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- PDB-6k02: Crystal structure of ceNAP1 core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k02
タイトルCrystal structure of ceNAP1 core
要素Nucleosome Assembly Protein
キーワードCHAPERONE / NAP1
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol binding / double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome assembly / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin binding / chromatin / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP)
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleosome assembly protein 1-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.162 Å
データ登録者Liu, Y.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of xlH2A-H2B
著者: Liu, Y.R.
履歴
登録2019年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleosome Assembly Protein
B: Nucleosome Assembly Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1094
ポリマ－69,9782
非ポリマー1312
水1,09961
1
A: Nucleosome Assembly Protein
ヘテロ分子

A: Nucleosome Assembly Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1094
ポリマ－69,9782
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area9280 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
2
B: Nucleosome Assembly Protein
ヘテロ分子

B: Nucleosome Assembly Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1094
ポリマ－69,9782
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area9380 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area27170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.733, 126.747, 118.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-424-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 4 through 294)
21(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUSERSER(chain A and resid 4 through 294)AA4 - 29416 - 306
21LEULEULEULEU(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...BB4 - 1216 - 24
22SERSERSERSER(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...BB1325
23LEULEUASPASP(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...BB4 - 29516 - 307
24LEULEUASPASP(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...BB4 - 29516 - 307
25LEULEUASPASP(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...BB4 - 29516 - 307
26LEULEUASPASP(chain B and (resid 4 through 12 or (resid 13...BB4 - 29516 - 307

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要素

#1: タンパク質 Nucleosome Assembly Protein


分子量: 34989.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: nap-1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q19007
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Zinc acetate dihydrate, 0.1M Sodium cacodylate tridydrate pH=6.5, 18% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→37.2 Å / Num. obs: 38052 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.9 % / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.16→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.845 / Num. unique obs: 38052

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.162→37.196 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.37
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2792 1945 5.11 %
Rwork0.2502 --
obs0.2517 38052 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.95 Å2 / Biso mean: 31.4855 Å2 / Biso min: 5.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.162→37.196 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4236 0 2 61 4299
Biso mean--19.58 24.45 -
残基数----532
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1568X-RAY DIFFRACTION5.618TORSIONAL
12B1568X-RAY DIFFRACTION5.618TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1621-2.21620.32671190.25712349246890
2.2162-2.27610.2517970.26512636273399
2.2761-2.34310.291400.2542573271399
2.3431-2.41870.27781450.2652455260095
2.4187-2.50510.30761270.26832585271299
2.5051-2.60540.31471430.269325802723100
2.6054-2.72390.30591460.269626012747100
2.7239-2.86750.29611550.273725902745100
2.8675-3.04710.31961420.27526282770100
3.0471-3.28220.28651530.263125992752100
3.2822-3.61230.28521440.23672540268497
3.6123-4.13440.2051260.218926592785100
4.1344-5.20660.2491490.211326632812100
5.2066-37.20120.29991590.27162649280896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10220.21380.57851.0459-0.06920.29540.074-0.203-0.03850.1546-0.0762-0.159-0.0537-0.07210.0010.21820.0188-0.0230.13940.00940.10599.4314-38.651538.4176
21.6518-0.2698-0.8961.02310.06750.69390.04060.15590.0131-0.1489-0.007-0.1069-0.0367-0.0635-0.04070.1987-0.01960.01670.13550.00080.11148.7181-8.807519.4377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 3 through 294)A3 - 294
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 4 through 295)B4 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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