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- PDB-3a8i: Crystal Structure of ET-EHred-5-CH3-THF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a8i
タイトルCrystal Structure of ET-EHred-5-CH3-THF complex
要素
  • Aminomethyltransferase
  • Glycine cleavage system H protein
キーワードTRANSFERASE/TRANSPORT PROTEIN / Glycine Cleavage System / Aminotransferase / Transferase / Lipoyl / TRANSFERASE-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


aminomethyltransferase / aminomethyltransferase activity / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / transaminase activity / one-carbon metabolic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycine cleavage system T protein, bacteria / Aminomethyltransferase fragment / Aminomethyltransferase fragment / Glycine cleavage system T protein / Glycine cleavage system H-protein, subgroup / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage system H-protein / Glycine cleavage system H-protein/Simiate / Glycine cleavage H-protein / Aminomethyltransferase beta-barrel domains ...Glycine cleavage system T protein, bacteria / Aminomethyltransferase fragment / Aminomethyltransferase fragment / Glycine cleavage system T protein / Glycine cleavage system H-protein, subgroup / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage system H-protein / Glycine cleavage system H-protein/Simiate / Glycine cleavage H-protein / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Aminomethyltransferase-like / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Gyrase A; domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Few Secondary Structures / Irregular / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / PHOSPHATE ION / Glycine cleavage system H protein / Aminomethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Okamura-Ikeda, K. / Hosaka, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of aminomethyltransferase in complex with dihydrolipoyl-H-protein of the glycine cleavage system: implications for recognition of lipoyl protein substrate, disease- ...タイトル: Crystal structure of aminomethyltransferase in complex with dihydrolipoyl-H-protein of the glycine cleavage system: implications for recognition of lipoyl protein substrate, disease-related mutations, and reaction mechanism
著者: Okamura-Ikeda, K. / Hosaka, H. / Maita, N. / Fujiwara, K. / Yoshizawa, A.C. / Nakagawa, A. / Taniguchi, H.
履歴
登録2009年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年8月21日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminomethyltransferase
B: Aminomethyltransferase
C: Aminomethyltransferase
D: Aminomethyltransferase
E: Glycine cleavage system H protein
F: Glycine cleavage system H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,80912
ポリマ－188,7816
非ポリマー2,0286
水20,2491124
1
A: Aminomethyltransferase
E: Glycine cleavage system H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6593
ポリマ－54,2002
非ポリマー4591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aminomethyltransferase
F: Glycine cleavage system H protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6593
ポリマ－54,2002
非ポリマー4591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Aminomethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7453
ポリマ－40,1911
非ポリマー5542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Aminomethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7453
ポリマ－40,1911
非ポリマー5542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.985, 88.928, 97.993
Angle α, β, γ (deg.)91.53, 102.47, 89.59
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Aminomethyltransferase / Glycine cleavage system T protein


分子量: 40190.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 substr. W3110 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P27248, aminomethyltransferase
#2: タンパク質 Glycine cleavage system H protein


分子量: 14009.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 substr. W3110 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0A6T9
#3: 化合物
ChemComp-C2F / 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / (6S)-5-メチルテトラヒドロ葉酸


分子量: 459.456 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O6
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 16% PEG8000, 0.04M KH2PO4, 20% Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→30 Å / Num. obs: 97181 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 9.78
反射 シェル解像度: 1.99→2.07 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 2.86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A8J

3a8j


解像度: 1.99→29.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 4.365 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24429 5115 5 %RANDOM
Rwork0.18195 ---
obs0.18513 97181 84.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.557 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20.04 Å20.03 Å2
2--0.08 Å2-0.04 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13208 0 142 1124 14474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02213676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9711.96618558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.05951711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.58224.247631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.801152213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2741590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.22046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02110530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1731.58513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.933213646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.18535163
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7844.54911
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.994→2.046 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 330 -
Rwork0.206 6571 -
obs--77.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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