PDB-6pe7: Crystal Structure of ABBV-323 FAB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pe7

タイトル

Crystal Structure of ABBV-323 FAB

要素

FAB Heavy Chain
FAB Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CD40 / FAB

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Argiriadi, M.A.

引用

ジャーナル: BMC Mol Cell Biol / 年: 2019
タイトル: CD40/anti-CD40 antibody complexes which illustrate agonist and antagonist structural switches.
著者: Argiriadi, M.A. / Benatuil, L. / Dubrovska, I. / Egan, D.A. / Gao, L. / Greischar, A. / Hardman, J. / Harlan, J. / Iyer, R.B. / Judge, R.A. / Lake, M. / Perron, D.C. / Sadhukhan, R. / ...

履歴

登録	2019年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pe7.cif.gz	107 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pe7.ent.gz	78.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pe7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pe7_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pe7_full_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示
XML形式データ	6pe7_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	6pe7_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6pe7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6pe7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pe8C 6pe9C 3qos PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cfj-1 5b6f-4 5xhf-1 6kdi-d 6c6x-2 6n16-3 5dsc-1 6o3k-d 6z7x-d 1mim-d 5i1i-d 1riv-d 1ct8-2 2hff-1 6tcp-3 6c6x-1 1bfo-1 6bhz-1 1jgl-d 5dsc-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: FAB Heavy Chain

L: FAB Light chain

ヘテロ分子

48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.654, 130.375, 132.636
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: 抗体	FAB Heavy Chain 分子量: 23748.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	FAB Light chain 分子量: 24290.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.06 %
結晶化	温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 25% (w/v) PMME 550, 0.1M MES pH 6.5, 0.01M zinc sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→57.2 Å / Num. obs: 56956 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.5
反射シェル	解像度: 1.74→1.75 Å / Num. unique obs: 545 / CC_1/2: 0.793

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QOS

3qos
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.74→24.356 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	2724	4.79 %
R_work	0.1961	-	-
obs	0.1977	56858	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→24.356 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3278	0	10	394	3682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3409
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.865	4642
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.895	2417
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	594

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.7716	0.3038	150	0.3136	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7716-1.8057	0.3585	158	0.2804	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8057-1.8425	0.2817	145	0.2779	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8425-1.8826	0.3433	139	0.2676	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8826-1.9264	0.2862	140	0.2499	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9264-1.9745	0.2738	145	0.2298	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9745-2.0279	0.2569	126	0.2174	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0279-2.0875	0.277	136	0.2101	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0875-2.1549	0.2495	141	0.2147	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1549-2.2318	0.217	138	0.2035	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2318-2.3211	0.2281	142	0.2026	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3211-2.4267	0.2087	170	0.2039	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4267-2.5545	0.2434	150	0.2003	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5545-2.7143	0.2629	136	0.1954	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7143-2.9236	0.2498	140	0.1978	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9236-3.2172	0.2452	127	0.1992	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2172-3.6814	0.2364	146	0.1837	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6814-4.6329	0.1814	140	0.1621	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6329-24.358	0.1922	155	0.183	3020	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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