ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PHENIX(1.14_3260: ???)精密化 HKL-2000データスケーリング PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 HKL-2000データ削減 MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1AOI解像度 : 2.839→40.637 Å / SU ML : 0.48 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 2 / 位相誤差 : 31.85 / 立体化学のターゲット値 : ML詳細 : SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2782 375 9.98 % Rwork 0.223 3381 - obs 0.2286 3756 96.09 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso max : 115.82 Å2 / Biso mean : 46.6349 Å2 / Biso min : 21 Å2 精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.839→40.637 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1280 0 0 0 1280 残基数 - - - - 166
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 3
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)2.8394-3.2501 0.3472 118 0.2583 1046 1164 89 3.2501-4.0942 0.275 142 0.2262 1151 1293 100 4.0942-40.6407 0.2564 115 0.2088 1184 1299 100
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 3.6307 -0.739 -0.0779 4.4313 0.9453 2.1156 -0.0652 -0.1269 0.1935 0.1659 0.147 -0.1342 -0.2631 0.0794 -0.0514 0.4027 0.0508 0.0525 0.3005 -0.0138 0.2066 8.5867 8.1062 0.0172 2 2.4332 -1.0805 -0.5344 2.2281 1.5776 2.1025 0.1289 0.0699 0.1803 -0.0328 0.0757 -0.4403 -0.0987 0.3592 -0.1484 0.3373 0.0116 0.0125 0.2662 0.0148 0.3417 10.2816 2.523 -0.2573
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 (chain 'C' and resid 23 through 99)C23 - 99 2 X-RAY DIFFRACTION 2 (chain 'D' and resid 31 through 119)D31 - 119