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- PDB-6b4g: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Gle1 CTD-Nup42 GBM c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b4g
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Gle1 CTD-Nup42 GBM complex
要素
  • Nucleoporin AMO1
  • Nucleoporin GLE1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Complex / Nuclear Pore Complex / mRNA export / DEAD-box helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore cytoplasmic filaments / inositol hexakisphosphate binding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / translation initiation factor binding / phospholipid binding / protein transport / nuclear membrane / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ligase, CCCH-type zinc finger / CCCH-type zinc finger / mRNA export factor GLE1-like / GLE1-like superfamily / GLE1-like protein / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin AMO1 / mRNA export factor GLE1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.648 Å
データ登録者Lin, D.H. / Correia, A.R. / Cai, S.W. / Huber, F.M. / Jette, C.A. / Hoelz, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural and functional analysis of mRNA export regulation by the nuclear pore complex.
著者: Lin, D.H. / Correia, A.R. / Cai, S.W. / Huber, F.M. / Jette, C.A. / Hoelz, A.
履歴
登録2017年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin GLE1
B: Nucleoporin AMO1
D: Nucleoporin AMO1
F: Nucleoporin AMO1
H: Nucleoporin AMO1
C: Nucleoporin GLE1
E: Nucleoporin GLE1
G: Nucleoporin GLE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,61013
ポリマ－175,6348
非ポリマー9765
水1,49583
1
A: Nucleoporin GLE1
B: Nucleoporin AMO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2994
ポリマ－43,9092
非ポリマー3902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
2
D: Nucleoporin AMO1
C: Nucleoporin GLE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1043
ポリマ－43,9092
非ポリマー1951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
3
F: Nucleoporin AMO1
E: Nucleoporin GLE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1043
ポリマ－43,9092
非ポリマー1951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
4
H: Nucleoporin AMO1
G: Nucleoporin GLE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1043
ポリマ－43,9092
非ポリマー1951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.482, 93.055, 229.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nucleoporin GLE1 / Nuclear pore protein GLE1 / RNA export factor GLE1


分子量: 35483.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: GLE1, CTHT_0027940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S7F3
#2: タンパク質
Nucleoporin AMO1 / Nuclear pore protein AMO1


分子量: 8425.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: AMO1, CTHT_0020020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S381
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.3, 12% (w/v) PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.648→48.9 Å / Num. obs: 53442 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.026 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.65→2.73 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5142 / CC1/2: 0.669 / Rpim(I) all: 0.45 / Rsym value: 1.487 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2006: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.648→48.864 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2768 1999 3.74 %
Rwork0.2398 --
obs0.2412 53434 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.648→48.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11418 0 60 83 11561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03315833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1094477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6482-2.71450.35631360.31783490X-RAY DIFFRACTION97
2.7145-2.78780.36261400.29853633X-RAY DIFFRACTION100
2.7878-2.86990.3081420.28383623X-RAY DIFFRACTION100
2.8699-2.96250.32441410.283638X-RAY DIFFRACTION100
2.9625-3.06840.33061420.28133655X-RAY DIFFRACTION100
3.0684-3.19120.30771420.27443644X-RAY DIFFRACTION100
3.1912-3.33640.31441420.27423636X-RAY DIFFRACTION100
3.3364-3.51220.35331420.2693667X-RAY DIFFRACTION100
3.5122-3.73220.28741420.27073665X-RAY DIFFRACTION100
3.7322-4.02030.28921440.23253700X-RAY DIFFRACTION100
4.0203-4.42460.26031430.2173683X-RAY DIFFRACTION100
4.4246-5.06430.2441450.20923709X-RAY DIFFRACTION100
5.0643-6.37820.2521450.24043760X-RAY DIFFRACTION100
6.3782-48.87240.23711530.20673932X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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