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- PDB-6p82: Structure of P. aeruginosa ATCC27853 CdnD, Apo form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p82
タイトルStructure of P. aeruginosa ATCC27853 CdnD, Apo form 1
要素Nucleotidyltransferase
キーワードSIGNALING PROTEIN / second-messenger signaling / cGAS / CD-NTase
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Second Messenger Oligonucleotide or Dinucleotide Synthetase domain / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CBASS oligonucleotide cyclase / Cyclic AMP-AMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ye, Q. / Corbett, K.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: HORMA Domain Proteins and a Trip13-like ATPase Regulate Bacterial cGAS-like Enzymes to Mediate Bacteriophage Immunity.
著者: Ye, Q. / Lau, R.K. / Mathews, I.T. / Birkholz, E.A. / Watrous, J.D. / Azimi, C.S. / Pogliano, J. / Jain, M. / Corbett, K.D.
履歴
登録2019年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotidyltransferase
B: Nucleotidyltransferase
C: Nucleotidyltransferase
D: Nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,64638
ポリマ－137,3804
非ポリマー3,26634
水11,151619
1
A: Nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,30611
ポリマ－34,3451
非ポリマー96110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1149
ポリマ－34,3451
非ポリマー7698
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1149
ポリマ－34,3451
非ポリマー7698
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1149
ポリマ－34,3451
非ポリマー7698
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.589, 117.387, 147.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-405-

SO4

-
要素

#1: タンパク質
Nucleotidyltransferase / Nucleotidyltransferase domain protein


分子量: 34345.074 Da / 分子数: 4 / 変異: N-terminal SNA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: DY979_07585, EGY23_20895, IPC669_24880, PA5486_02902, PAERUG_E15_London_28_01_14_04351, PAMH19_6112
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080VY32, UniProt: P0DTF7*PLUS
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 and 1.8-2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→147.8 Å / Num. obs: 113653 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.08 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 2.033 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 5059 / CC1/2: 0.336 / Rpim(I) all: 0.906 / Rrim(I) all: 2.234 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→91.923 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 26.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 5703 5.01 %
Rwork0.2127 --
obs0.2142 113614 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→91.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9648 0 170 619 10437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82513557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2415923
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051764
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.07050.41442550.36784497X-RAY DIFFRACTION64
2.0705-2.09490.33633810.3376957X-RAY DIFFRACTION99
2.0949-2.12040.33473770.3236904X-RAY DIFFRACTION99
2.1204-2.14730.34493380.30947038X-RAY DIFFRACTION100
2.1473-2.17550.31694050.30216968X-RAY DIFFRACTION100
2.1755-2.20530.29433880.29846930X-RAY DIFFRACTION100
2.2053-2.23690.32093610.29427021X-RAY DIFFRACTION100
2.2369-2.27020.32793940.30656871X-RAY DIFFRACTION98
2.2702-2.30570.3074290.28416900X-RAY DIFFRACTION99
2.3057-2.34350.29913780.2826954X-RAY DIFFRACTION99
2.3435-2.38390.29463270.27727002X-RAY DIFFRACTION100
2.3839-2.42730.30894240.27716986X-RAY DIFFRACTION100
2.4273-2.4740.31933320.26326952X-RAY DIFFRACTION99
2.474-2.52450.2823710.26336960X-RAY DIFFRACTION99
2.5245-2.57940.31583860.24386995X-RAY DIFFRACTION100
2.5794-2.63940.25253930.23416923X-RAY DIFFRACTION99
2.6394-2.70540.27333310.23786978X-RAY DIFFRACTION99
2.7054-2.77860.29663400.23126980X-RAY DIFFRACTION99
2.7786-2.86030.2853730.23226984X-RAY DIFFRACTION99
2.8603-2.95260.25943550.22256995X-RAY DIFFRACTION100
2.9526-3.05820.2583510.21757010X-RAY DIFFRACTION100
3.0582-3.18060.25033760.2096979X-RAY DIFFRACTION100
3.1806-3.32540.25013650.20336969X-RAY DIFFRACTION100
3.3254-3.50070.22993660.19266971X-RAY DIFFRACTION99
3.5007-3.72010.20923200.18916954X-RAY DIFFRACTION99
3.7201-4.00730.19323660.16816956X-RAY DIFFRACTION99
4.0073-4.41060.18593510.16116998X-RAY DIFFRACTION99
4.4106-5.04870.18973530.1676967X-RAY DIFFRACTION99
5.0487-6.36070.22093470.19466968X-RAY DIFFRACTION99
6.3607-92.01580.1893680.18116916X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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