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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k01 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of xH2A-H2B | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / H2A / H2B | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.839 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Y.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: Crystal structure of xlH2A-H2B 著者: Liu, Y.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k01.cif.gz | 78.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6k01.ent.gz | 57.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k01.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k01 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10133.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q6AZJ8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11179.959 Da / 分子数: 1 / Mutation: S30T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P02281 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.56 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH=7.5, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.839→40.64 Å / Num. obs: 3756 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.84→2.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.831 / Num. unique obs: 3756 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AOI 解像度: 2.839→40.637 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 31.85 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.82 Å2 / Biso mean: 46.6349 Å2 / Biso min: 21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.839→40.637 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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