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- PDB-6o23: Crystal structure of 2243 Fab in complex with circumsporozoite pr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6o23 | ||||||
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Title | Crystal structure of 2243 Fab in complex with circumsporozoite protein NANP5 | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Malaria / antibody | ||||||
Function / homology | ![]() entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scally, S.W. / Bosch, A. / Prieto, K. / Murugan, R. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Evolution of protective human antibodies against Plasmodium falciparum circumsporozoite protein repeat motifs. Authors: Murugan, R. / Scally, S.W. / Costa, G. / Mustafa, G. / Thai, E. / Decker, T. / Bosch, A. / Prieto, K. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 360.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 303.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 485.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 487.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 41.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 60.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6o24C ![]() 6o25C ![]() 6o26C ![]() 6o28C ![]() 6o29C ![]() 6o2aC ![]() 6o2bC ![]() 6o2cC ![]() 6uleC ![]() 6ulfC ![]() 6vlnC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein/peptide , 1 types, 1 molecules E
#3: Protein/peptide | Mass: 2000.006 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 148-167 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() ![]() References: UniProt: P02893 |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Antibody | Mass: 24164.057 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23333.891 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 839 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | ChemComp-TRS / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 1, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→40 Å / Num. obs: 68815 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 6.5 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2909 / CC1/2: 0.542 / Rpim(I) all: 0.385 / % possible all: 98 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→39.292 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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