2621	-0.0077	0.2656	119.4532	55.1005	43.0265
65	0.496	-0.2474	0.056	0.2972	-0.0588	0.2419	0.028	-0.0343	0.0609	0.0611	0.0065	-0.0169	-0.052	0.0469	-0	0.2263	-0.0109	-0.0091	0.227	-0.0064	0.2128	110.6732	85.5627	53.7021
66	0.1172	-0.1386	-0.0832	0.1665	-0.0379	0.1485	-0.0521	0.0633	-0.0224	0.1504	0.0892	0.0133	0.0053	-0.1175	0.0001	0.1778	-0.0017	0.0016	0.2025	-0.0042	0.1677	101.1227	70.2968	53.0589

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:21)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 22:49)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 50:73)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 74:88)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 89:103)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 104:123)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 124:150)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 151:202)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 203:239)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 240:287)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 288:308)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 2:22)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 23:49)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 50:75)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 76:98)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 99:104)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 105:128)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 129:149)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 150:199)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 200:241)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 242:296)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 297:308)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 2:21)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 22:48)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 49:75)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 76:98)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 99:105)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 106:130)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 131:150)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 151:201)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 202:241)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 242:288)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 289:308)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain D and resid 2:22)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain D and resid 23:47)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain D and resid 48:73)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain D and resid 74:99)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain D and resid 100:106)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain D and resid 107:127)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 128:150)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain D and resid 151:201)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain D and resid 202:241)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain D and resid 242:288)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain D and resid 289:308)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain E and resid 2:21)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain E and resid 22:50)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain E and resid 51:75)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain E and resid 76:98)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain E and resid 99:105)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain E and resid 106:128)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain E and resid 129:149)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain E and resid 150:201)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain E and resid 202:241)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain E and resid 242:288)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain E and resid 289:308)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain F and resid 2:21)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain F and resid 22:50)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain F and resid 51:75)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain F and resid 76:98)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain F and resid 99:106)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain F and resid 107:137)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain F and resid 138:152)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(chain F and resid 153:198)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(chain F and resid 199:241)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	(chain F and resid 242:287)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	(chain F and resid 288:308)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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