PDB-5vcm: Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vcm

タイトル

Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase with bound UDP and Manganese

要素

Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / MGAT2 / Complex N-gly / Branched acceptor

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,6-mannosylglycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / Defective MGAT2 causes CDG-2a / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / oligosaccharide biosynthetic process / protein N-linked glycosylation via asparagine / Golgi stack / protein N-linked glycosylation / manganese ion binding / Maturation of spike protein ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.599 Å

データ登録者

Sanders, J.H. / Kadirvelraj, R. / Wood, Z.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: HumanN-acetylglucosaminyltransferase II substrate recognition uses a modular architecture that includes a convergent exosite.
著者: Kadirvelraj, R. / Yang, J.Y. / Sanders, J.H. / Liu, L. / Ramiah, A. / Prabhakar, P.K. / Boons, G.J. / Wood, Z.A. / Moremen, K.W.

履歴

登録	2017年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.name / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.3	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.7	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vcm.cif.gz	328.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vcm.ent.gz	262.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5vcm_validation.pdf.gz	825.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vcm_full_validation.pdf.gz	834.2 KB	表示
XML形式データ	5vcm_validation.xml.gz	37.9 KB	表示
CIF形式データ	5vcm_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vcm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5vcrC 5vcsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cuf-5 5cuf-4 7dix-1 5cuf-3 4rbm-d 6aa9-d 3mn8-4 3zwl-1 2boa-1 3sq8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

B: Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

ヘテロ分子

98.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.130, 139.330, 63.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質

Alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / Beta-1 / 2-N-acetylglucosaminyltransferase II / GlcNAc-T II / GNT-II / Mannoside ...

分子量: 48348.117 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGAT2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q10469, alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 556分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM UDP, 5 mM manganese chloride

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データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月25日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→43.044 Å / Num. obs: 97795 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.628 % / B_iso Wilson estimate: 19.22 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_rim(I) all: 0.114 / Χ²: 1.017 / Net I/σ(I): 10.97 / Num. measured all: 745960 / Scaling rejects: 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	7.347	1.408	1.41	52119	7214	7094	0.499	1.514	98.3
1.64-1.69	7.549	1.147	1.79	53283	7064	7058	0.65	1.231	99.9
1.69-1.73	7.582	0.908	2.3	51709	6825	6820	0.753	0.975	99.9
1.73-1.79	7.596	0.713	2.91	50855	6707	6695	0.845	0.765	99.8
1.79-1.85	7.624	0.546	3.84	49366	6484	6475	0.9	0.586	99.9
1.85-1.91	7.626	0.413	4.98	47504	6235	6229	0.939	0.443	99.9
1.91-1.98	7.633	0.321	6.39	46217	6058	6055	0.962	0.345	100
1.98-2.06	7.652	0.24	8.34	43951	5748	5744	0.977	0.258	99.9
2.06-2.16	7.66	0.19	10.15	42643	5570	5567	0.985	0.203	99.9
2.16-2.26	7.659	0.156	12.16	40892	5352	5339	0.988	0.167	99.8
2.26-2.38	7.698	0.129	14.36	38853	5051	5047	0.991	0.138	99.9
2.38-2.53	7.696	0.116	15.77	36933	4807	4799	0.993	0.124	99.8
2.53-2.7	7.706	0.099	17.75	34478	4479	4474	0.994	0.107	99.9
2.7-2.92	7.717	0.085	20.58	32425	4211	4202	0.995	0.092	99.8
2.92-3.2	7.732	0.074	22.96	29845	3869	3860	0.997	0.079	99.8
3.2-3.58	7.73	0.064	26.27	27110	3515	3507	0.997	0.068	99.8
3.58-4.13	7.736	0.059	28.42	23766	3078	3072	0.997	0.064	99.8
4.13-5.06	7.73	0.056	29.69	20161	2615	2608	0.997	0.06	99.7
5.06-7.15	7.692	0.059	28.8	15577	2033	2025	0.997	0.064	99.6
7.15-43.044	7.354	0.057	29.08	8273	1139	1125	0.997	0.061	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.599→43.044 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	4881	4.99 %
R_work	0.1857	92865	-
obs	0.1874	97746	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.56 Å² / B_iso mean: 28.0761 Å² / B_iso min: 10.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.599→43.044 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5888	0	77	544	6509
B_iso mean	-	-	35.39	35.58	-
残基数	-	-	-	-	709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6252
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.887	8510
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	897
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1073
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.191	3709

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5991-1.6173	0.329	163	0.3171	2972	3135	96
1.6173-1.6363	0.3633	154	0.3098	3100	3254	100
1.6363-1.6563	0.2912	163	0.2767	3093	3256	100
1.6563-1.6772	0.2792	167	0.2658	3073	3240	100
1.6772-1.6993	0.3085	160	0.2555	3108	3268	100
1.6993-1.7226	0.2731	167	0.2434	3106	3273	100
1.7226-1.7472	0.2519	160	0.2263	3070	3230	100
1.7472-1.7733	0.2435	161	0.2207	3121	3282	100
1.7733-1.801	0.2571	155	0.215	3074	3229	100
1.801-1.8305	0.2674	166	0.209	3096	3262	100
1.8305-1.8621	0.2465	167	0.2039	3122	3289	100
1.8621-1.8959	0.2425	164	0.2023	3042	3206	100
1.8959-1.9324	0.2501	162	0.2008	3139	3301	100
1.9324-1.9718	0.2325	163	0.1877	3074	3237	100
1.9718-2.0147	0.195	164	0.1834	3089	3253	100
2.0147-2.0616	0.2052	163	0.1822	3088	3251	100
2.0616-2.1131	0.2446	164	0.1837	3148	3312	100
2.1131-2.1703	0.2389	161	0.1758	3041	3202	100
2.1703-2.2341	0.2081	162	0.1845	3094	3256	100
2.2341-2.3062	0.2359	168	0.1722	3121	3289	100
2.3062-2.3887	0.2169	155	0.1684	3093	3248	100
2.3887-2.4843	0.1879	166	0.1761	3097	3263	100
2.4843-2.5973	0.2052	162	0.1727	3116	3278	100
2.5973-2.7343	0.222	169	0.1737	3120	3289	100
2.7343-2.9055	0.1983	163	0.174	3083	3246	100
2.9055-3.1298	0.2127	163	0.1816	3115	3278	100
3.1298-3.4447	0.2309	166	0.1665	3087	3253	100
3.4447-3.9428	0.1832	168	0.1643	3147	3315	100
3.9428-4.9664	0.1807	157	0.1565	3107	3264	100
4.9664-43.0591	0.2234	158	0.2092	3129	3287	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6883	-0.3168	-0.4238	2.4336	-0.9919	1.9539	0.0411	0.1245	0.129	-0.1584	0.0455	0.1983	-0.0258	-0.1217	-0.092	0.1388	0.0255	-0.0177	0.0837	0.0277	0.136	-0.7377	-12.684	-33.4757
2	2.4424	-1.3964	-0.7643	2.2422	0.4683	0.535	0.0805	0.1544	-0.0693	-0.2232	-0.0303	0.179	0.1204	0.0062	-0.0558	0.2355	0.0344	-0.0182	0.1515	0.0383	0.16	2.8556	-15.3694	-40.1125
3	6.3831	-1.3689	-2.6199	6.7592	0.8452	8.5961	-0.0249	0.3459	-0.2119	0.3809	0.0101	0.0343	-0.0451	-0.0231	0.0205	0.2574	0.0466	0.0005	0.1948	-0.0448	0.1564	20.8417	-36.941	-47.764
4	2.3096	-0.6115	-0.7579	1.8636	-0.0559	1.7134	0.0137	-0.0934	0.0522	0.0205	0.0476	-0.0004	-0.1169	0.026	-0.02	0.1108	0.0131	-0.0149	0.0575	0.0265	0.0847	6.7697	-18.1183	-28.2404
5	2.6387	-0.3315	-0.9735	1.2378	-0.6884	1.5098	-0.0544	-0.645	-0.3194	0.3416	0.2303	0.0977	-0.2167	-0.2048	-0.0887	0.2009	0.0578	0.033	0.2711	0.0837	0.195	-1.4123	-24.9007	-10.7459
6	2.4053	-0.0867	-0.3889	0.976	-0.8683	1.7941	-0.2072	-0.0805	-0.4687	-0.109	0.1597	0.1591	0.3527	-0.1166	0.0181	0.2033	0.0325	0.0469	0.206	0.047	0.2391	4.6701	-30.1177	-16.7742
7	2.3744	-0.3451	-0.4361	1.046	-0.6316	1.0096	-0.0803	-0.2011	-0.1505	-0.011	0.1193	0.1025	0.1146	0.0465	0.0783	0.1474	0.0104	0.0055	0.1093	0.0367	0.1657	10.4926	-28.8134	-23.0861
8	2.9257	1.2032	2.0324	2.8471	1.6997	5.4628	-0.1067	-0.503	-0.4424	-0.0369	0.2349	0.2253	-0.1314	-0.3388	-0.049	0.1567	0.0689	0.052	0.2602	0.0951	0.2733	-15.4	-27.1713	-18.018
9	3.342	-2.1514	-2.4853	1.731	0.6549	4.1017	-0.7876	-1.0715	-0.5514	0.433	0.5498	0.1634	1.1082	0.8779	0.3834	0.3382	0.0777	0.0799	0.4441	0.1246	0.4029	10.324	-37.6242	-13.6197
10	3.8665	-0.5546	0.2606	7.5087	-0.9394	4.4729	0.0027	0.0523	0.4069	0.0991	-0.0998	-0.206	-0.2738	0.093	0.0733	0.1788	0.0174	0.0329	0.1191	0.0119	0.1616	20.6153	-23.5116	-36.6256
11	2.0747	0.8036	0.0099	1.4299	0.1128	0.9082	-0.0265	0.076	-0.1907	-0.0686	-0.0038	0.0845	0.1784	-0.0045	-0.0094	0.1487	0.0021	-0.0008	0.1041	-0.032	0.1955	-17.5583	-68.2263	-18.5014
12	2.5845	-1.9849	-1.8448	2.1133	1.755	1.7603	-0.0813	-0.0893	-0.0459	0.1984	-0.0194	0.0954	0.0408	-0.1525	0.0714	0.147	0.0061	0.0016	0.193	-0.0282	0.1538	-25.0956	-52.5123	0.3016
13	3.1089	0.5171	0.0046	1.3347	0.2565	3.047	-0.0179	0.0796	0.3498	0.0401	0.107	-0.1639	-0.4404	0.5329	-0.0778	0.215	-0.0162	0.0066	0.2623	-0.0368	0.2306	0.8278	-54.2557	-16.8983
14	1.5386	0.2908	-0.3373	1.0656	-0.0864	3.4077	-0.0771	0.1538	0.1497	-0.1742	0.1351	-0.0299	-0.0988	0.2362	-0.041	0.1796	-0.0445	-0.0066	0.1601	-0.0174	0.2103	-5.6637	-49.542	-13.6948
15	6.2115	0.2271	-0.0896	1.7925	0.2731	1.2015	0.0032	-0.1817	0.0038	-0.1491	-0.0537	-0.2901	0.1053	0.2028	0.0911	0.1653	0.0295	0.0273	0.2123	-0.0253	0.1209	-11.6962	-49.6324	1.2455

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 86 through 157 )	A	86 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 158 through 191 )	A	158 - 191
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 192 through 224 )	A	192 - 224
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 225 through 267 )	A	225 - 267
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 268 through 305 )	A	268 - 305
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 306 through 324 )	A	306 - 324
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 325 through 387 )	A	325 - 387
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 388 through 411 )	A	388 - 411
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 412 through 427 )	A	412 - 427
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 428 through 447 )	A	428 - 447
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 78 through 176 )	B	78 - 176
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 177 through 243 )	B	177 - 243
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 244 through 324 )	B	244 - 324
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 325 through 414 )	B	325 - 414
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 417 through 445 )	B	417 - 445

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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