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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jcz | |||||||||
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Title | Rab11 bound to MyoVa-GTD | |||||||||
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![]() | MOTOR PROTEIN / myosin / complex / Rab / motor cargo recognition | |||||||||
Function / homology | ![]() regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / regulation of cilium assembly / insulin-responsive compartment / exosomal secretion / melanosome transport / amyloid-beta clearance by transcytosis / protein transmembrane transport / astral microtubule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / actin filament-based movement / filopodium tip / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / regulation of vesicle-mediated transport / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / Golgi to plasma membrane protein transport / vesicle transport along actin filament / multivesicular body assembly / protein localization to cilium / dynein light intermediate chain binding / establishment of protein localization to membrane / protein localization to cell surface / myosin complex / TBC/RABGAPs / syntaxin binding / mitotic metaphase chromosome alignment / microfilament motor activity / Insulin processing / positive regulation of epithelial cell migration / exocytosis / cleavage furrow / centriolar satellite / mitotic spindle assembly / vesicle-mediated transport / transport vesicle / ruffle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / phagocytic vesicle / multivesicular body / small monomeric GTPase / G protein activity / trans-Golgi network membrane / regulation of cytokinesis / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / actin filament organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / cytoplasmic vesicle membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / small GTPase binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / spindle pole / recycling endosome membrane / cellular response to insulin stimulus / endocytic vesicle membrane / neuron projection development / actin filament binding / melanosome / protein transport / actin cytoskeleton / growth cone / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / calmodulin binding / neuron projection / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / centrosome / glutamatergic synapse / GTP binding / Golgi apparatus / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pylypenko, O. / Attanda, W. / Gauquelin, C. / Malherbes, G. / Houdusse, A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Coordinated recruitment of Spir actin nucleators and myosin V motors to Rab11 vesicle membranes. Authors: Pylypenko, O. / Welz, T. / Tittel, J. / Kollmar, M. / Chardon, F. / Malherbe, G. / Weiss, S. / Michel, C.I. / Samol-Wolf, A. / Grasskamp, A.T. / Hume, A. / Goud, B. / Baron, B. / England, P. ...Authors: Pylypenko, O. / Welz, T. / Tittel, J. / Kollmar, M. / Chardon, F. / Malherbe, G. / Weiss, S. / Michel, C.I. / Samol-Wolf, A. / Grasskamp, A.T. / Hume, A. / Goud, B. / Baron, B. / England, P. / Titus, M.A. / Schwille, P. / Weidemann, T. / Houdusse, A. / Kerkhoff, E. | |||||||||
History |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5jcyC ![]() 4lx1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 6 molecules ADIBCE
#1: Protein | Mass: 20100.598 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 45350.605 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 1437-1828 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 1181 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/BEF.gif)
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![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 7% (w/v) PEG-8000, 50 mM Bicine, 50 mM Tris, 30mM sodium fluoride, 20% (v/v) ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98011 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.056→48.88 Å / Num. obs: 146774 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 7.7 % / Net I/σ(I): 20.58 |
Reflection shell | Resolution: 2.056→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.555 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4LX1 Resolution: 2.056→48.879 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 21.55
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.056→48.879 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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