PDB-6k0c: Crystal structure of ceNAP1-H2A.Z-H2B complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k0c

タイトル

Crystal structure of ceNAP1-H2A.Z-H2B complex

要素

Histone H2B 2,Histone H2A.V
Nucleosome Assembly Protein

キーワード

CHAPERONE / NAP1 / H2A.Z-H2B

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell fate specification / Oxidative Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation by small RNAs / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / RNA Polymerase I Promoter Escape / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / nucleosomal DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.281 Å

データ登録者

Liu, Y.R.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of xlH2A-H2B
著者: Liu, Y.R.

履歴

登録	2019年5月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k0c.cif.gz	296.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k0c.ent.gz	238.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k0c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k00C 6k01C 6k02C 6k03C 6k09C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6k00-d 6k09-d 2nmv-d 5g2e-2 2d7d-d 3tik-2 4h9q-2 5mc4-d 3n6x-2 5g2e-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (9) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (9)

登録構造単位

D: Histone H2B 2,Histone H2A.V

A: Nucleosome Assembly Protein

B: Nucleosome Assembly Protein

92.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.728, 79.313, 174.329
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 6 through 216 or resid 234...
2	1	(chain B and (resid 6 through 8 or (resid 9...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	ALA	ALA	(chain A and (resid 6 through 216 or resid 234...	A	B	6 - 216	18 - 228
1	2	THR	THR	ARG	ARG	(chain A and (resid 6 through 216 or resid 234...	A	B	234 - 253	246 - 265
1	3	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain A and (resid 6 through 216 or resid 234...	A	B	258	270
1	4	ASP	ASP	ALA	ALA	(chain A and (resid 6 through 216 or resid 234...	A	B	259 - 262	271 - 274
1	5	PHE	PHE	ASP	ASP	(chain A and (resid 6 through 216 or resid 234...	A	B	6 - 296	18 - 308
1	6	PHE	PHE	ASP	ASP	(chain A and (resid 6 through 216 or resid 234...	A	B	6 - 296	18 - 308
1	7	PHE	PHE	ASP	ASP	(chain A and (resid 6 through 216 or resid 234...	A	B	6 - 296	18 - 308
1	8	PHE	PHE	ASP	ASP	(chain A and (resid 6 through 216 or resid 234...	A	B	6 - 296	18 - 308
2	1	PHE	PHE	HIS	HIS	(chain B and (resid 6 through 8 or (resid 9...	B	C	6 - 8	18 - 20
2	2	MET	MET	MET	MET	(chain B and (resid 6 through 8 or (resid 9...	B	C	9	21
2	3	PHE	PHE	GLN	GLN	(chain B and (resid 6 through 8 or (resid 9...	B	C	6 - 293	18 - 305

#1: タンパク質	Histone H2B 2,Histone H2A.V / H2A.F/Z 分子量: 22481.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q27894, UniProt: Q27511
#2: タンパク質	Nucleosome Assembly Protein 分子量: 34989.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q19007
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→49.394 Å / Num. obs: 43537 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 14.43
反射シェル	解像度: 2.28→2.36 Å / R_merge(I) obs: 0.642 / Num. unique obs: 43537

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.281→49.394 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2623	2137	4.91 %
R_work	0.2166	41400	-
obs	0.2187	43537	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.1 Å² / B_iso mean: 53.1613 Å² / B_iso min: 22.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.281→49.394 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5697	0	0	106	5803
B_iso mean	-	-	-	41.54	-
残基数	-	-	-	-	725

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1600	X-RAY DIFFRACTION	8.659	TORSIONAL
1	2	B	1600	X-RAY DIFFRACTION	8.659	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.281-2.3341	0.2736	151	0.2548	2705	2856	99
2.3341-2.3925	0.3297	144	0.2604	2669	2813	100
2.3925-2.4572	0.3077	151	0.26	2707	2858	100
2.4572-2.5295	0.3004	143	0.2626	2726	2869	100
2.5295-2.6111	0.3127	140	0.2469	2761	2901	100
2.6111-2.7044	0.3052	136	0.2397	2719	2855	100
2.7044-2.8127	0.3013	136	0.2466	2734	2870	100
2.8127-2.9407	0.2965	136	0.2442	2755	2891	100
2.9407-3.0957	0.2712	152	0.2522	2728	2880	100
3.0957-3.2896	0.2868	135	0.2333	2752	2887	100
3.2896-3.5435	0.2824	127	0.2157	2783	2910	100
3.5435-3.9	0.234	147	0.2029	2780	2927	100
3.9-4.464	0.2142	139	0.1717	2798	2937	100
4.464-5.6229	0.213	139	0.1854	2845	2984	100
5.6229-49.4054	0.2653	161	0.216	2938	3099	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1876	0.1187	-1.0252	2.7137	-0.3886	2.8273	-0.2294	-0.6203	-0.1585	0.0684	0.3186	0.1822	0.0605	0.2205	-0.0872	0.5774	-0.0104	-0.0426	1.0928	0.0544	0.5071	29.5797	-24.3448	-8.9862
2	-0.2674	-0.186	0.1653	1.2257	0.0478	0.858	0.0093	-0.0629	-0.0401	0.0401	-0.0186	0.1849	0.0034	0.0476	0.0095	0.2438	-0.0224	0.0122	0.2887	-0.0004	0.331	6.7007	-20.7504	-30.9911
3	0.4108	-0.3103	-0.1082	1.1284	0.0834	0.8699	-0.009	-0.115	0.0154	0.1791	0.0438	-0.1362	-0.1874	0.0754	-0.0488	0.3529	-0.0318	-0.0314	0.3044	0.0227	0.2796	7.848	6.3478	-25.829

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'D' and resid 29 through 212)	D	29 - 212
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and resid 6 through 296)	A	6 - 296
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'B' and resid 6 through 293)	B	6 - 293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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