PDB-6k02: Crystal structure of ceNAP1 core

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k02

タイトル

Crystal structure of ceNAP1 core

要素

Nucleosome Assembly Protein

キーワード

CHAPERONE / NAP1

機能・相同性

機能・相同性情報

cholesterol binding / nucleosome assembly / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin binding / chromatin / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.162 Å

データ登録者

Liu, Y.R.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of xlH2A-H2B
著者: Liu, Y.R.

履歴

登録	2019年5月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k02.cif.gz	223.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k02.ent.gz	178.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k00C 6k01C 6k03C 6k09C 6k0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zok-1 2g2i-d 4uzd-d 6nd7-d 1gve-d 1y11-d 3oqc-1 3sie-d 4zti-1 4gt4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleosome Assembly Protein

B: Nucleosome Assembly Protein

ヘテロ分子

70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleosome Assembly Protein

ヘテロ分子

A: Nucleosome Assembly Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nucleosome Assembly Protein

ヘテロ分子

B: Nucleosome Assembly Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.733, 126.747, 118.192
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-424- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 4 through 294)
2	1	(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	SER	SER	(chain A and resid 4 through 294)	A	A	4 - 294	16 - 306
2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...	B	B	4 - 12	16 - 24
2	2	SER	SER	SER	SER	(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...	B	B	13	25
2	3	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...	B	B	4 - 295	16 - 307
2	4	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...	B	B	4 - 295	16 - 307
2	5	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...	B	B	4 - 295	16 - 307
2	6	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...	B	B	4 - 295	16 - 307

#1: タンパク質	Nucleosome Assembly Protein 分子量: 34989.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: nap-1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q19007
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Zinc acetate dihydrate, 0.1M Sodium cacodylate tridydrate pH=6.5, 18% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→37.2 Å / Num. obs: 38052 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.9 % / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 2.16→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.845 / Num. unique obs: 38052

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.162→37.196 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.37
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2792	1945	5.11 %
R_work	0.2502	-	-
obs	0.2517	38052	98.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.95 Å² / B_iso mean: 31.4855 Å² / B_iso min: 5.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.162→37.196 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4236	0	2	61	4299
B_iso mean	-	-	19.58	24.45	-
残基数	-	-	-	-	532

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1568	X-RAY DIFFRACTION	5.618	TORSIONAL
1	2	B	1568	X-RAY DIFFRACTION	5.618	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1621-2.2162	0.3267	119	0.2571	2349	2468	90
2.2162-2.2761	0.2517	97	0.2651	2636	2733	99
2.2761-2.3431	0.29	140	0.254	2573	2713	99
2.3431-2.4187	0.2778	145	0.265	2455	2600	95
2.4187-2.5051	0.3076	127	0.2683	2585	2712	99
2.5051-2.6054	0.3147	143	0.2693	2580	2723	100
2.6054-2.7239	0.3059	146	0.2696	2601	2747	100
2.7239-2.8675	0.2961	155	0.2737	2590	2745	100
2.8675-3.0471	0.3196	142	0.275	2628	2770	100
3.0471-3.2822	0.2865	153	0.2631	2599	2752	100
3.2822-3.6123	0.2852	144	0.2367	2540	2684	97
3.6123-4.1344	0.205	126	0.2189	2659	2785	100
4.1344-5.2066	0.249	149	0.2113	2663	2812	100
5.2066-37.2012	0.2999	159	0.2716	2649	2808	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1022	0.2138	0.5785	1.0459	-0.0692	0.2954	0.074	-0.203	-0.0385	0.1546	-0.0762	-0.159	-0.0537	-0.0721	0.001	0.2182	0.0188	-0.023	0.1394	0.0094	0.1059	9.4314	-38.6515	38.4176
2	1.6518	-0.2698	-0.896	1.0231	0.0675	0.6939	0.0406	0.1559	0.0131	-0.1489	-0.007	-0.1069	-0.0367	-0.0635	-0.0407	0.1987	-0.0196	0.0167	0.1355	0.0008	0.1114	8.7181	-8.8075	19.4377

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 3 through 294)	A	3 - 294
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 4 through 295)	B	4 - 295

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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