PDB-6k09: Crystal structure B of ceNAP1-H2A-H2B complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k09

タイトル

Crystal structure B of ceNAP1-H2A-H2B complex

要素

Histone H2B 1,Histone H2A
Nucleosome Assembly Protein

キーワード

CHAPERONE / NAP1 / H2A-H2B

機能・相同性

機能・相同性情報

Metalloprotease DUBs / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation by small RNAs / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / RNA Polymerase I Promoter Escape / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.248 Å

データ登録者

Liu, Y.R.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of xlH2A-H2B
著者: Liu, Y.R.

履歴

登録	2019年5月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k09.cif.gz	291.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k09.ent.gz	234.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6k09_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k09_full_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示
XML形式データ	6k09_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	6k09_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k00C 6k01C 6k02C 6k03C 6k0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6k00-d 6k0c-d 5g2e-3 5y7q-d 4ry3-d 5g2e-2 5mc4-d 6p3q-d 3he0-d 5z6w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (9) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Nucleosome Assembly Protein

B: Nucleosome Assembly Protein

D: Histone H2B 1,Histone H2A

92.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.795, 79.180, 172.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 6 through 104 or (resid 105...
2	1	(chain B and (resid 6 through 92 or (resid 93...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	ALA	ALA	(chain A and (resid 6 through 104 or (resid 105...	A	A	6 - 104	18 - 116
1	2	GLU	GLU	ALA	ALA	(chain A and (resid 6 through 104 or (resid 105...	A	A	105 - 106	117 - 118
1	3	PHE	PHE	ASP	ASP	(chain A and (resid 6 through 104 or (resid 105...	A	A	6 - 296	18 - 308
1	4	PHE	PHE	ASP	ASP	(chain A and (resid 6 through 104 or (resid 105...	A	A	6 - 296	18 - 308
1	5	PHE	PHE	ASP	ASP	(chain A and (resid 6 through 104 or (resid 105...	A	A	6 - 296	18 - 308
1	6	PHE	PHE	ASP	ASP	(chain A and (resid 6 through 104 or (resid 105...	A	A	6 - 296	18 - 308
2	1	PHE	PHE	LEU	LEU	(chain B and (resid 6 through 92 or (resid 93...	B	B	6 - 92	18 - 104
2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain B and (resid 6 through 92 or (resid 93...	B	B	93	105
2	3	PHE	PHE	SER	SER	(chain B and (resid 6 through 92 or (resid 93...	B	B	6 - 294	18 - 306
2	4	PHE	PHE	SER	SER	(chain B and (resid 6 through 92 or (resid 93...	B	B	6 - 294	18 - 306
2	5	PHE	PHE	SER	SER	(chain B and (resid 6 through 92 or (resid 93...	B	B	6 - 294	18 - 306
2	6	PHE	PHE	SER	SER	(chain B and (resid 6 through 92 or (resid 93...	B	B	6 - 294	18 - 306

#1: タンパク質	Nucleosome Assembly Protein 分子量: 34989.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: nap-1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q19007
#2: タンパク質	Histone H2B 1,Histone H2A 分子量: 22653.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P04255, UniProt: P09588
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.248→49.723 Å / Num. obs: 45336 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11 % / Net I/σ(I): 25.14
反射シェル	解像度: 2.248→2.33 Å / R_merge(I) obs: 0.557 / Num. unique obs: 45336

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260: ???	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.248→49.723 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.09
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	2205	4.86 %
R_work	0.2141	-	-
obs	0.2157	45336	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.62 Å² / B_iso mean: 44.9284 Å² / B_iso min: 22.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.248→49.723 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5600	0	0	116	5716
B_iso mean	-	-	-	38.31	-
残基数	-	-	-	-	715

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1556	X-RAY DIFFRACTION	6.211	TORSIONAL
1	2	B	1556	X-RAY DIFFRACTION	6.211	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2479-2.2968	0.2944	136	0.2555	2680	2816	99
2.2968-2.3502	0.2928	153	0.2479	2623	2776	100
2.3502-2.409	0.297	149	0.2316	2640	2789	100
2.409-2.4742	0.2707	130	0.2404	2659	2789	98
2.4742-2.547	0.2971	143	0.2315	2650	2793	99
2.547-2.6292	0.2806	131	0.2336	2665	2796	100
2.6292-2.7231	0.2734	137	0.2439	2689	2826	100
2.7231-2.8321	0.2986	119	0.2477	2723	2842	100
2.8321-2.961	0.2773	147	0.2442	2646	2793	100
2.961-3.1171	0.2673	138	0.2408	2689	2827	99
3.1171-3.3124	0.2365	133	0.2353	2643	2776	97
3.3124-3.568	0.2727	135	0.232	2710	2845	100
3.568-3.927	0.2408	139	0.1995	2727	2866	100
3.927-4.4949	0.2114	135	0.1748	2741	2876	100
4.4949-5.6618	0.2319	124	0.1835	2769	2893	99
5.6618-49.7354	0.2121	156	0.2003	2877	3033	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0033	-0.2532	0.0429	1.037	-0.0137	0.6621	0.0339	-0.0428	-0.0238	0.0594	-0.0186	0.1468	0.0174	0.006	-0.0113	0.2627	-0.0406	-0.0074	0.2996	-0.0036	0.3145	7.2003	-19.5844	-30.88
2	0.3723	-0.7537	-0.1036	1.7688	0.1973	0.5925	-0.0498	-0.1084	0.0196	0.1963	0.0819	-0.1292	-0.1469	0.0406	-0.0429	0.3066	-0.0274	-0.0341	0.2766	0.0245	0.2247	7.4069	7.0133	-25.3788
3	2.2989	0.6429	-0.5221	2.6679	-0.8034	3.5989	-0.0511	-0.1028	-0.0843	0.0634	-0.0091	0.0984	0.0385	0.0618	0.0717	0.3085	-0.0031	-0.0584	0.4688	0.104	0.3768	30.0572	-21.2513	-8.2504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 6 through 296)	A	6 - 296
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 6 through 294)	B	6 - 294
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'D' and resid 30 through 215)	D	30 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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