PDB-5vcr: Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vcr

タイトル

Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase with bound uranium dioxide

要素

Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / MGAT2 / Complex N-gly / Branched acceptor

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,6-mannosylglycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / Defective MGAT2 causes CDG-2a / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / oligosaccharide biosynthetic process / protein N-linked glycosylation via asparagine / Golgi stack / protein N-linked glycosylation / manganese ion binding / Maturation of spike protein ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.992 Å

データ登録者

Sanders, J.H. / Kadirvelraj, R. / Wood, Z.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: HumanN-acetylglucosaminyltransferase II substrate recognition uses a modular architecture that includes a convergent exosite.
著者: Kadirvelraj, R. / Yang, J.Y. / Sanders, J.H. / Liu, L. / Ramiah, A. / Prabhakar, P.K. / Boons, G.J. / Wood, Z.A. / Moremen, K.W.

履歴

登録	2017年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vcr.cif.gz	312.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vcr.ent.gz	253.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vcr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5vcr_validation.pdf.gz	482.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vcr_full_validation.pdf.gz	488.7 KB	表示
XML形式データ	5vcr_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	5vcr_validation.cif.gz	45.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vcr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5vcmC 5vcsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lrl-d 6b4g-4 7byj-d 4ei7-1 3eoj-d 7kho-2 4het-1 4n0s-d 3vdi-d 2wy7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

B: Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

ヘテロ分子

98.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.670, 105.670, 171.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-712- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質

Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / Beta-1 / 2-N-acetylglucosaminyltransferase II / GlcNAc-T II / GNT-II / Mannoside ...

分子量: 48348.117 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGAT2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q10469, alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 301分子

#2: 化合物	ChemComp-IUM / URANYL (VI) ION 分子量: 270.028 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂U
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.4 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.74 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月13日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.74 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.992→56.397 Å / Num. obs: 126205 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 14.1 % / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	最高解像度: 1.992 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.992→56.397 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	6294	5 %
R_work	0.1766	-	-
obs	0.1782	125828	98.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.992→56.397 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5768	0	32	294	6094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	5995
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.456	8153
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8	3539
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	864
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1029

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9922-2.0148	0.4082	150	0.371	2863	X-RAY DIFFRACTION	71
2.0148-2.0385	0.3038	203	0.3053	3944	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0385-2.0634	0.2942	212	0.2759	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0634-2.0895	0.2884	210	0.2636	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0895-2.117	0.2304	214	0.2196	4020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.117-2.146	0.2565	209	0.2064	4049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.146-2.1766	0.2573	209	0.2014	3996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1766-2.2091	0.2134	214	0.1955	4058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2091-2.2437	0.2683	218	0.1875	4012	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2437-2.2804	0.2355	212	0.1787	4026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2804-2.3198	0.2342	211	0.1705	4044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3198-2.3619	0.1985	214	0.1682	3991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3619-2.4074	0.2053	210	0.1701	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4074-2.4565	0.2171	214	0.172	4057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4565-2.5099	0.2621	204	0.1692	3971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5099-2.5683	0.2305	216	0.1715	4063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5683-2.6325	0.2134	211	0.1712	4018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6325-2.7037	0.2396	211	0.17	4019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7037-2.7833	0.229	210	0.1663	4050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7833-2.8731	0.1993	211	0.1564	4006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8731-2.9758	0.2114	217	0.1716	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9758-3.0949	0.2469	211	0.1851	4031	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0949-3.2358	0.2405	209	0.1811	4019	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2358-3.4064	0.1755	217	0.1671	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4064-3.6197	0.1709	212	0.1541	3989	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6197-3.8992	0.1832	220	0.1493	4036	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8992-4.2914	0.1619	218	0.138	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2914-4.9121	0.1469	207	0.1404	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9121-6.1875	0.2072	215	0.1811	4038	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1875-56.42	0.2174	205	0.2252	4040	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1789	0.0808	-0.3887	4.1699	-0.1057	2.6287	-0.0394	-0.027	0.1559	-0.0999	0.1185	0.0774	-0.272	0.0146	-0.0492	0.328	-0.031	0.0633	0.1848	0.0245	0.2662	50.4815	89.0175	75.7205
2	1.0788	-2.3801	0.6881	7.5985	-0.2626	1.1656	-0.0189	0.2515	0.0469	-0.2915	-0.0299	-0.3714	-0.0304	0.1124	0.0573	0.2395	-0.0593	0.1157	0.2574	-0.0128	0.3291	55.2171	83.4355	72.067
3	7.1126	-0.2048	-2.4765	3.0476	1.5107	5.1784	-0.2909	0.2075	-0.6985	-0.0056	-0.0563	0.222	0.5106	-0.104	0.3109	0.3752	-0.0028	0.0565	0.2913	-0.0446	0.5079	58.8649	54.2221	69.7481
4	4.6086	-0.1353	-0.7815	3.0785	0.0874	1.7223	0.1071	0.1049	0.0389	0.0273	-0.0886	0.509	-0.1195	-0.3617	-0.0175	0.2762	-0.0002	0.0576	0.3015	0.0096	0.3518	35.9247	80.1704	81.5316
5	4.4031	-1.597	0.3783	3.6801	-0.2461	1.8373	-0.0566	-0.0395	-0.1209	0.1083	-0.0002	0.2719	-0.0085	-0.1059	0.0471	0.2181	-0.0302	0.0695	0.2409	0.0049	0.3392	38.9856	70.3139	83.2237
6	7.8487	3.1698	-3.5099	7.1286	-1.319	7.3062	-0.1582	1.0918	0.695	-0.9358	0.269	1.231	-0.6286	-0.5594	-0.1173	0.5236	0.0472	-0.164	0.6685	0.0701	0.7872	23.5026	87.8257	71.3595
7	7.7721	-2.122	-4.2309	2.8988	1.7626	3.116	-0.2065	0.1287	-0.6155	0.0705	0.1035	-0.038	0.0875	-0.0266	0.1066	0.2442	0.0005	0.0208	0.1657	0.0885	0.1884	45.2386	64.1821	81.8359
8	5.224	-1.4833	-0.0637	6.5144	-0.4566	2.5192	-0.0431	-0.0933	0.0257	0.1304	-0.0865	0.1823	0.0671	-0.1593	0.1055	0.2371	-0.0806	0.0724	0.2273	-0.0324	0.2928	60.792	103.008	74.2002
9	8.367	-1.1573	4.4413	1.7774	-1.0193	3.1468	-0.1282	0.1146	-0.0238	0.1535	-0.0259	-0.241	0.0086	0.2838	0.1511	0.2966	-0.0092	0.0795	0.2779	-0.0224	0.2914	86.1064	104.4074	75.5124
10	2.6723	-0.2046	-0.4216	4.2598	1.3832	2.907	-0.0898	0.224	0.5305	-0.3102	-0.0158	0.1401	-0.2995	-0.1004	0.0572	0.3123	-0.0154	-0.0254	0.2517	0.0319	0.4208	62.4401	122.872	67.3358
11	3.8709	-1.0906	-0.3662	2.5422	0.3532	1.2379	-0.0335	0.178	0.4822	-0.1426	-0.0577	-0.023	-0.1239	-0.0916	0.0914	0.3116	-0.0549	0.0084	0.2417	-0.0114	0.3636	72.5346	121.0771	68.6543

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 84 through 157 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 158 through 191 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 192 through 224 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 225 through 324 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 325 through 388 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 389 through 415 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 416 through 445 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 176 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 177 through 243 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 244 through 324 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 325 through 444 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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