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- PDB-6mq4: GH5-4 broad specificity endoglucanase from Hungateiclostridium ce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mq4
タイトルGH5-4 broad specificity endoglucanase from Hungateiclostridium cellulolyticum
要素cellulase
キーワードHYDROLASE / Cellulase / xylanase / manganese / GH5 / endoglucanase
機能・相同性Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種Hungateiclostridium cellulolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DEFC0207ER64494 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH 5 T32 GM008349 Biotechnology Training Program 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis.
著者: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / struct / Item: _struct.title
改定 1.32021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,44410
ポリマ－39,2251
非ポリマー1,2199
水8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.850, 70.850, 57.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 cellulase


分子量: 39224.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hungateiclostridium cellulolyticum (バクテリア)
プラスミド: pVP67K / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3)
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: A solution of protein at 1mM was incubated with 5mM cellohexose for 4 hours at room temperature. The mixture was screened using a TTP Labtech Mosquito and MRC SD-2 plates 200 nL protein 200 ...詳細: A solution of protein at 1mM was incubated with 5mM cellohexose for 4 hours at room temperature. The mixture was screened using a TTP Labtech Mosquito and MRC SD-2 plates 200 nL protein 200 nL reservoir, 50 microliter total reservoir. Crystals formed in condition B6, 40% ethanol, 10% PEG1000, 0.1M phosphate citrate buffer pH 4.2. Crystals were exposed to vapor from 45% ethanol for 30 seconds prior to plunge cooling in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月23日
放射モノクロメーター: diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30.176 Å / Num. obs: 63716 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05344 / Rpim(I) all: 0.02176 / Rrim(I) all: 0.05772 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4228 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 6406 / CC1/2: 0.921 / Rpim(I) all: 0.1746 / Rrim(I) all: 0.4578 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2wab

2wab


解像度: 1.4→30.176 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 12.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1377 1490 2.34 %
Rwork0.1209 --
obs0.1213 63716 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→30.176 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2736 0 81 446 3263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1744085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0831092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.44520.2071420.16615652X-RAY DIFFRACTION100
1.4452-1.49690.16331340.14945682X-RAY DIFFRACTION100
1.4969-1.55680.16241420.13165628X-RAY DIFFRACTION100
1.5568-1.62760.14691340.12025656X-RAY DIFFRACTION100
1.6276-1.71340.13841360.1125647X-RAY DIFFRACTION100
1.7134-1.82080.11161380.10515692X-RAY DIFFRACTION100
1.8208-1.96140.13481320.10845656X-RAY DIFFRACTION100
1.9614-2.15870.13851340.10565660X-RAY DIFFRACTION100
2.1587-2.47090.12431300.10665659X-RAY DIFFRACTION100
2.4709-3.11260.13291360.12055635X-RAY DIFFRACTION100
3.1126-30.18340.13651320.13225659X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2371-0.05990.0640.18780.03910.0546-0.02180.08080.1035-0.09280.0060.0022-0.05670.05780.00550.0893-0.0213-0.00110.07620.01880.0689-11.01636.5642-1.6267
20.17080.05050.07310.32880.03080.233-0.0050.0779-0.0572-0.05950.0234-0.05570.05180.0286-0.01650.0888-0.0181-0.00040.0741-0.00310.0622-15.7223-14.929-2.6047
30.1912-0.0660.04210.24210.1090.0990.0071-0.0715-0.02150.0229-0.00550.00090.03550.01750.24490.0564-0.0131-0.00450.0630.00820.0335-13.6529-9.85096.7985
40.10040.02290.08460.1713-0.01760.07590.0271-0.07110.01460.0261-0.01750.0591-0.0035-0.0350.08310.0498-0.01120.00520.08350.00340.0584-22.3669-4.834412.7134
50.0813-0.09120.0540.23950.04280.446-0.0404-0.00220.01540.01140.01810.0717-0.0099-0.0725-0.34460.0423-0.0088-0.00090.04960.01150.0451-24.3996-1.55376.5207
60.1566-0.0518-0.10930.2328-0.20820.40880.0458-0.04660.1830.0679-0.00990.1001-0.08050.02650.00560.0574-0.00870.01460.0715-0.00870.0963-23.80134.375611.6336
70.30650.1747-0.00080.2632-0.020.60570.0284-0.00950.2029-0.037-0.02930.2487-0.0992-0.18470.14040.08180.0081-0.02430.09180.01090.1783-30.27485.25461.1292
80.16690.1008-0.01990.17210.11680.14540.02350.23980.0768-0.19-0.03350.1252-0.0249-0.1046-0.10070.18570.0348-0.12810.20780.04790.2817-35.63024.5842-13.6278
90.4318-0.0628-0.16680.0170.07080.62290.01750.10130.1331-0.2291-0.01380.1623-0.148-0.13550.16860.1242-0.0017-0.04950.10710.02540.1266-27.4643.5309-6.8885
100.0184-0.0033-0.03090.09260.0620.09030.02140.09530.0477-0.1334-0.01970.0252-0.0644-0.05820.08720.2524-0.0271-0.16480.14460.12520.0848-26.89294.032-17.6502
110.4119-0.0691-0.23950.53420.30310.2831-0.07210.22080.0259-0.40820.0860.0589-0.0463-0.01490.21720.1596-0.0381-0.03180.1162-0.00130.0613-21.2677-8.126-14.0411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 56 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 92 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 133 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 134 through 173 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 174 through 202 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 203 through 242 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 243 through 272 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 273 through 299 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 300 through 319 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 320 through 337 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 338 through 381 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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