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Yorodumi- PDB-5uah: Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB D516V ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uah | |||||||||
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Title | Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB D516V mutant | |||||||||
Components |
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Keywords | transferase/transferase inhibitor / inhibitor / antibiotic / tuberculosis / rifampin / rifamycin / RNA polymerase / RpoB D516V mutant / transferase-transferase inhibitor complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.1 Å | |||||||||
Authors | Molodtsov, V. / Scharf, N.T. / Stefan, M.A. / Garcia, G.A. / Murakami, K.S. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Mol. Microbiol. / Year: 2017 Title: Structural basis for rifamycin resistance of bacterial RNA polymerase by the three most clinically important RpoB mutations found in Mycobacterium tuberculosis. Authors: Molodtsov, V. / Scharf, N.T. / Stefan, M.A. / Garcia, G.A. / Murakami, K.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uah.cif.gz | 2.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uah.ent.gz | 2.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uah.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5uah_validation.pdf.gz | 935.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5uah_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5uah_validation.xml.gz | 245.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5uah_validation.cif.gz | 325.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uah | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5uacC 5uagC 5uajC 5ualC 5uaqC 4yg2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 10 molecules ABGHCIDJEK
#1: Protein | Mass: 36558.680 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #2: Protein | Mass: 150804.922 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D516V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 Gene: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase #3: Protein | Mass: 155366.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase #4: Protein | Mass: 10249.547 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: rpoZ, b3649, JW3624 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase |
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-Protein , 1 types, 2 molecules FL
#5: Protein | Mass: 70352.242 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: rpoD, alt, b3067, JW3039 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P00579 |
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-Non-polymers , 3 types, 9 molecules
#6: Chemical | ChemComp-RFP / | ||
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#7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | ChemComp-ZN / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.9779 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 11, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9779 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4.1→30 Å / Num. obs: 96868 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.4 % / Net I/σ(I): 13.9 |
Reflection shell | Lowest resolution: 4.17 Å / CC1/2: 0.537 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4YG2 Resolution: 4.1→29.74 Å / SU ML: 0.61 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 33.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.1→29.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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