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Yorodumi- PDB-5jd3: Crystal structure of LAE5, an alpha/beta hydrolase enzyme from th... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jd3 | ||||||
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Title | Crystal structure of LAE5, an alpha/beta hydrolase enzyme from the metagenome of Lake Arreo, Spain | ||||||
Components | LAE5 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / esterase / metagenome | ||||||
Function / homology | SGNH hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | ||||||
Biological species | uncultured bacterium (environmental samples) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Xu, X. / Nocek, B. / Cui, H. / Yim, V. / Martinez-Martinez, M. / Alcaide, M. / Ferrer, M. / Savchenko, A. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: To be published Authors: Martinez-Martinez, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jd3.cif.gz | 723 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5jd3.ent.gz | 598 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jd3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5jd3_validation.pdf.gz | 503.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5jd3_full_validation.pdf.gz | 518.5 KB | Display | |
Data in XML | 5jd3_validation.xml.gz | 79.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5jd3_validation.cif.gz | 112.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/5jd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/5jd3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3rjtS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 26791.436 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) uncultured bacterium (environmental samples) Plasmid: p15Tv lic / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate, 25% (w/v) PEG3350, 1/70 chymotrypsin |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→29.725 Å / Num. obs: 93738 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 9.86 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / % possible all: 93.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3RJT Resolution: 2.3→29.725 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.89
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→29.725 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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