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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5jcz | |||||||||
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| Title | Rab11 bound to MyoVa-GTD | |||||||||
Components |
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Keywords | MOTOR PROTEIN / myosin / complex / Rab / motor cargo recognition | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / synaptic vesicle endosomal processing / early endosome to recycling endosome transport / regulation of endocytic recycling / establishment of protein localization to organelle / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / vesicle transport along actin filament / establishment of vesicle localization ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / synaptic vesicle endosomal processing / early endosome to recycling endosome transport / regulation of endocytic recycling / establishment of protein localization to organelle / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / vesicle transport along actin filament / establishment of vesicle localization / plasma membrane to endosome transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / insulin-responsive compartment / amyloid-beta clearance by transcytosis / regulation of cilium assembly / regulation of protein transport / presynaptic endosome / exosomal secretion / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / astral microtubule organization / vesicle-mediated transport in synapse / VxPx cargo-targeting to cilium / protein transmembrane transport / filopodium tip / actin filament-based movement / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / multivesicular body assembly / melanosome transport / protein localization to cilium / Golgi to plasma membrane protein transport / establishment of protein localization to membrane / myosin complex / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / syntaxin binding / dynein light intermediate chain binding / mitotic metaphase chromosome alignment / microfilament motor activity / Insulin processing / exocytosis / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / cleavage furrow / positive regulation of epithelial cell migration / mitotic spindle assembly / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / ruffle / multivesicular body / centriole / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / actin filament organization / cytoplasmic vesicle membrane / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / regulation of cytokinesis / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / FCGR3A-mediated phagocytosis / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / trans-Golgi network / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / recycling endosome / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / small GTPase binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to insulin stimulus / recycling endosome membrane / neuron projection development / spindle pole / actin filament binding / synaptic vesicle membrane / endocytic vesicle membrane / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / melanosome / actin cytoskeleton / protein transport / growth cone / G protein activity / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / calmodulin binding / neuron projection / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.056 Å | |||||||||
Authors | Pylypenko, O. / Attanda, W. / Gauquelin, C. / Malherbes, G. / Houdusse, A. | |||||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2016Title: Coordinated recruitment of Spir actin nucleators and myosin V motors to Rab11 vesicle membranes. Authors: Pylypenko, O. / Welz, T. / Tittel, J. / Kollmar, M. / Chardon, F. / Malherbe, G. / Weiss, S. / Michel, C.I. / Samol-Wolf, A. / Grasskamp, A.T. / Hume, A. / Goud, B. / Baron, B. / England, P. ...Authors: Pylypenko, O. / Welz, T. / Tittel, J. / Kollmar, M. / Chardon, F. / Malherbe, G. / Weiss, S. / Michel, C.I. / Samol-Wolf, A. / Grasskamp, A.T. / Hume, A. / Goud, B. / Baron, B. / England, P. / Titus, M.A. / Schwille, P. / Weidemann, T. / Houdusse, A. / Kerkhoff, E. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5jcz.cif.gz | 686.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5jcz.ent.gz | 556.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5jcz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/5jcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/5jcz | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5jcyC ![]() 4lx1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 6 molecules ADIBCE
| #1: Protein | Mass: 20100.598 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RAB11A, RAB11 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 45350.605 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 1437-1828 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MYO5A, MYH12 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 1181 molecules 












| #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.43 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 7% (w/v) PEG-8000, 50 mM Bicine, 50 mM Tris, 30mM sodium fluoride, 20% (v/v) ethylene glycol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.98011 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.98011 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.056→48.88 Å / Num. obs: 146774 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 7.7 % / Net I/σ(I): 20.58 |
| Reflection shell | Resolution: 2.056→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.555 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4LX1 Resolution: 2.056→48.879 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 21.55
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.056→48.879 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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