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- PDB-4rbm: Porphyromonas gingivalis gingipain K (Kgp) catalytic and immunogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rbm
タイトルPorphyromonas gingivalis gingipain K (Kgp) catalytic and immunoglobulin superfamily-like domains
要素Lys-gingipain W83
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-hydrolase / cysteine peptidase / lysine-containing substrates / extracellular / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


gingipain K / hemolysis in another organism / cysteine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cleaved adhesin / Peptidase C25, gingipain, C-terminal / Cleaved Adhesin Domain / Domain of unknown function (DUF2436) / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 ...Cleaved adhesin / Peptidase C25, gingipain, C-terminal / Cleaved Adhesin Domain / Domain of unknown function (DUF2436) / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 / Gingipain / Gingipain, N-terminal superfamily / Peptidase family C25 / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / AZIDE ION / (3S)-3,7-diaminoheptan-2-one / HISTIDINE / NICKEL (II) ION / Lys-gingipain W83
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者de Diego, I. / Veillard, F. / Sztukowska, M.N. / Guevara, T. / Potempa, B. / Pomowski, A. / Huntington, J.A. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure and Mechanism of Cysteine Peptidase Gingipain K (Kgp), a Major Virulence Factor of Porphyromonas gingivalis in Periodontitis.
著者: de Diego, I. / Veillard, F. / Sztukowska, M.N. / Guevara, T. / Potempa, B. / Pomowski, A. / Huntington, J.A. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2014年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22014年12月10日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lys-gingipain W83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,13418
ポリマ－51,0131
非ポリマー1,12117
水9,602533
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.640, 58.810, 135.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lys-gingipain W83 / Lysine specific cysteine protease / Lysine-specific cysteine proteinase / Porphypain / PrtK48 / Lys- ...Lysine specific cysteine protease / Lysine-specific cysteine proteinase / Porphypain / PrtK48 / Lys-gingipain catalytic subunit / 39 kDa adhesin / PrtK39 / 15 kDa adhesin / PrtK15 / 44 kDa adhesin / PrtK44


分子量: 51012.785 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 229-683 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: kgp, prtK, prtP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51817, gingipain K

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非ポリマー , 9種, 550分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-CKC / (3S)-3,7-diaminoheptan-2-one


分子量: 144.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16N2O
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: The best crystals were obtained at 20C with protein solution (at 5.7mg/mL in 5mM Tris HCl, pH 7.4, 0.02% sodium azide) and 22% polyethylene glycol 8000, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2M ...詳細: The best crystals were obtained at 20C with protein solution (at 5.7mg/mL in 5mM Tris HCl, pH 7.4, 0.02% sodium azide) and 22% polyethylene glycol 8000, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2M calcium acetate as reservoir solution from 2:1 uL drops, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→45.2 Å / Num. all: 46542 / Num. obs: 46309 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3192 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CVR

1cvr


解像度: 1.75→44.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9631 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9554 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1722 767 1.66 %RANDOM
Rwork0.1492 ---
obs0.1496 46299 99.56 %-
all-46504 --
原子変位パラメータBiso mean: 18.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8105 Å20 Å20 Å2
2---0.5876 Å20 Å2
3----0.2229 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.162 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3520 0 67 533 4120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013672HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14988HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1602SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes81HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes533HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3672HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd22SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.55
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion474SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4210SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 47 1.46 %
Rwork0.2202 3166 -
all0.2206 3213 -
obs-3213 99.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49590.0138-0.07250.1857-0.00850.3452-0.0217-0.02070.0014-0.00970.0087-0.00030.0109-0.00220.013-0.03480.002-0.0007-0.0148-0.0075-0.036435.020542.41919.785
27.12272.15772.09241.93540.32042.4156-0.51620.23750.9871-0.29090.10.0395-0.55190.22170.41610.1457-0.0394-0.0723-0.03310.03220.197543.3569.395810.0328
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|229 - A|600 }A229 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|601 - A|680 }A601 - 680

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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