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- PDB-3hhl: Crystal structure of methylated RPA0582 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hhl
タイトルCrystal structure of methylated RPA0582 protein
要素(RPA0582) x 4
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ALPHA-BETA-BARREL / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / REDUCTIVE METHYLATION / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF1330 / Domain of unknown function (DUF1330) / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / DUF1330 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Sledz, P. / Niedzialkowska, E. / Chruszcz, M. / Porebski, P. / Yim, V. / Kudritska, M. / Zimmerman, M.D. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. ...Sledz, P. / Niedzialkowska, E. / Chruszcz, M. / Porebski, P. / Yim, V. / Kudritska, M. / Zimmerman, M.D. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of methylated RPA0582 protein
著者: Sledz, P. / Niedzialkowska, E. / Chruszcz, M. / Porebski, P. / Yim, V. / Kudritska, M. / Zimmerman, M.D. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2009年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RPA0582
B: RPA0582
C: RPA0582
D: RPA0582
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,49732
ポリマ－65,3094
非ポリマー4,18828
水4,522251
1
A: RPA0582
D: RPA0582
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,59415
ポリマ－32,6552
非ポリマー1,93913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8600 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area13640 Å2
手法PISA
2
B: RPA0582
C: RPA0582
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,90317
ポリマ－32,6542
非ポリマー2,24915
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8370 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area13630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.012, 193.012, 117.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-143-

SO4

21C-201-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
31B
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: MLY / End label comp-ID: MLY / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 135 / Label seq-ID: 2 - 136

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1CC
2AA
3BB
4DD

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 RPA0582


分子量: 16333.947 Da / 分子数: 1 / 変異: F61S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: RPA0582 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q6NC90
#2: タンパク質 RPA0582


分子量: 16306.900 Da / 分子数: 1 / 変異: F61S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: RPA0582 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q6NC90
#3: タンパク質 RPA0582


分子量: 16346.965 Da / 分子数: 1 / 変異: F61S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: RPA0582 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q6NC90
#4: タンパク質 RPA0582


分子量: 16320.928 Da / 分子数: 1 / 変異: F61S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: RPA0582 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q6NC90

-
非ポリマー , 10種, 279分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#12: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE MUTATION F61S IS A CLONING ARTIFACT THAT WAS CONFIRMED BY SEQUENCING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 25% PEG3350, 0.1M HEPES pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9787 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月31日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: MOLECULAR REPLACEMENT / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→96.67 Å / Num. all: 47581 / Num. obs: 47581 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 73.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 24.26
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2405 / Rsym value: 0.596 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0089精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DCA

3dca


解像度: 2.65→32.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 12.676 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 2400 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.18 47443 --
obs0.18 47443 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0.12 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→32.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4299 0 270 251 4820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0214789
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5841.9936405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83738314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6285562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74321.931233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.04715744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5441560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.91.52755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1351.51090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7124436
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44632034
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1044.51964
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1745 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Cloose positional0.345
Aloose positional0.345
Bloose positional0.355
Dloose positional0.365
Cloose thermal1.2910
Aloose thermal0.9810
Bloose thermal0.8710
Dloose thermal1.1210
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 200 -
Rwork0.31 3320 -
obs--99.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0429-0.25720.55590.9033-0.08062.8592-0.05560.1485-0.066-0.14250.0887-0.04750.25020.3484-0.0330.0879-0.00620.04580.13-0.05220.0599-18.42760.02315.066
22.0030.90570.48922.05160.73141.2776-0.02280.2247-0.2193-0.02850.0573-0.3507-0.06190.1964-0.03460.00880.00660.01250.09760.02930.14542.17278.38439.421
31.11930.06180.03953.2175-0.14271.0680.0409-0.1159-0.13220.3811-0.01630.0772-0.0655-0.0603-0.02450.0982-0.0269-0.01210.10360.05490.0378-5.60191.0557.582
42.62770.54090.77691.11220.29981.2449-0.1429-0.00620.3361-0.08520.06650.1148-0.23630.13150.07640.1272-0.05790.00330.03530.0020.0834-33.43777.4579.24
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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