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- PDB-6b4k: Crystal structure of human DDX19B(AMPPNP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b4k
タイトルCrystal structure of human DDX19B(AMPPNP)
要素ATP-dependent RNA helicase DDX19B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Complex / Nuclear Pore Complex / mRNA export / DEAD-box helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / helicase activity / cytoplasmic stress granule / nuclear envelope / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity ...poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / helicase activity / cytoplasmic stress granule / nuclear envelope / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal ...RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / MALONATE ION / ATP-dependent RNA helicase DDX19B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lin, D.H. / Correia, A.R. / Cai, S.W. / Huber, F.M. / Jette, C.A. / Hoelz, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural and functional analysis of mRNA export regulation by the nuclear pore complex.
著者: Lin, D.H. / Correia, A.R. / Cai, S.W. / Huber, F.M. / Jette, C.A. / Hoelz, A.
履歴
登録2017年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DDX19B
B: ATP-dependent RNA helicase DDX19B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6839
ポリマ－97,3162
非ポリマー1,3677
水3,873215
1
A: ATP-dependent RNA helicase DDX19B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3935
ポリマ－48,6581
非ポリマー7354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP-dependent RNA helicase DDX19B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2914
ポリマ－48,6581
非ポリマー6333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.233, 45.364, 127.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DDX19B / DEAD box RNA helicase DEAD5 / DEAD box protein 19B


分子量: 48658.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX19B, DBP5, DDX19, TDBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UMR2, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MIB buffer pH 5.0 (malonate, imidazole, borate), 13 % (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 48313 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4099 / CC1/2: 0.452 / Rpim(I) all: 0.979 / Rsym value: 2.456 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EWS

3ews


解像度: 2.2→42.144 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 1993 4.14 %
Rwork0.2069 --
obs0.2086 48166 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.144 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6646 0 85 215 6946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6239358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0074305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.31551370.30363175X-RAY DIFFRACTION96
2.255-2.3160.32561410.28143257X-RAY DIFFRACTION99
2.316-2.38420.29311420.26843301X-RAY DIFFRACTION99
2.3842-2.46110.32781410.25973252X-RAY DIFFRACTION99
2.4611-2.54910.27211410.25973270X-RAY DIFFRACTION99
2.5491-2.65110.29561430.25843316X-RAY DIFFRACTION100
2.6511-2.77170.31791410.25733268X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.91780.26861430.25283300X-RAY DIFFRACTION100
2.9178-3.10060.28181430.22693290X-RAY DIFFRACTION99
3.1006-3.33990.23371410.21733284X-RAY DIFFRACTION98
3.3399-3.67580.25671440.1943312X-RAY DIFFRACTION100
3.6758-4.20730.20631440.17163349X-RAY DIFFRACTION99
4.2073-5.29910.21691460.15633348X-RAY DIFFRACTION99
5.2991-42.15180.22831460.19473451X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18480.50630.47372.7846-0.17993.43720.0264-0.0020.0972-0.1039-0.1590.11380.0005-0.0318-0.00620.27890.0244-0.00370.2323-0.02610.27423.39283.95914.3988
22.37960.3728-0.87551.2689-0.00662.00780.0496-0.36390.09990.4590.07980.3362-0.193-0.87270.00030.60.02070.15320.97290.05950.5099-8.37763.771249.8385
33.4617-0.16940.02643.8483-0.32813.27660.1633-0.19810.06150.4435-0.3093-0.431-0.04250.2944-0.0220.4009-0.0757-0.09350.35620.0680.375530.81744.350447.8901
41.686-0.6087-0.02131.11390.04890.6266-0.15670.9656-0.0079-0.79840.3297-0.73510.45010.93810.02040.78310.09410.20651.4385-0.14240.914642.942-2.382213.1781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 54 through 302)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 303 through 479 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 54 through 302 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 303 through 478)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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