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- PDB-6nd7: The crystal structure of TerB co-crystallized with polyporic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nd7
タイトルThe crystal structure of TerB co-crystallized with polyporic acid
要素TerB Oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH reductase / natural products
機能・相同性NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-KJG / Chem-NDP / TerB Oxidoreductase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Clinger, J.A. / Elshahawi, S.I. / Zhang, Y. / Hall, R.P. / Liu, Y. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115261 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA217255 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Function of Terfestatin Biosynthesis Enzymes TerB and TerC
著者: Clinger, J.A. / Elshahawi, S.I. / Zhang, Y. / Hall, R.P. / Liu, Y. / Miller, M.D. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TerB Oxidoreductase
B: TerB Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,96114
ポリマ－73,1802
非ポリマー2,78012
水14,124784
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area23460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.498, 80.991, 139.955
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TerB Oxidoreductase


分子量: 36590.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces (バクテリア) / 株: Streptomyces sp LC 6-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6UEU0*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 796分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-KJG / 2~3~,2~6~-dihydroxy[1~1~,2~1~:2~4~,3~1~-terphenyl]-2~2~,2~5~-dione / ポリポル酸


分子量: 292.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H12O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 784 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1:1 6mg/mL TerB protein 3mM polyporic acid in 33% isopropyl to 25% PEG 3350, 200 mM NaCl, 100mM HEPES, pH 7.5. Cryoprotected with 20% glycerol addition to mother liquor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033, 1.319
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0331
21.3191
反射解像度: 1.25→47.422 Å / Num. obs: 292990 / % possible obs: 82.9 % / 冗長度: 2.08 % / Biso Wilson estimate: 23.158 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 7.93 / Num. measured all: 609294 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible allCC1/2
1.25-1.291.2281.7720.367432.44225.7
1.29-1.321.741.2040.52116871.59145.90.227
1.32-1.361.8240.9420.73145941.24658.80.321
1.36-1.41.8810.7371193850.97780.50.476
1.4-1.452.0840.531.5216650.69992.70.678
1.45-1.52.1850.3592.24211100.47293.40.837
1.5-1.552.1050.2493.16202940.32993.60.904
1.55-1.622.1220.1834.15197530.24194.10.946
1.62-1.692.2040.145.41191020.18394.90.965
1.69-1.772.1670.1056.9182270.138950.978
1.77-1.872.1150.0818.79174650.10695.80.985
1.87-1.982.1420.06611.1166440.08696.40.988
1.98-2.122.2170.05613.44155420.07395.80.99
2.12-2.292.1180.0514.81145510.06596.40.992
2.29-2.512.140.04516.46134730.059970.992
2.51-2.82.2420.04218.12121990.05596.80.993
2.8-3.232.1130.04118.97107520.05496.80.993
3.23-3.962.1690.03920.7890080.05196.70.993
3.96-5.62.2050.03921.6369700.05196.60.994
5.6-47.4222.1940.03821.3938260.0596.50.994

-
位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.36→47.422 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1468 6859 5 %
Rwork0.1161 --
obs0.1176 137194 95.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.69 Å2 / Biso mean: 23.9414 Å2 / Biso min: 9.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.36→47.422 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4739 0 323 804 5866
Biso mean--32.69 42.27 -
残基数----620
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.36-1.37550.33561810.31833429361077
1.3755-1.39160.31632050.29023911411687
1.3916-1.40860.31242180.24884155437393
1.4086-1.42640.26982230.23024224444793
1.4264-1.44520.25272240.20734275449996
1.4452-1.4650.22762240.18054260448495
1.465-1.48590.2092260.17174287451396
1.4859-1.50810.21172260.16534299452595
1.5081-1.53170.2032260.15854307453396
1.5317-1.55680.20192250.14614281450696
1.5568-1.58370.16472290.12314338456796
1.5837-1.61240.17512250.11434290451596
1.6124-1.64350.14372280.10944324455296
1.6435-1.6770.15622290.1034356458597
1.677-1.71350.14212300.09964355458597
1.7135-1.75330.15622300.09914387461797
1.7533-1.79720.1422310.09434379461097
1.7972-1.84580.13542300.09754366459697
1.8458-1.90010.13772300.09644383461397
1.9001-1.96140.13032330.09274428466198
1.9614-2.03150.13912330.09414413464697
2.0315-2.11290.14692320.09464418465098
2.1129-2.2090.12192350.09274467470298
2.209-2.32550.12732360.09124481471798
2.3255-2.47120.11752360.09314470470699
2.4712-2.6620.1242380.09854523476199
2.662-2.92980.13552390.10324551479099
2.9298-3.35370.13462400.10944561480199
3.3537-4.22490.13252450.1074641488699
4.2249-47.45070.15592520.15484776502898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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