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Yorodumi- PDB-6pxi: The crystal structure of a singly capped HslUV complex with an ax... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pxi | ||||||
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Title | The crystal structure of a singly capped HslUV complex with an axial pore plug and a HslU E257Q mutation | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / AAA+ ATPase / peptidase | ||||||
Function / homology | Function and homology information HslU-HslV peptidase / protein denaturation / HslUV protease complex / proteasome-activating activity / proteasome core complex / protein unfolding / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / cellular response to heat ...HslU-HslV peptidase / protein denaturation / HslUV protease complex / proteasome-activating activity / proteasome core complex / protein unfolding / threonine-type endopeptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / cellular response to heat / response to heat / protein domain specific binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.447 Å | ||||||
Authors | Baytshtok, V. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2021 Title: Heat activates the AAA+ HslUV protease by melting an axial autoinhibitory plug. Authors: Baytshtok, V. / Fei, X. / Shih, T.T. / Grant, R.A. / Santos, J.C. / Baker, T.A. / Sauer, R.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pxi.cif.gz | 562.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pxi.ent.gz | 465.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pxi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/6pxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/6pxi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6pxkC 6pxlC 1g4aS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18915.562 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: hslV, htpO, yiiC, b3932, JW3903 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A7B8, HslU-HslV peptidase #2: Protein | Mass: 50356.402 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: hslU, htpI, b3931, JW3902 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A6H5 #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.79 Å3/Da / Density % sol: 67.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.85 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 5% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Nov 6, 2016 / Details: Varimax-HF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.447→100 Å / Num. obs: 29212 / % possible obs: 81.7 % / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.141 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 5.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1G4A Resolution: 3.447→48.672 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 31.52
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 193.94 Å2 / Biso mean: 111.2388 Å2 / Biso min: 62.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.447→48.672 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -60.0585 Å / Origin y: 62.3341 Å / Origin z: 57.3627 Å
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Refinement TLS group |
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