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- PDB-6o23: Crystal structure of 2243 Fab in complex with circumsporozoite pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o23
タイトルCrystal structure of 2243 Fab in complex with circumsporozoite protein NANP5
要素
  • 2243 Fab heavy chain
  • 2243 kappa light chain
  • Circumsporozoite protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Scally, S.W. / Bosch, A. / Prieto, K. / Murugan, R. / Wardemann, H. / Julien, J.P.
資金援助1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation
引用ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2020
タイトル: Evolution of protective human antibodies against Plasmodium falciparum circumsporozoite protein repeat motifs.
著者: Murugan, R. / Scally, S.W. / Costa, G. / Mustafa, G. / Thai, E. / Decker, T. / Bosch, A. / Prieto, K. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H.
履歴
登録2019年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2243 Fab heavy chain
B: 2243 kappa light chain
C: 2243 Fab heavy chain
D: 2243 kappa light chain
E: Circumsporozoite protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,88629
ポリマ－96,9965
非ポリマー1,89024
水14,682815
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.148, 67.900, 100.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 E

#3: タンパク質・ペプチド Circumsporozoite protein / CS


分子量: 2000.006 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 148-167 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P02893

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 2243 Fab heavy chain


分子量: 24164.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 2243 kappa light chain


分子量: 23333.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 4種, 839分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 68815 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2909 / CC1/2: 0.542 / Rpim(I) all: 0.385 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→39.292 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2244 1999 2.91 %
Rwork0.1859 --
obs0.187 68790 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6690 0 110 815 7615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6459461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.974133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451054
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041199
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.31081400.25474684X-RAY DIFFRACTION98
2.05-2.10550.30461400.24124667X-RAY DIFFRACTION98
2.1055-2.16740.26841410.2324743X-RAY DIFFRACTION99
2.1674-2.23740.26561400.21954695X-RAY DIFFRACTION99
2.2374-2.31730.2671440.22034778X-RAY DIFFRACTION99
2.3173-2.41010.25481420.21714745X-RAY DIFFRACTION99
2.4101-2.51970.28181430.21394781X-RAY DIFFRACTION99
2.5197-2.65260.25681420.20614756X-RAY DIFFRACTION100
2.6526-2.81870.26681440.20074797X-RAY DIFFRACTION100
2.8187-3.03630.2441430.19424780X-RAY DIFFRACTION100
3.0363-3.34170.22871430.18014798X-RAY DIFFRACTION100
3.3417-3.82490.18471450.1544800X-RAY DIFFRACTION100
3.8249-4.81760.16751440.13744849X-RAY DIFFRACTION100
4.8176-39.29930.17241480.17324918X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.33551.1552-0.94782.2508-0.34572.0899-0.04170.07120.0001-0.02740.0062-0.0383-0.08880.03770.02630.1479-0.01230.0040.1586-0.00610.1477-23.56850.459425.4157
21.1681-0.3225-0.67772.10991.61373.3056-0.0529-0.0314-0.10080.06190.03410.01060.1855-0.01980.03980.1580.0012-0.00420.12920.01280.1873-47.1896-5.966852.7602
31.75040.1145-0.95721.74320.72262.86620.1059-0.2723-0.00050.181-0.0865-0.1485-0.16030.3439-0.01250.1849-0.0845-0.01570.2493-0.00950.2134-12.25124.639643.5483
42.40841.83240.25193.87280.09742.3352-0.054-0.0341-0.1632-0.04840.0839-0.10780.20130.2169-0.03180.18720.05110.00330.1690.00610.1718-37.1203-14.493361.3781
52.8662-0.5460.02892.78921.11452.27850.06750.3185-0.0056-0.4156-0.25940.3363-0.2077-0.36120.16540.21960.0461-0.040.2516-0.04870.17527.0037-13.68027.6043
62.6696-0.44290.96842.35050.07614.46360.04870.1548-0.1273-0.1213-0.0767-0.0326-0.03910.00290.02390.16810.00040.01890.1064-0.02160.142933.8394-39.50234.4991
71.2185-0.97370.59791.7089-0.35251.21490.01310.05670.1181-0.0502-0.0872-0.0332-0.0681-0.01360.06410.1462-0.00960.01480.1253-0.01380.167119.4092-11.96325.6125
81.82010.2332-1.25461.6989-0.15442.6583-0.01620.1850.0484-0.22320.0201-0.11580.01540.0539-0.00980.17220.00860.00990.14340.00670.187143.5783-26.92199.0405
94.76-1.666-2.16640.5790.76851.11510.2553-0.106-0.0012-0.1466-0.0948-0.089-0.23540.3184-0.1380.24060.0026-0.01730.3316-0.05370.2325-3.88513.232618.4202
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 113 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 214 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 107 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 108 through 212 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 113 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 114 through 214 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 107 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 108 through 213 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 3 through 20 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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