PDB-6phh: Unliganded human transmission blocking antibody 2544

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6phh

タイトル

Unliganded human transmission blocking antibody 2544

要素

2544 Antibody Fab, Heavy Chain
2544 Antibody Fab, Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / Complex / Antigen / Immunoglobulin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

McLeod, B.R. / Julien, J.P.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Potent antibody lineage against malaria transmission elicited by human vaccination with Pfs25.
著者: McLeod, B. / Miura, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Nguyen, N. / Shin, H. / Kim, D. / Volkmuth, W. / Ramisch, S. / Chichester, J.A. / Streatfield, S. / Woods, C. / Schief, W.R. / Emerling, D. ...

履歴

登録	2019年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6phh.cif.gz	350.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6phh.ent.gz	288.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6phh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6phh_validation.pdf.gz	466.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6phh_full_validation.pdf.gz	476.3 KB	表示
XML形式データ	6phh_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	6phh_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/6phh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/6phh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6phbC 6phcC 6phdC 6phfC 6phgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pb9-d 5e2w-d 1gpo-1 6m87-4 6dg2-1 3ls5-d 3u9u-2 6oed-1 5chn-1 1n7m-d 4p3c-d 1it9-d 4mhj-5 5vvf-d 6p9i-1 2fjf-10 5ibu-2 4xbg-1 4qth-2 4nm4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: 2544 Antibody Fab, Heavy Chain

D: 2544 Antibody Fab, Light Chain

A: 2544 Antibody Fab, Heavy Chain

B: 2544 Antibody Fab, Light Chain

ヘテロ分子

97.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: 2544 Antibody Fab, Heavy Chain

D: 2544 Antibody Fab, Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 2544 Antibody Fab, Heavy Chain

B: 2544 Antibody Fab, Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.530, 43.650, 138.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.22, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	2544 Antibody Fab, Heavy Chain 分子量: 24460.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	2544 Antibody Fab, Light Chain 分子量: 23834.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M sodium cacodylate HCl, pH 6.5, 1.0 M sodium citrate tribasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 38316 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.724 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4305 / CC_1/2: 0.549 / R_pim(I) all: 0.298 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 2.4→38.976 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2487	1915	5 %
R_work	0.2177	-	-
obs	0.2192	38299	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.976 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6667	0	36	124	6827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6867
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.551	9368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.577	4056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1048
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1207

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.3892	133	0.3523	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5265	0.3759	136	0.3434	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5265-2.6008	0.3343	135	0.2951	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6008-2.6848	0.3276	136	0.2854	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6848-2.7807	0.3171	138	0.2733	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7807-2.892	0.3191	134	0.272	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.892-3.0236	0.3247	135	0.2739	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0236-3.1829	0.2389	137	0.2526	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1829-3.3822	0.2532	137	0.2317	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3822-3.6432	0.2336	136	0.2121	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6432-4.0095	0.2398	138	0.2056	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0095-4.5889	0.2173	136	0.1733	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5889-5.7785	0.1932	140	0.1742	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7785-38.9814	0.2258	144	0.1839	2746	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5855	-0.141	0.6639	2.6108	-0.1143	3.5375	-0.0776	-0.0382	-0.0974	0.0387	0.0872	0.1727	0.0671	-0.2007	-0.0096	0.356	0.0056	0.0683	0.2062	0.0048	0.4471	43.2712	8.3668	47.3996
2	4.5243	-1.8053	-0.2711	5.2029	-1.7945	2.8458	-0.1194	0.2792	0.8274	-0.3693	0.3179	0.3587	-0.7561	-0.6795	-0.1042	0.8607	0.1521	-0.1749	0.4714	0.0724	0.565	31.5597	30.7346	22.708
3	5.6188	-0.9017	-0.0367	3.1954	-0.1985	3.5818	-0.0379	0.0186	-0.2213	-0.0668	0.0096	0.4328	0.1008	-0.6208	0.0539	0.2723	-0.0279	0.0928	0.4401	-0.0106	0.5477	22.0081	9.6756	52.469
4	3.3295	-0.6683	-1.0071	2.8099	-0.3292	2.6728	-0.2241	0.9689	-0.0836	-0.7345	0.3549	0.7227	0.1237	-1.2354	-0.1947	0.7728	0.0277	-0.3216	1.0796	0.2663	0.808	18.7941	22.4883	18.6705
5	1.3592	-0.1758	0.1295	2.5821	-0.8085	4.2612	0.0083	0.0574	-0.0414	0.1466	-0.0106	-0.1641	-0.0268	0.2896	0.0255	0.3596	-0.0208	0.0748	0.2164	0.0103	0.3801	59.588	31.2936	45.9176
6	3.1697	-0.7738	0.1757	4.3505	1.7789	1.7353	0.2275	0.2473	-0.4488	0.2527	0.1074	-0.409	1.0317	0.5683	-0.2232	0.9725	0.1928	-0.0142	0.4563	-0.0594	0.4503	65.9763	8.5739	19.6212
7	4.6174	-0.22	-0.0264	3.6977	0.5337	4.9776	0.1256	0.2129	-0.0108	0.365	-0.0466	-0.6957	-0.1004	0.7699	-0.0663	0.3513	-0.0604	-0.1	0.4252	0.0579	0.5754	81.2311	29.858	46.9842
8	2.708	0.14	-0.3023	2.7241	1.6574	2.9793	0.0513	1.1856	-0.0519	-0.4318	0.5077	-0.4765	0.1053	1.7086	-0.5063	0.7163	0.1341	0.1022	1.1537	-0.1183	0.4902	77.8879	16.5263	13.2117

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 1 through 126 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 127 through 228 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 1 through 112 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 113 through 217 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1 through 126 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 127 through 228 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 112 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 113 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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