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Yorodumi- PDB-5uah: Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB D516V ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5uah | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Escherichia coli RNA polymerase and Rifampin complex, RpoB D516V mutant | |||||||||
Components |
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Keywords | transferase/transferase inhibitor / inhibitor / antibiotic / tuberculosis / rifampin / rifamycin / RNA polymerase / RpoB D516V mutant / transferase-transferase inhibitor complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationsigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation factor complex / transcription antitermination / cell motility / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.1 Å | |||||||||
Authors | Molodtsov, V. / Scharf, N.T. / Stefan, M.A. / Garcia, G.A. / Murakami, K.S. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Mol. Microbiol. / Year: 2017Title: Structural basis for rifamycin resistance of bacterial RNA polymerase by the three most clinically important RpoB mutations found in Mycobacterium tuberculosis. Authors: Molodtsov, V. / Scharf, N.T. / Stefan, M.A. / Garcia, G.A. / Murakami, K.S. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5uah.cif.gz | 2.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5uah.ent.gz | 2.3 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5uah.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5uah_validation.pdf.gz | 935.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5uah_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 5uah_validation.xml.gz | 245.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5uah_validation.cif.gz | 325.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uah | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5uacC ![]() 5uagC ![]() 5uajC ![]() 5ualC ![]() 5uaqC ![]() 4yg2S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
|
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Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 10 molecules ABGHCIDJEK
| #1: Protein | Mass: 36558.680 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 150804.922 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D516V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 Gene: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 155366.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / Production host: ![]() #4: Protein | Mass: 10249.547 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: rpoZ, b3649, JW3624 / Production host: ![]() |
|---|
-Protein , 1 types, 2 molecules FL
| #5: Protein | Mass: 70352.242 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: rpoD, alt, b3067, JW3039 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 9 molecules 




| #6: Chemical | ChemComp-RFP / | ||
|---|---|---|---|
| #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | ChemComp-ZN / |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.43 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES-HCl (pH 6.7), 0.2 M Ca Acetate, 30% PEG400, 10 mM DTT |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: A1 / Wavelength: 0.9779 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 11, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9779 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 4.1→30 Å / Num. obs: 96868 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.4 % / Net I/σ(I): 13.9 |
| Reflection shell | Lowest resolution: 4.17 Å / CC1/2: 0.537 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4YG2 Resolution: 4.1→29.74 Å / SU ML: 0.61 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 33.73 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.1→29.74 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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