PDB-6pua: The 2.0 A Crystal Structure of the Type B Chloramphenicol Acetylt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pua

タイトル

The 2.0 A Crystal Structure of the Type B Chloramphenicol Acetyltransferase from Vibrio cholerae

要素

Chloramphenicol acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / left-handed beta helix / hexapeptide repeats / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

chloramphenicol O-acetyltransferase / acyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Stam, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...

履歴

登録	2019年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2025年6月18日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pua.cif.gz	328 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pua.ent.gz	222.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pua_validation.pdf.gz	289.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pua_full_validation.pdf.gz	290.3 KB	表示
XML形式データ	6pua_validation.xml.gz	1.9 KB	表示
CIF形式データ	6pua_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/6pua	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5umeC 5uswC 5usxC 5utxC 5uu6C 5uwyC 5ux9C 5wp0C 6aonC 6aooC 6aziC 6b5fC 6b8dC 6bk7C 6blbC 6c8qC 6pu9C 6pxaC 6w2zC 3eevS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6u9c-d 6pu9-d 1xat-1 3eev-d 2xat-1 3a73-2 5ux9-2 4l8u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Chloramphenicol acetyltransferase

B: Chloramphenicol acetyltransferase

C: Chloramphenicol acetyltransferase

ヘテロ分子

73.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.058, 100.058, 128.036
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Chloramphenicol acetyltransferase 分子量: 23845.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0300 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q9KMN1

#1: タンパク質

Chloramphenicol acetyltransferase

分子量: 23845.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0300 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q9KMN1

-
非ポリマー , 5種, 378分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 0.1 M Tris pH 8.5, 50 % v/v (+/-) 2-methyl-2,4-pentanedio

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→39.42 Å / Num. obs: 50618 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.43 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 37.2
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.969 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique obs: 50618 / CC_1/2: 0.746 / R_pim(I) all: 0.415 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EEV

3eev

解像度: 2→39.42 Å / SU ML: 0.1869 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.4457

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1882	2356	4.67 %
R_work	0.1628	-	-
obs	0.164	50415	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5024	0	50	356	5430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	5255
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7694	7124
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0591	722
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	911
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.3429	2987

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.04	0.2608	143	0.2352	2776	X-RAY DIFFRACTION	98.61
2.04-2.08	0.2348	136	0.2236	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.08-2.13	0.2355	112	0.2063	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.13-2.19	0.2522	144	0.2003	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.19-2.25	0.2257	133	0.1933	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.25-2.31	0.2349	128	0.1908	2804	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.31-2.39	0.2175	142	0.1842	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.39-2.47	0.2451	168	0.1832	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.47-2.57	0.2674	116	0.1996	2834	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.57-2.69	0.2418	142	0.187	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.69-2.83	0.2284	149	0.1878	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.83-3.01	0.2296	140	0.1804	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.01-3.24	0.1977	141	0.1763	2834	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.24-3.56	0.1923	136	0.1548	2843	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.56-4.08	0.1437	136	0.1317	2868	X-RAY DIFFRACTION	99.67
4.08-5.14	0.1159	130	0.1192	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.67
5.14-39.42	0.1795	160	0.162	2996	X-RAY DIFFRACTION	99.31

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.18215494327	5.08379577999	3.08871459527	6.59388757007	-0.367333571795	2.69759737355	-0.421525680998	1.17805563454	0.470672102944	-0.918099185319	0.363919608604	-0.0716572559671	0.072877551099	0.123825497202	-0.00702461355266	0.6195295331	-0.0287164532198	-0.0602109978687	0.575101696962	0.097213941374	0.279400662939	32.5319584374	-28.3697130542	-15.3756199529
2	1.89820046072	1.63186338812	0.4844343622	3.97189371071	0.545540014443	1.95287477657	-0.164950107532	0.302305304066	0.0403212551415	-0.429729955386	0.117324864736	0.422973581365	-0.183004026271	-0.241510485839	0.0586623126702	0.406523234931	0.0179251662204	-0.0373284559469	0.488801246463	-0.0124757815879	0.29512806477	23.0000575703	-36.1169330429	-8.72168536181
3	0.917199081918	-0.278778192344	-0.0750125808103	2.58896215242	-0.365471660134	0.560898149206	-0.0525601393433	0.210892455028	-0.277136865412	-0.312660356997	0.0470238907633	-0.00401768765522	0.0617391734399	-0.0511357837732	-0.0116602276689	0.355326256476	-0.018187228997	0.0154897028488	0.406554738913	-0.0329900937248	0.324910104675	31.5480747281	-47.0408067195	-4.53638909287
4	8.48671097201	-5.28818255195	-1.67705842175	3.52222152903	1.78558180846	3.62006892261	0.459143266096	0.678550833863	-0.834414357197	-0.41272362607	-0.19030102127	0.0353982155754	0.200833467217	-0.0851375619426	-0.176007428623	0.479614862034	-0.0388934991953	-0.0214965384334	0.397621657221	-0.0690199814747	0.614371087417	34.6386785859	-65.3812870305	-4.81424327777
5	2.0275637316	-0.444940249506	-0.775060211397	0.900688327743	0.410407577819	0.739371658768	-0.0865934371169	-0.0208815684235	-0.117956041105	0.0780811849453	0.0476495484762	0.0130446114721	0.0186678268769	0.0551148736977	0.0214665307784	0.326523585216	0.0288742957799	0.0253736010028	0.358568311286	0.0306788624793	0.252744243696	31.2820862328	-37.0519751703	5.98849150494
6	2.82140290814	-0.256224784285	-1.35518907574	1.1677883622	1.03208696976	1.34405722867	-0.0518875475104	-0.0757716208849	0.210908407717	0.142979580476	-0.00234885506523	0.0666285813959	0.0416095958046	0.189726340994	0.0424289614655	0.336893988717	0.0273237571161	0.0341933435264	0.346663001656	0.06242744554	0.243349358385	24.4407520841	-29.3512936024	15.7664316736
7	7.22364491849	1.59708994731	2.82943942551	1.4331141508	0.0027676202943	4.18962517622	-0.142936014954	0.352337683552	0.722954367033	-0.255265675577	-0.13757615118	0.258493313049	-0.254663483238	-0.166917114251	0.265059112334	0.356816001892	0.0444623430622	0.0143307790211	0.358900356714	0.0394300172952	0.350420629516	13.8697124633	-21.315962139	4.26651484801
8	4.60505240743	1.51966141158	6.26434298907	9.40640488917	2.2405625253	8.67766559088	-0.0968683490857	-0.318830588902	0.269533584382	-0.288630387207	-0.193920536845	0.457525960813	-0.211159784046	-0.817312065046	0.269736435424	0.324066815116	0.0412532896123	0.0167066794225	0.312712252865	-0.00788772453062	0.296894195845	8.42340624756	-21.5965570738	14.1597075142
9	4.60892775941	-0.705967028646	-1.57508812459	9.8241689239	0.377948451096	1.92930204403	0.0778122142622	1.12138121782	-0.877092263013	-1.00844097678	-0.0872331542243	-0.785871771738	0.0333751155785	-0.27012906522	0.296272268636	0.636039484606	0.000390516395395	0.216296206311	0.680046685732	-0.0456474580115	0.391650196413	56.1471516414	-33.0433065335	-18.1520094162
10	3.14604200302	-0.574368472995	-0.229858909447	4.29705009732	-0.13663639324	1.6006657092	-0.00613449632278	0.76950846919	0.389056211511	-0.603172967579	-0.170196268213	-0.428116791373	-0.200295375853	0.263957358111	0.134630987382	0.483416462319	-0.0545727584028	0.0475255102432	0.508773268366	0.128676512828	0.357090747872	55.4508808558	-20.7571852519	-11.9172936624
11	4.08766774781	0.355541329366	-0.670194269633	3.0969325322	1.66739091664	3.00094444908	-0.088262755649	0.530613734164	0.527376566049	-0.596770421599	0.0473091394036	0.086380082418	-0.298045919465	-0.181899789594	0.0631260250923	0.409356596965	-0.0324964150169	-0.0240190969281	0.426166317356	0.0799290576047	0.289213058725	45.0057998205	-22.3554750779	-10.0466530993
12	1.9083836015	0.0719335687186	-0.640554085497	0.313136490776	-0.360030073625	0.611831003055	0.00376682446033	-0.0903077002795	-0.0118138039654	0.0206352918472	0.0391866638373	-0.0194784827193	-0.038181092045	-0.0487938081829	-0.00677636607252	0.346172235044	-0.00218359192688	-0.00223058227176	0.356113788251	0.0105826282695	0.280633127758	41.0433903135	-22.6587424797	-0.688874923318
13	7.99449017812	1.68592564776	-1.16324649664	3.11944812078	-0.583368139548	1.80888062348	-0.207051021961	0.806122985165	0.896448799371	-0.224542556983	0.285911114281	0.496545387389	-0.210230440844	-0.545037825649	-0.170809976105	0.502494577727	0.0698182088501	0.00107346346146	0.497479378246	0.0892843697433	0.342195921598	25.8512996313	-16.5047873543	-2.5639531716
14	2.18468949724	0.590152581869	-0.162819203678	3.55248508423	-0.430605188858	1.16912274458	-0.0255442748421	-0.121715272379	0.0410441330129	0.117184596933	-0.0302134168923	-0.214242163681	-0.0456078594493	0.032822070485	0.0579543429758	0.331130833215	-0.0138360842486	-0.00788383181689	0.34871419213	0.0196659835056	0.303873897633	54.3011968558	-25.1416365873	1.26704265507
15	2.95084895594	1.75925167096	0.186496352804	4.59336434926	-0.395110009548	0.438531253749	-0.0286269799459	-0.268298305161	-0.0552069470035	0.484728059405	0.129118505465	-0.314143752479	-0.125075547175	0.2807731655	0.0399966364628	0.334229486155	-0.0164797790899	-0.0201378644179	0.35176795248	0.0100387023501	0.21938609348	50.2599246584	-28.7969892638	5.94706541002
16	3.23906493848	1.18769435563	0.101162041522	3.48678688871	-0.209060488105	1.4422618127	-0.0592563686012	-0.67323747013	-0.228729386359	0.462926636832	-0.182039234042	-0.626526800984	-0.109242333169	-0.0161769210638	0.088002961114	0.388226856395	-0.0175612317915	-0.089714966875	0.446103916989	0.0358056224904	0.366579643881	58.4818175836	-29.4424093541	10.3179588746
17	2.00353513234	0.766094770897	-1.47662662181	3.54252497954	-2.6026277579	8.21722802981	0.11193184868	-0.354235587779	-0.139118426069	0.607693021788	-0.387972116153	-0.742990799175	-0.375401748067	0.492835164848	0.221712671489	0.384215149116	-0.0595405812404	-0.145062773443	0.468700844399	0.0600131551289	0.525624577195	70.2555781641	-17.3032983945	5.39765767589
18	5.31260269974	-0.214200725322	-0.128319000012	9.49540032747	-5.40953290583	5.64150418767	-0.321456891253	-0.078103781235	-0.93813835457	-0.268179368632	-0.330632954622	-2.08013788928	0.276732884194	0.027461415999	0.655330498379	0.3710197444	-0.0532932274334	-0.0159038037675	0.457107219512	0.0697307525797	0.827120207026	77.2904734261	-21.5326565142	-3.56349419701
19	4.89342248969	4.04807498828	-1.17480909473	9.56274064707	-0.0840047625666	2.48759446134	0.346407526738	-0.609540081043	-0.299460265536	0.9118624095	-0.499790017494	-1.15065542154	-0.286135457376	0.32708337344	0.518655470401	0.476869936964	-0.0779151790741	-0.261001432772	0.556452314051	0.154602239307	0.846890953324	79.1741598809	-14.2621351597	6.23485960901
20	9.14614489228	-3.00310631702	-2.35515442189	1.82812774393	2.33661958716	3.8248848596	0.511573078555	0.884949844415	-0.224683745813	-0.172599923383	-0.49982223457	0.318731566123	0.0879975795095	-0.108137498263	0.0437780359794	0.544883210509	-0.0555337872627	0.123872722171	0.665086659621	-0.194713550539	0.518294406563	39.896645221	-51.4165835403	-16.9765335603
21	3.7281248571	-0.23067481997	-0.0652530862746	3.27261819413	0.156900045238	2.15220656684	-0.130818314433	0.63041806006	-0.301156440405	-0.523985878243	0.0993703344913	-0.602481722403	0.207321029406	0.130302265448	0.067455678868	0.475903498033	-0.00514286560001	0.150367620688	0.436351700108	-0.0836570814432	0.464428817882	54.9476133754	-51.1068952183	-12.4288964096
22	1.89757893861	0.622803389573	-0.0146850739074	2.68582547133	0.0778196547943	0.442911978142	-0.0787660495499	0.158662279844	-0.343348919851	-0.104029069807	0.0214870176251	-0.603413248821	-0.024104317745	0.052980329328	0.0393599074036	0.339829048881	-4.49576739368E-5	0.0668840068168	0.373645396464	0.010832695411	0.465302391303	59.8748193827	-42.7100716603	-3.52811568204
23	4.396059693	3.8464794905	-1.68507779313	3.62896591981	-2.06768707218	1.95853425189	-0.212131925266	0.167885458771	-0.16488497783	-0.694489982662	-0.0465733632455	-1.28211149373	-0.0376127723787	0.139381971463	0.278980957059	0.482911786219	0.0163253415356	0.161216047549	0.505553915074	-0.00894556250153	0.660369711906	71.816446289	-32.7806554502	-8.47986426966
24	2.39679934039	1.88993271462	0.243750972388	2.8151937217	0.00162182662788	1.06972881777	0.0189755506102	-0.0894341080622	-0.59527564072	0.0711237832211	-0.0216719279703	-0.441650388888	0.0217957245024	-0.0526571657225	0.0684930714902	0.356719202142	0.0098700268701	0.0572848287441	0.370768468724	-0.00255743620934	0.483182230588	51.4459049444	-51.667192111	-0.898953238926
25	2.45012879828	0.830962453734	-0.124553575456	5.82054675609	-1.26744255684	1.73764130199	-0.00344845742435	-0.251539123992	-0.42173280339	0.371555135457	0.120853158678	-0.41856454351	0.0179446691632	0.0292164443143	-0.0869936580354	0.354704050727	0.0112807326535	0.000447944072907	0.359909035195	0.0370872546124	0.432872379703	49.8965127587	-52.240901676	7.83050610526
26	3.41411901826	-0.0162800511873	0.218079076432	4.93468514179	2.8690143301	9.84515867564	0.0817418524564	-0.20393049354	-0.937471727544	0.516438385857	0.0892810974704	-0.549461896879	0.579683084885	0.128338249459	-0.246898863272	0.422007716214	-0.00214674752691	-0.0208970934379	0.38438792095	0.0892980834239	0.797274824855	51.5768541279	-70.2550278676	5.79834228845
27	3.910499723	-4.13263660412	-3.78376060374	4.49494209324	4.8580024533	9.3731624203	0.209668318873	0.49295828813	-2.11792652256	-0.844291184402	-0.167155619756	0.799718488481	0.15400787264	-0.703292274629	0.0925444948135	0.62033308958	-0.0332097969618	-0.0907203558348	0.421537394276	-0.0343095315744	0.993041388214	43.5827546047	-75.7237779094	-3.35216450138
28	6.69427762873	-1.3843726519	0.593329254486	3.89151081097	-1.06803731767	3.14393952069	0.170902616963	-0.449262170574	-1.43303657613	0.246364757162	-0.134881115982	0.146413389801	0.286316094048	0.191572020428	0.0286821460311	0.54942511771	-0.0157789851136	-0.0404865923465	0.41291864637	0.102454545406	0.974657359874	45.9791815994	-76.2657130527	8.0094628938

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 12 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 156 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 157 through 174 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 175 through 195 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 196 through 209 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 0 through 12 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 13 through 32 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 33 through 55 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 56 through 87 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 88 through 108 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 109 through 136 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 137 through 146 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 147 through 164 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 165 through 180 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 181 through 195 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 196 through 209 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 0 through 12 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 13 through 55 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 56 through 87 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 88 through 108 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 109 through 126 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 127 through 164 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 165 through 180 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 181 through 191 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 192 through 205 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 5種, 378分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-非ポリマー , 5種, 378分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 5種, 378分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)