PDB-4kmu: X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kmu

タイトル

X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Rifampin

要素

(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
RNA polymerase sigma factor RpoD

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / transcription / DNA / RNA / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...
類似検索 - 分子機能

Sigma-70 factor, region 1.1 / Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 ...Sigma-70 factor, region 1.1 / Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / Annexin V; domain 1 / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Helix Hairpins / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Helix non-globular / Beta Complex / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / Special / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.85 Å

データ登録者

Murakami, K.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: X-ray Crystal Structures of the Escherichia coli RNA Polymerase in Complex with Benzoxazinorifamycins.
著者: Molodtsov, V. / Nawarathne, I.N. / Scharf, N.T. / Kirchhoff, P.D. / Showalter, H.D. / Garcia, G.A. / Murakami, K.S.

履歴

登録	2013年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kmu.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kmu.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kmu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4kmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4kmu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kn4C 4kn7C 4igc PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jk2-1 4kn4-1 4kn7-1 5uah-1 4yfk-1 5uaq-1 5ual-1 4yg2-1 6cux-1 5uaj-1 5uag-1 4lk1-1 4xsy-1 6byu-1 4ljz-1 4zh2-1 4xsx-1 4zh4-1 4llg-1 4xsx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (13) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (27) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

X: RNA polymerase sigma factor RpoD

F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

J: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Y: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

922 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

X: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
461 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

J: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Y: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
461 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.520, 203.873, 307.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABFGCHDIEJ

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 XY

#5: タンパク質	RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#6: 化合物	ChemComp-RFP / RIFAMPICIN 分子量: 822.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₅₈N₄O₁₂ / コメント: 抗生剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月12日
放射	モノクロメーター: Horizontal focusing asymmetric cut Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.75→30 Å / Num. obs: 103271 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 3.75→3.81 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 59.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IGC

4igc
PDB 未公開エントリ

解像度: 3.85→29.966 Å / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3208	5085	5 %
R_work	0.2638	-	-
obs	0.2667	101755	92.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.85→29.966 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	56075	0	124	0	56199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	57015
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.649	76952
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.72	22067
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	8760
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	10074

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.85-3.8937	0.4227	133	0.426	2425	X-RAY DIFFRACTION	71
3.8937-3.9394	0.3944	132	0.4104	2446	X-RAY DIFFRACTION	71
3.9394-3.9873	0.43	136	0.3775	2589	X-RAY DIFFRACTION	75
3.9873-4.0377	0.3953	141	0.3611	2715	X-RAY DIFFRACTION	79
4.0377-4.0907	0.3995	152	0.3506	2810	X-RAY DIFFRACTION	81
4.0907-4.1466	0.3975	158	0.3436	2881	X-RAY DIFFRACTION	84
4.1466-4.2056	0.3816	149	0.3487	2959	X-RAY DIFFRACTION	85
4.2056-4.2682	0.355	154	0.3354	3042	X-RAY DIFFRACTION	88
4.2682-4.3347	0.397	164	0.3409	3109	X-RAY DIFFRACTION	90
4.3347-4.4056	0.4011	164	0.3382	3185	X-RAY DIFFRACTION	91
4.4056-4.4813	0.3619	175	0.3117	3208	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4813-4.5625	0.3528	175	0.3037	3269	X-RAY DIFFRACTION	94
4.5625-4.65	0.3529	173	0.3036	3317	X-RAY DIFFRACTION	96
4.65-4.7445	0.3106	175	0.2941	3353	X-RAY DIFFRACTION	96
4.7445-4.8473	0.3668	176	0.291	3356	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8473-4.9595	0.3698	177	0.2848	3370	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9595-5.083	0.3435	176	0.2764	3356	X-RAY DIFFRACTION	97
5.083-5.2197	0.3774	181	0.2779	3447	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2197-5.3725	0.3372	179	0.2772	3417	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3725-5.5448	0.3548	182	0.2754	3400	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5448-5.7417	0.3639	182	0.2561	3436	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7417-5.9699	0.3726	182	0.259	3463	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9699-6.2392	0.3347	180	0.2589	3446	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2392-6.5649	0.322	180	0.233	3462	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5649-6.9714	0.3127	183	0.2331	3471	X-RAY DIFFRACTION	99
6.9714-7.5018	0.3086	183	0.2258	3489	X-RAY DIFFRACTION	99
7.5018-8.2425	0.2848	184	0.2106	3503	X-RAY DIFFRACTION	99
8.2425-9.4028	0.2614	183	0.2019	3524	X-RAY DIFFRACTION	99
9.4028-11.7272	0.2352	185	0.192	3539	X-RAY DIFFRACTION	99
11.7272-29.9672	0.2667	191	0.2452	3683	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABFGCHDIEJ

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タンパク質 , 1種, 2分子 XY

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非ポリマー , 3種, 8分子

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)