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万見
- PDB-4p7g: Rat apo-COMT, phosphate bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p7g
タイトルRat apo-COMT, phosphate bound
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / ALTERNATIVE INITIATION / CATECHOLAMINE METABOLISM / CELL MEMBRANE / METAL-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / SIGNAL-ANCHOR / TRANSMEMBRANE ANCHOR / ENZYME MECHANISM / CONFORMATIONAL CHANGE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / negative regulation of dopamine metabolic process / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / catecholamine metabolic process / renal albumin absorption / habituation / artery development / short-term memory / cerebellar cortex morphogenesis / response to salt / dopamine catabolic process / glomerulus development / norepinephrine metabolic process / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to phosphate starvation / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / exploration behavior / cholesterol efflux / response to food / prostaglandin metabolic process / response to corticosterone / response to temperature stimulus / response to pain / glycogen metabolic process / response to stress / startle response / dopamine metabolic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / response to cytokine / learning / kidney development / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / : / visual learning / multicellular organism growth / regulation of blood pressure / memory / response to wounding / cognition / response to estrogen / response to toxic substance / cell body / gene expression / methylation / vesicle / dendritic spine / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / postsynaptic membrane / learning or memory / response to hypoxia / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Ehler, A. / Benz, J. / Schlatter, D. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Mapping the conformational space accessible to catechol-O-methyltransferase.
著者: Ehler, A. / Benz, J. / Schlatter, D. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2014年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
B: Catechol O-methyltransferase
C: Catechol O-methyltransferase
D: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,54810
ポリマ－99,0904
非ポリマー4586
水1,72996
1
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9063
ポリマ－24,7721
非ポリマー1342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9063
ポリマ－24,7721
非ポリマー1342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8672
ポリマ－24,7721
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8672
ポリマ－24,7721
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.600, 71.600, 393.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Catechol O-methyltransferase


分子量: 24772.400 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 44-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: see manuscript

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→48.7 Å / Num. obs: 36241 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 66.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23468 / Net I/σ(I): 16.1347
反射 シェル解像度: 2.58→2.67 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6446 / Mean I/σ(I) obs: 1.5359 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.4 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.58→48.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9012 / SU R Cruickshank DPI: 0.482 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.503 / SU Rfree Blow DPI: 0.281 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.281
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 1804 4.98 %RANDOM
Rwork0.2096 ---
obs0.2114 36241 94.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1945 Å20 Å20 Å2
2--0.1945 Å20 Å2
3----0.389 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.486 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.58→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6725 0 22 96 6843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016868HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.119308HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2411SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes184HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes971HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6868HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion875SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7764SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.65 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4651 119 5.35 %
Rwork0.4453 2106 -
all0.4464 2225 -
obs--94.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1343-0.23450.50232.7307-1.40042.407-0.1685-0.1681-0.01890.25540.0619-0.2753-0.2551-0.25260.10660.06790.2716-0.0430.1549-0.0076-0.3152-22.0947-0.746318.1479
22.234-0.4286-0.98211.48-0.152.96640.04180.1229-0.1351-0.2376-0.1004-0.09-0.2305-0.15220.0586-0.06790.1656-0.06520.2505-0.0213-0.3433-22.8719-5.1599-14.3233
32.3754-0.21440.95611.3667-0.35052.93130.1717-0.01330.0309-0.0438-0.07820.0140.04570.0089-0.09350.01250.10890.00490.16890.0473-0.3367-0.8309-23.452847.0985
42.36741.1172-0.21324.03581.75292.35980.0713-0.24320.29290.3908-0.03940.1181-0.00620.1227-0.03190.0396-0.09830.04010.21980.0049-0.4032-5.7217-13.461178.7115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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