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- PDB-5bve: Tetrahydropyrrolo-diazepenones as inhibitors of ERK2 kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bve
タイトルTetrahydropyrrolo-diazepenones as inhibitors of ERK2 kinase
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / Inhibitor / Kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / ERKs are inactivated / cytosine metabolic process ...phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / ERKs are inactivated / cytosine metabolic process / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / response to epidermal growth factor / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / labyrinthine layer blood vessel development / ERBB signaling pathway / mammary gland epithelial cell proliferation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / trachea formation / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / IFNG signaling activates MAPKs / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / regulation of cytoskeleton organization / response to exogenous dsRNA / lung morphogenesis / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / face development / positive regulation of telomere maintenance / MAPK1 (ERK2) activation / Recycling pathway of L1 / pseudopodium / Bergmann glial cell differentiation / androgen receptor signaling pathway / thyroid gland development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / steroid hormone receptor signaling pathway / negative regulation of cell differentiation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / regulation of ossification / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / mitogen-activated protein kinase / JUN kinase activity / phosphatase binding / Signal attenuation / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Schwann cell development / Growth hormone receptor signaling / stress-activated MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / phosphotyrosine residue binding / myelination / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / ERK1 and ERK2 cascade / NCAM signaling for neurite out-growth / cellular response to amino acid starvation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / ESR-mediated signaling / thymus development / Signal transduction by L1 / Regulation of PTEN gene transcription / peptidyl-threonine phosphorylation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / response to nicotine / FCERI mediated MAPK activation / long-term synaptic potentiation / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Negative regulation of FGFR1 signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Spry regulation of FGF signaling / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / Oncogene Induced Senescence / caveola / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4VG / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ma, X. / Steven, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Tetrahydropyrrolo-diazepenones as inhibitors of ERK2 kinase.
著者: Bagdanoff, J.T. / Jain, R. / Han, W. / Zhu, S. / Madiera, A.M. / Lee, P.S. / Ma, X. / Poon, D.
履歴
登録2015年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3346
ポリマ－41,4681
非ポリマー8665
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.242, 70.672, 120.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK ...MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41467.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-4VG / 2-[(1S)-1-(3-chlorophenyl)-2-hydroxyethyl]-8-[2-(tetrahydro-2H-pyran-4-ylamino)pyrimidin-4-yl]-2,3,4,5-tetrahydro-1H-pyrrolo[1,2-a][1,4]diazepin-1-one


分子量: 481.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H28ClN5O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20mM Mg Sulfate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→70.67 Å / Num. obs: 26269 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 16.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PROCESSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ERK

1erk
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→41.523 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2198 1332 5.08 %Random selection
Rwork0.1725 ---
obs0.1748 26200 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2698 0 54 264 3016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0753832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8061065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.07150.30941280.24762423X-RAY DIFFRACTION100
2.0715-2.15450.28241250.21592450X-RAY DIFFRACTION100
2.1545-2.25250.26921410.20232460X-RAY DIFFRACTION100
2.2525-2.37130.27291240.20012441X-RAY DIFFRACTION100
2.3713-2.51980.211430.18822465X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.71430.24011370.18252456X-RAY DIFFRACTION100
2.7143-2.98740.23961400.17582481X-RAY DIFFRACTION100
2.9874-3.41950.22921400.16552482X-RAY DIFFRACTION100
3.4195-4.30750.16971280.14352532X-RAY DIFFRACTION100
4.3075-41.53220.1921260.16072678X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.8458 Å / Origin y: 2.934 Å / Origin z: 20.3909 Å
111213212223313233
T0.0892 Å20.0038 Å2-0.001 Å2-0.0796 Å2-0.0019 Å2--0.1029 Å2
L0.289 °2-0.0059 °2-0.2185 °2-0.1 °20.325 °2--1.1388 °2
S0.0124 Å °0.039 Å °-0.0285 Å °0.0143 Å °-0.0157 Å °-0.0342 Å °-0.0262 Å °-0.0666 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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