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- PDB-6kea: crystal structure of MBP-tagged REV7-IpaB complex -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6kea
タイトルcrystal structure of MBP-tagged REV7-IpaB complex
要素Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,hREV7,LINKER,Invasin IpaB,hREV3
キーワードCELL CYCLE / REV7 / MAD2B / MAD2L2 / Shigella Invasin IpaB
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of isotype switching / : / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / DNA biosynthetic process ...somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of isotype switching / : / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / JUN kinase binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / DNA biosynthetic process / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / detection of maltose stimulus / DNA synthesis involved in DNA repair / maltose transport complex / telomere maintenance in response to DNA damage / carbohydrate transport / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / host cell membrane / error-prone translesion synthesis / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / site of DNA damage / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / translesion synthesis / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / actin filament organization / cell chemotaxis / regulation of cell growth / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein catabolic process / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via homologous recombination / spindle / transcription corepressor activity / double-strand break repair / host cell / outer membrane-bounded periplasmic space / chromosome / site of double-strand break / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed DNA polymerase / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-directed DNA polymerase activity / protein-macromolecule adaptor activity / periplasmic space / cell division / nucleotide binding / DNA repair / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / host cell nucleus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system, invasin protein B / Invasin IpaB, N-terminal / Type III cell invasion protein SipB / Secretion system effector C, SseC-like / Secretion system effector C (SseC) like family / Domain of unknown function DUF4683 / Domain of unknown function (DUF4683) / DNA polymerase zeta catalytic subunit / : / DNA polymerase zeta catalytic subunit, N-terminal ...Type III secretion system, invasin protein B / Invasin IpaB, N-terminal / Type III cell invasion protein SipB / Secretion system effector C, SseC-like / Secretion system effector C (SseC) like family / Domain of unknown function DUF4683 / Domain of unknown function (DUF4683) / DNA polymerase zeta catalytic subunit / : / DNA polymerase zeta catalytic subunit, N-terminal / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / : / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / DNA polymerase delta catalytic subunit-like, N-terminal domain / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase zeta catalytic subunit / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Type 3 secretion system translocon protein SctE / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Wang, X. / Pernicone, N. / Pertz, L. / Hua, D.P. / Zhang, T.Q. / Listovsky, T. / Xie, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31600605 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: REV7 has a dynamic adaptor region to accommodate small GTPase RAN/ShigellaIpaB ligands, and its activity is regulated by the RanGTP/GDP switch.
著者: Wang, X. / Pernicone, N. / Pertz, L. / Hua, D. / Zhang, T. / Listovsky, T. / Xie, W.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,hREV7,LINKER,Invasin IpaB,hREV3
B: Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,hREV7,LINKER,Invasin IpaB,hREV3
C: Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,hREV7,LINKER,Invasin IpaB,hREV3
D: Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,hREV7,LINKER,Invasin IpaB,hREV3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,8544
ポリマ－275,8544
非ポリマー00
水5,963331
1
A: Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,hREV7,LINKER,Invasin IpaB,hREV3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9641
ポリマ－68,9641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,hREV7,LINKER,Invasin IpaB,hREV3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9641
ポリマ－68,9641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,hREV7,LINKER,Invasin IpaB,hREV3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9641
ポリマ－68,9641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,hREV7,LINKER,Invasin IpaB,hREV3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9641
ポリマ－68,9641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.829, 146.707, 102.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Maltose-binding periplasmic protein,LINKER,hREV7,LINKER,Invasin IpaB,hREV3 / MBP


分子量: 68963.570 Da / 分子数: 4 / 変異: D83A/K84A/E173A/N174A/K240A/R485A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MBP-tagged human REV7 and Shigella Invasin IpaB fusion protein
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: K12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q9UI95, UniProt: P18011, UniProt: O60673
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細residues 360-373 and 573-596 are LINKER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 100 mM Bistris, pH 5.6, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→29.91 Å / Num. obs: 98435 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1366 / Net I/σ(I): 14.22
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8728 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VD8, 3ABD

3vd8

3abd


解像度: 2.35→29.91 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 4849 -
Rwork0.1919 --
obs-98287 99.85 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18061 0 0 335 18396
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.434 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2905 449 -
Rwork0.2721 --
obs-9819 97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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