+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1y11 | ||||||
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Title | Mycobacterial adenylyl cyclase Rv1264, holoenzyme, active state | ||||||
Components | Hypothetical protein Rv1264/MT1302Hypothesis | ||||||
Keywords | LYASE / ADENYLYL CYCLASE FOLD | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenylate cyclase inhibitor activity / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / response to pH / adenylate cyclase activity / manganese ion binding / intracellular signal transduction / lipid binding / protein homodimerization activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.3 Å | ||||||
Authors | Tews, I. / Findeisen, F. / Sinning, I. / Schultz, A. / Schultz, J.E. / Linder, J.U. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2005 Title: The structure of a pH-sensing mycobacterial adenylyl cyclase holoenzyme Authors: Tews, I. / Findeisen, F. / Sinning, I. / Schultz, A. / Schultz, J.E. / Linder, J.U. | ||||||
History |
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Remark 300 | Biomolecule: 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 2 chains ...Biomolecule: 1 This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 2 chains (homodimer). | ||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1y11.cif.gz | 81.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1y11.ent.gz | 62 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1y11.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/1y11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/1y11 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a dimer generated from the monomer of the asymmetric unit by the operation 1-x, y, 1-z |
-Components
#1: Protein | Mass: 43495.242 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Gene: Rv1264 / Plasmid: pQE60 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21-DE3 References: UniProt: Q11055, UniProt: P9WMU9*PLUS, adenylate cyclase |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Chemical | ChemComp-1PE / |
#4: Chemical | ChemComp-GOL / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: Lithium sulphate, TRIS, PEG 400, GTP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID13 / Wavelength: 0.9755 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Nov 25, 2003 |
Radiation | Monochromator: liq. N2 cooled Si-111 double monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9755 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→30 Å / Num. all: 9221 / Num. obs: 8526 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -4 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 64.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 6.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.48 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1061 / % possible all: 81.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Rv1264 RESIDUES 1-207 (to be deposited) Resolution: 3.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 74.712 / SU ML: 0.54 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.604 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.558 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.707 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.301→3.356 Å / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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